Это команда HPCdaligner, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
HPCdaligner - создать скрипт для запуска уважаемый(1)
СИНТАКСИС
HPCdaligner [-vbAI] [-kInt(14)] [-wInt(6)][-hInt(35)] [-tInt] [-MInt] [-eдвойной (70)]
[-lInt(1000)] [-sInt(100)] [-HInt] [-mтрек] + [-дальInt(4)] [-градусInt(25)] путь: db | плотина
[первый: int[-последний: int]]
ОПИСАНИЕ
HPCdaligner записывает сценарий оболочки UNIX в стандартный вывод, который состоит из последовательности
команд, которые эффективно работают уважаемый(1) на всех парах блоков разделенной базы данных
а затем внешне сортирует и объединяет их, используя ЛАсорт(1) и LAmerge(1) в коллекцию
файлов выравнивания с именами путь. #. las где # варьируется от 1 до количества блоков
база данных разделена на. Эти отсортированные файлы, если они объединены, скажем, LAcat(1) будет содержать
все выравнивания в отсортированном порядке (а-чтение, затем б-чтение и т. д.). Более того, все
перекрытия для данного a-чтения гарантированно не будут разделены между файлами, поэтому можно запустить
анализаторы артефактов или исправление ошибок для каждого отсортированного файла параллельно.
База данных должна быть предварительно разделена на БДсплит(1) и все параметры, кроме
-v, -далькачества -градус, передаются на вызовы уважаемый(1). Значения по умолчанию для
эти параметры как для уважаемый(1). -v флаг для подробного режима также передается в
все звонки в ЛАсорт(1) и LAmerge(1). -даль и -градус варианты описаны позже.
Для базы данных, разделенной на N подблоков, вызовы уважаемый(1) произведет всего
2TN ^ 2 .las файлы при условии, что daligner работает с T-потоками. Затем они будут отсортированы и
объединены в N ^ 2 отсортированных файла .las, по одному для каждой пары блоков. Затем они объединяются в
ceil (log_deg N) фазы, на которых количество файлов геометрически уменьшается в -градус до
на каждую строку блочной матрицы размером N x N приходится 1 файл. Итак, в конце есть N отсортированных .las
файлы, которые при объединении дают один большой отсортированный файл перекрытия.
Ассоциация -даль опция (по умолчанию 4) дает желаемое количество сравнений блоков за один вызов
уважаемый(1). Некоторые должны содержать от-1 сравнения, и первое от-2 блока сравнения
даже меньше, но HPCdaligner "планировщик" делает все возможное, чтобы обеспечить среднюю загрузку
dal-блоков сравнения на команду. В -градус опция (по умолчанию 25) дает максимальное число
файлов, которые будут объединены в один LAmerge(1) команда. Планировщик максимально использует
четное k-арное дерево слияний, в котором количество уровней равно ceil (log_deg N).
Если целые числа первый и последний отсутствуют, то создается сценарий для каждого блока в
база данных. Если первый присутствует, тогда HPCdaligner создает инкрементный скрипт, который
сравнивает блоки первый через последний (последний = первый если нет) друг против друга и
все предыдущие блоки с 1 по первый-1, а затем постепенно обновляет файлы .las для
блоки с 1 по первый-1, и создает файлы .las для блоков первый через последний.
Каждый вывод командной строки UNIX HPCdaligner может быть пакетным заданием (мы используем &&
оператор, чтобы объединить несколько команд в одну строку, чтобы это было так). Зависимости между
рабочие места можно поддерживать, просто запустив сначала все уважаемый(1) рабочие места, затем все
начальные задания сортировки, а затем все задания на каждом этапе внешней сортировки слиянием. Каждый
из этих этапов разделены информативной строкой комментариев для вашего сценария.
удобство.
Используйте HPCdaligner в Интернете с помощью сервисов onworks.net
