Это команда GWAMA, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
GWAMA - метаанализ общегеномной ассоциации
СИНТАКСИС
ГВАМА [кредита]
ОПИСАНИЕ
Программа GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) выполняет метаанализ
результаты исследований бинарных или количественных фенотипов GWA. Фиксированный и случайный эффект
метаанализы выполняются как для напрямую генотипированных, так и для вмененных SNP с использованием оценок
отношения шансов аллелей и 95% доверительного интервала для бинарных признаков, а также оценки
размер аллельного эффекта и стандартная ошибка для количественных фенотипов. GWAMA можно использовать
для анализа результатов всех различных генетических моделей (мультипликативных, аддитивных,
доминантный, рецессивный). Программное обеспечение включает средства обнаружения ошибок для выявления
ошибок выравнивания цепи и переворота аллелей, а также выполняет тесты на гетерогенность
эффекты между исследованиями.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-i, --filelist=имя файла
Укажите файлы результатов исследований. По умолчанию = gwama.in
-o, --выход=корень файла
Укажите корень файла для вывода анализа. По умолчанию = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --случайный
Используйте коррекцию случайного эффекта. По умолчанию = отключено
-gc, --genomic_control
Используйте геномный контроль для корректировки файлов результатов исследований. По умолчанию = отключено
-gco, --genomic_control_output
Используйте геномный контроль в сводке метаанализа (т. Е. Результаты метаанализа
исправлено для gc). По умолчанию = отключено
-qt, - количественный
Выберите версию количественного признака (столбцы BETA и SE). По умолчанию = бинарный признак
-m, --карта=имя файла
Выберите имя файла для карты маркеров.
-t, --порог=0-1
Пороговое значение p для отображения направления в направлениях суммарного эффекта. По умолчанию =
1
--no_аллели
Информация об аллелях отсутствует. Ожидая всегда одного и того же советника.
--indel_аллели
Метки аллелей могут содержать более одной буквы. Никаких проверок прядей.
секс Проведите анализ гендерной дифференциации и гендерной неоднородности (метод, описанный в
paper Magi, Lindgren & Morris 2010). Информация о поле должна быть указана в файле списка файлов.
(второй столбец после имен файлов - M или F).
--name_marker
Альтернативный заголовок для названия маркера col.
--name_strand
Альтернативный заголовок столбцу прядей.
--name_n
Альтернативный заголовок для размера выборки col.
--name_ea
Альтернативный заголовок для изменения столбца аллелей.
--name_nea
Альтернативный заголовок столбца не влияющих аллелей.
--name_eaf
Альтернативный заголовок для изменения столбца частоты аллелей.
--name_beta
Альтернативный заголовок столбцу бета-версии.
--name_se
Альтернативный заголовок для std. ошибка col.
--name_or
Альтернативный заголовок столбцу ИЛИ.
--name_or_95l
Альтернативный заголовок столбцу OR 95L.
--name_or_95u
Альтернативный заголовок столбцу OR 95U.
-h, --Помогите
Распечатайте эту справку.
-v, --версия
Выведите номер версии GWAMA. Этой страницы руководства должно быть недостаточно. Пожалуйста, используйте
вариант справки для быстрого напоминания о возможностях гвамы или перехода на его домашнюю страницу
с онлайн-документацией или загружаемым руководством.
Используйте GWAMA онлайн с помощью сервисов onworks.net
