Это команда indigo-deco, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
индиго-деко - определение каркаса молекул и деконволюция R-группы
СИНТАКСИС
индиго-деко файлов [параметры]
индиго-деко -h
ОПИСАНИЕ
индиго-деко обнаружение каркаса молекулы perfoms и деконволюция R-группы. Принято
форматы: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES и CML.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
индиго-деко принимает следующие параметры.
-h Распечатать справочное сообщение
-a Рассчитать приблизительный лесов (по умолчанию точно)
-s
Запишите максимальное количество найденных каркасов в molfile
-S
Записать все найденные скаффолды в SD-файл
-l
Не рассчитывать каркас, а загружать его из файла
-ср
Записать скаффолд с R-сайтами в файл
-o
Запишите полученные выделенные молекулы в файл
-r
Запишите полученные молекулы с разделенными r-группами в файл
созданный Без ароматических соображений
-- Обозначает конец опций
ПРИМЕРЫ
индиго-деко * .mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Считывать молекулы из molfiles в текущем каталоге, сохранять максимальное количество найденных каркасов
в scaf.mol и сохранить выделенные молекулы в hl.sdf.
индиго-деко структура. моль многие.sdf -s скаф.моль -S allscafs.sdf -r рг.сдф
Считайте одну молекулу из структуры.mol и несколько молекул из файла many.sdf, сохраните
молекулы с r-rgoups в rg.sdf и сохраните все найденные каркасы в allscafs.sdf.
индиго-деко * .smi -d Readyscaf.mol -o hl.sdf
Прочтите несколько молекул из каждого файла SMILES в текущем каталоге, прочтите
scaffold из readyscaf.mol и сохраните выделенные молекулы в hl.sdf.
Воспользуйтесь индиго-деко онлайн на сервисах onworks.net
