АнглийскийФранцузскийИспанский

Запустить серверы | Ubuntu > | Fedora > |


Значок OnWorks

GWAMA - Интернет в облаке

Запустите GWAMA в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это команда GWAMA, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


GWAMA - метаанализ общегеномной ассоциации

СИНТАКСИС


ГВАМА [опционы]

ОПИСАНИЕ


Программа GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) выполняет метаанализ
результаты исследований бинарных или количественных фенотипов GWA. Фиксированный и случайный эффект
метаанализы выполняются как для напрямую генотипированных, так и для вмененных SNP с использованием оценок
отношения шансов аллелей и 95% доверительного интервала для бинарных признаков, а также оценки
размер аллельного эффекта и стандартная ошибка для количественных фенотипов. GWAMA можно использовать
для анализа результатов всех различных генетических моделей (мультипликативных, аддитивных,
доминантный, рецессивный). Программное обеспечение включает средства обнаружения ошибок для выявления
ошибок выравнивания цепи и переворота аллелей, а также выполняет тесты на гетерогенность
эффекты между исследованиями.

ОПЦИИ


-i, --filelist=имя файла
Укажите файлы результатов исследований. По умолчанию = gwama.in

-o, --выход=корень файла
Укажите корень файла для вывода анализа. По умолчанию = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --случайный
Используйте коррекцию случайного эффекта. По умолчанию = отключено

-gc, --genomic_control
Используйте геномный контроль для корректировки файлов результатов исследований. По умолчанию = отключено

-gco, --genomic_control_output
Используйте геномный контроль в сводке метаанализа (т. Е. Результаты метаанализа
исправлено для gc). По умолчанию = отключено

-qt, - количественный
Выберите версию количественного признака (столбцы BETA и SE). По умолчанию = бинарный признак

-m, --карта=имя файла
Выберите имя файла для карты маркеров.

-t, --порог=0-1
Пороговое значение p для отображения направления в направлениях суммарного эффекта. По умолчанию =
1

--no_аллели
Информация об аллелях отсутствует. Ожидая всегда одного и того же советника.

--indel_alleles
Метки аллелей могут содержать более одной буквы. Никаких проверок прядей.

секс Проведите анализ гендерной дифференциации и гендерной неоднородности (метод, описанный в
paper Magi, Lindgren & Morris 2010). Информация о поле должна быть указана в файле списка файлов.
(второй столбец после имен файлов - M или F).

--name_marker
Альтернативный заголовок для названия маркера col.

--name_strand
Альтернативный заголовок столбцу прядей.

--name_n
Альтернативный заголовок для размера выборки col.

--name_ea
Альтернативный заголовок для изменения столбца аллелей.

--name_nea
Альтернативный заголовок столбца не влияющих аллелей.

--name_eaf
Альтернативный заголовок для изменения столбца частоты аллелей.

--name_beta
Альтернативный заголовок столбцу бета-версии.

--name_se
Альтернативный заголовок для std. ошибка col.

--name_or
Альтернативный заголовок столбцу ИЛИ.

--name_or_95l
Альтернативный заголовок столбцу OR 95L.

--name_or_95u
Альтернативный заголовок столбцу OR 95U.

-h, --Помогите
Распечатайте эту справку.

-v, --версия
Выведите номер версии GWAMA. Этой страницы руководства должно быть недостаточно. Пожалуйста, используйте
вариант справки для быстрого напоминания о возможностях гвамы или перехода на его домашнюю страницу
с онлайн-документацией или загружаемым руководством.

Используйте GWAMA онлайн с помощью сервисов onworks.net


Ad


Ad