Это команда hmmstat, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
hmmstat - отображать сводную статистику для файла профиля
СИНТАКСИС
хммстат [опции]
ОПИСАНИЕ
Ассоциация хммстат утилита распечатывает табличный файл сводной статистики для каждого профиля в
.
может быть '-' (символ тире), и в этом случае профили считываются из
труба вместо файла.
Столбцы:
IDX Индекс этого профиля, каждая нумерация в файле начинается с 1.
имя Название профиля.
вступление
Необязательное присоединение к профилю или «-», если его нет.
нсек Количество последовательностей, по которым был оценен профиль.
eff_nseq
Эффективное количество последовательностей, по которым оценивался профиль, после HMMER
применен эффективный расчет порядкового номера, такой как энтропия по умолчанию
взвешивание.
M Длина модели в консенсусных остатках (состояниях совпадения).
смягчаться Средняя относительная энтропия на состояние совпадения в битах. Это ожидаемый (средний) балл
по согласованной позиции. Это метод энтропийного взвешивания по умолчанию для
оценка эффективного порядкового номера фокусируется на, поэтому для моделей HMMER3 по умолчанию вы
ожидайте, что это значение будет отражать цель по умолчанию для энтропийного взвешивания.
info Среднее информационное содержание в битах для каждого состояния совпадения. Наверное, бесполезно.
Информационное содержание - это несколько иной расчет, чем относительная энтропия.
p полагаться Средняя относительная энтропия положения в битах. Это более изящная версия пер-
относительная энтропия совпадений с учетом перехода
(вставка / удаление) вероятности; это может быть более точная оценка
средний балл на каждую позицию консенсуса модели.
компКЛ Расстояние Кульбака-Лейблера между общим средним составом остатков модели
и частотное распределение фона по умолчанию. Чем выше это число, тем
более смещен остаточный состав профиля. Сильно предвзятые профили могут
замедлить конвейер ускорения HMMER3, вызывая слишком много негомологичных последовательностей
пройти фильтры.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-h Помощь; напечатайте краткое напоминание об использовании командной строки и всех доступных параметрах.
Используйте hmmstat в Интернете с помощью сервисов onworks.net
