Это команда gt-shredder, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-shredder - файл (ы) с последовательностью шредера на последовательные части произвольной длины.
СИНТАКСИС
gt бумагорезка [вариант ...] [файл_последовательности ...]
ОПИСАНИЕ
-покрытие [ценностное ]
установить количество раз, когда файл sequence_file уничтожается (по умолчанию: 1)
-миндлина [ценностное ]
установить минимальную длину измельченных фрагментов (по умолчанию: 300)
-максимальная длина [ценностное ]
установить максимальную длину измельченных фрагментов (по умолчанию: 700)
-перекрывать [ценностное ]
установить перекрытие между последовательными частями (по умолчанию: 0)
-образец [ценностное ]
с заданной вероятностью (по умолчанию:
1.000000)
-clipdesc [да | нет]
описания клипов после первого пробела (обманутый \t, \n и т. д.) добавляет смещение и длину к
обеспечить уникальный идентификатор (по умолчанию: нет)
-ширина [ценностное ]
установить ширину вывода для печати последовательности FASTA (0 отключает форматирование) (по умолчанию: 0)
-o [имя файла]
перенаправить вывод в указанный файл (по умолчанию: undefined)
-gzip [да | нет]
записать сжатый выходной файл gzip (по умолчанию: нет)
-bzip2 [да | нет]
записать сжатый выходной файл bzip2 (по умолчанию: нет)
-сила [да | нет]
принудительная запись в выходной файл (по умолчанию: нет)
-Помощь
отобразить справку и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
Каждая последовательность, указанная в файл_последовательности разбивается на последовательные случайные части
длина (между -миндлина и -максимальная длина), пока он не будет израсходован. Таким образом, последний
измельченный фрагмент данной последовательности может быть короче аргумента опции
-миндлина. Чтобы избавиться от таких фрагментов, используйте gt seqfilter (см. Пример ниже).
ПРИМЕРЫ:
Измельчите заданный BAC:
Шредер $ gt U89959_genomic.fas> fragments.fas
Измельчите коллекцию EST на части от 50 до 100 п.н. и избавьтесь от всего (терминал)
фрагменты короче 50 п.н .:
$ gt shredder -minlength 50 -maxlength 100 U89959_ests.fas \
| gt seqfilter -minlength 50 -> фрагменты.fas
# 130 из 1260 последовательностей были удалены (10.317%)
Измельчите коллекцию EST и покажите только 10% случайных фрагментов:
$gt измельчитель -образец 0.1 U89959_ests.fas
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-shredder онлайн с помощью сервисов onworks.net
