gt-readjoiner-prefilter - онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gt-readjoiner-prefilter - Удаляет содержащиеся и некачественные чтения и кодирует чтение, установленное в
Формат GtEncseq.

СИНТАКСИС

gt повторный участник предварительный фильтр [вариант ...]

ОПИСАНИЕ

-readset [string]
укажите имя набора для чтения по умолчанию: имя файла первого входного файла_последовательности

-db
указать список входных библиотек (Fasta / FastQ); для односторонних библиотек используйте
имя файла (которое не может содержать : символы); для парных библиотек с
читает чередующиеся (f, r, f, r, ...) в одном файле, используя обозначение
: [, ] (stdev можно не указывать); для парного конца с чтениями
в двух файлах (f, r) используйте обозначение : : [, ]

-v [да | нет]
быть подробным (по умолчанию: нет)

-q [да | нет]
подавлять стандартные выходные сообщения (по умолчанию: нет)

-дез [да | нет]
сохранить идентификаторы Fasta (или все описания, если они используются вместе с -clipdes no) предупреждение:
увеличивает требования к памяти (по умолчанию: нет)

-клипсы [да | нет]
clip Fasta descriptions после первого пробела, установленного в false, если вам нужны полные описания
(по умолчанию: да)

-мемдес [да | нет]
использовать хранилище в памяти для описаний (по умолчанию: использовать временное хранилище на диске)

-макслоу [ценностное ]
максимальное количество некачественных позиций при чтении по умолчанию: бесконечно

-низкий [ценностное ]
максимальное качество, чтобы позиция считалась некачественной (по умолчанию: 3)

-phred64 [да | нет]
использовать phred64 для формата FastQ (по умолчанию: нет)

-Помощь
отобразить справку по основным параметрам и выйти

-help +
отобразить справку по всем параметрам и выйти

-версия
отобразить информацию о версии и выйти

СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ

Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.

Используйте gt-readjoiner-prefilter онлайн с помощью сервисов onworks.net