Это команда idba_hybrid, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
idba_hybrid - Итеративный ассемблер графа Брейна для гибридных данных секвенирования
СИНТАКСИС
idba_hybrid -r читать.fa -o выходной_каталог [--ссылка исх.фа]
ОПИСАНИЕ
IDBA-Tran - это итеративный ассемблер короткого чтения De Bruijn Graph De Novo для транскриптома.
Это чисто de novo ассемблер, основанный только на чтениях секвенирования РНК. IDBA-Tran использует местные
сборка для восстановления отсутствующих k-мер в транскриптах с низкой экспрессией, а затем использует
прогрессивное срезание контигов для разделения графа на компоненты. Каждый компонент
в большинстве случаев соответствует одному гену и содержит немного транскриптов. Эвристический
Затем для поиска изоформ используется алгоритм, основанный на считывании с конца пары.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-o, --из arg (= выход)
выходной каталог
-r, --читать аргумент
файл чтения fasta (<= 128)
--read_level_2 аргумент
парный конец читает фаста для каркасов второго уровня
--read_level_3 аргумент
парный конец читает фаста для каркасов третьего уровня
--read_level_4 аргумент
парный конец читает фасту для каркасов четвертого уровня
--read_level_5 аргумент
парный конец читает фасту для каркасов пятого уровня
-l, --long_read аргумент
fasta длинный читаемый файл (> 128)
--ссылка аргумент
эталонный геном
- норка arg (= 20)
минимальное значение k (<= 124)
- макск arg (= 100)
максимальное значение k (<= 124)
--шаг arg (= 20)
приращение k-мер каждой итерации
--inner_mink arg (= 10)
внутреннее минимальное значение k
--inner_step arg (= 5)
внутреннее приращение к-мера
--приставка arg (= 3)
длина префикса, используемая для построения таблицы sub k-mer
--min_count arg (= 2)
минимальная кратность для фильтрации k-мер при построении графа
--min_support arg (= 1)
минимальная поддержка в каждой итерации
--num_threads arg (= 0)
количество потоков
--seed_kmer arg (= 30)
размер семян кмеров для выравнивания
--min_contig arg (= 200)
минимальный размер контига
--min_region arg (= 500)
минимальный размер области в эталонном геноме
--похожий arg (= 0.95)
сходство для выравнивания
--max_mismatch arg (= 3)
максимальное рассогласование исправления ошибок
--min_pairs arg (= 3)
минимальное количество пар
--max_gap arg (= 50)
максимальный пробел в ссылке
--no_local
не использовать локальную сборку
--no_coverage
не повторяйте покрытие
--no_correct
не делать исправления
--pre_correction
выполнить предварительную коррекцию перед сборкой
Используйте idba_hybrid онлайн с помощью сервисов onworks.net
