jackhmmer - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

jackhmmer - итеративный поиск последовательности (ей) в базе данных белков

СИНТАКСИС

Джекхммер [опции]

ОПИСАНИЕ

Джекхммер итеративно ищет каждую последовательность запросов в против цели
последовательность (ы) в . Первая итерация идентична фммер поиск. Для
следующая итерация, множественное выравнивание запроса вместе со всеми целевыми последовательностями
удовлетворяющих включение пороги собирается, из этого выравнивания строится профиль
(идентично использованию хммбилд на выравнивании), и профильный поиск сделано
(идентично хммпоиск с профилем).

Запрос может быть '-' (символ тире), и в этом случае последовательности запросов
читать из труба вместо файла. В не может быть прочитан из
поток, потому что Джекхммер необходимо выполнить несколько проходов по базе данных.

Формат вывода разработан так, чтобы он был удобочитаем, но часто бывает настолько объемным, что
читать его непрактично, а разбирать - мучительно. В --tblout и --domtblout кредита
сохранять вывод в простых табличных форматах, которые являются краткими и удобными для анализа. В -o вариант
позволяет перенаправить основной вывод, в том числе выбросить его в / dev / null.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-h Помощь; напечатайте краткое напоминание об использовании командной строки и всех доступных параметрах.

-N Установите максимальное количество итераций на . По умолчанию 5. Если N = 1, результат
это эквивалентно фммер поиск.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ВЫВОД

По умолчанию вывод для каждой итерации отображается в стандартном выводе в удобочитаемом для человека виде,
несколько разборный формат. Эти параметры позволяют перенаправить этот вывод или сохранить
дополнительные виды вывода в файлы, включая файлы контрольных точек для каждой итерации.

-o Направляйте удобочитаемый вывод в файл .

-A После последней итерации сохраните аннотированное множественное выравнивание всех совпадений.
удовлетворяющие порогам включения (включая исходный запрос) в in
Стокгольмский формат.

--tblout
После последней итерации сохраните табличную сводку совпадений верхней последовательности в в
легко анализируемый, столбчатый формат с разделителями-пробелами.

--domtblout
После последней итерации сохраните сводную табличную информацию о самых популярных доменах в в
легко анализируемый, столбчатый формат с разделителями-пробелами.

--чхмм
В начале каждой итерации проверяйте запрос HMM, сохраняя его в файл с именем
- .Хм в котором - номер итерации (от 1..N).

--чкали
В конце каждой итерации проверяйте выравнивание всех доменов, удовлетворяющих
пороги включения (например, что станет запросом HMM для следующей итерации),
сохранение его в файл с именем <контрольная точка файл префикс> - .sto в Стокгольмском формате,
в котором - номер итерации (от 1..N).

--акк В главном выводе, где это возможно для профилей, используйте присоединения вместо имен.
и / или последовательности.

--ноали
Пропустите секцию выравнивания из основного вывода. Это может значительно снизить производительность.
Объем.

--notextw
Не ограничивайте длину каждой строки в основном выводе. По умолчанию установлено ограничение 120.
символов в строке, что помогает четко отображать вывод на терминалах и
в редакторах, но может обрезать строки описания целевого профиля.

--textw
Установите ограничение длины строки основного вывода на символов в строке. По умолчанию
120.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ SINGLE ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ ОЦЕНКА (ПЕРВЫЙ ИТЕРАЦИЯ)

По умолчанию первая итерация использует модель поиска, построенную на основе одного запроса.
последовательность. Эта модель построена с использованием стандартной матрицы подстановки 20x20 для остатка
вероятности и два дополнительных параметра для позиционно-независимого открытия разрыва и разрыва
расширить вероятности. Эти параметры позволяют использовать параметры оценки одиночной последовательности по умолчанию.
быть измененным.

--popen
Установите вероятность открытия разрыва для модели запроса с одной последовательностью на . По умолчанию
это 0.02. должно быть> = 0 и <0.5.

--pextend
Задайте вероятность расширения разрыва для модели запроса с одной последовательностью равной ,
по умолчанию - 0.4. должно быть> = 0 и <1.0.

--mx
Получите вероятности выравнивания остатков из встроенной матрицы подстановки с именем
. Встроено несколько стандартных матриц, и их не нужно читать из
файлы. Название матрицы может быть PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80 или BLOSUM90. Только один из --mx и --mxfile
могут быть использованы опции.

--mxfile
Получение вероятностей выравнивания остатков из матрицы подстановок в файле
. Матрица оценок по умолчанию - BLOSUM62 (эта матрица является внутренней для HMMER.
и не обязательно должен быть доступен в виде файла). Формат матрицы подстановки
стандартный формат, принятый BLAST, FASTA и другими последовательностями
программное обеспечение для анализа.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ПОРОГОВ

Пороговые значения отчетов контролируют, какие попадания сообщаются в выходных файлах (основной вывод,
--tbloutкачества --domtblout). На каждой итерации ранжируются попадания в последовательность и совпадения в домене.
статистической значимостью (E-значение), а вывод формируется в двух разделах, называемых per-
целевой и для каждого домена вывод. В выходных данных для каждой цели по умолчанию все совпадения последовательностей с
Сообщается значение E <= 10. В выходных данных по доменам для каждой цели, прошедшей пер-
целевые пороговые значения отчетности, все домены, удовлетворяющие пороговым значениям отчетности для каждого домена,
сообщил. По умолчанию это домены с условными E-значениями <= 10. Следующие
параметры позволяют изменить пороги отчетности по E-значению по умолчанию или использовать битовую оценку
вместо порогов.

-E Последовательности отчетов с E-значениями <= в выводе для каждой последовательности. По умолчанию - 10.0.

-T Используйте порог битовой оценки для вывода на каждую последовательность вместо порога E-значения
(любая настройка -E игнорируется). Отчет о последовательностях с битовой оценкой> = . Durch,en
по умолчанию этот параметр не установлен.

-Z Объявите общий размер базы данных как последовательности, для целей E-value
расчет. Обычно E-значения рассчитываются относительно размера базы данных.
вы действительно искали (например, количество последовательностей в target_seqdb). В некоторых
случаев (например, если вы разделили базу данных целевой последовательности на несколько
файлы для распараллеливания вашего поиска), вы можете лучше знать, какой фактический размер
вашего поискового пространства.

--ДОМЕ
Домены отчетов с условными E-значениями <= в выводе по доменам, кроме того
к домену с наивысшей оценкой за каждое значительное совпадение последовательности. По умолчанию - 10.0.

--domT
Используйте пороговое значение битовой оценки для вывода для каждого домена вместо порога E-значения
(любая настройка --domT игнорируется). Сообщите о доменах с битовой оценкой> = in
вывод на домен, в дополнение к домену с наивысшей оценкой для значимой последовательности
ударять. По умолчанию этот параметр отключен.

--domZ
Объявить количество значимых последовательностей последовательности, для целей
условный расчет E-значения для дополнительной значимости предметной области. Как обычно
условные E-значения рассчитываются относительно количества проходящих последовательностей
пороговое значение для каждой последовательности.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ВКЛЮЧЕНИЕ ПОРОГОВ

Пороги включения контролируют, какие попадания включаются в множественное выравнивание и профиль.
построенный для следующей итерации поиска. По умолчанию последовательность должна иметь
последовательность E-value <= 0.001 (см. -E вариант), и любые дополнительные домены в
кроме того, у него должно быть условное значение E <= 0.001 (см. --ДОМЕ
вариант). Разница между порогами отчетности и порогами включения заключается в том, что
пороговые значения включения контролируют, какие попадания фактически используются в следующей итерации (или
окончательный вывод множественного выравнивания, если -A используется опция), тогда как пороговые значения для отчетов
контролировать то, что вы видите на выходе. Пороги отчетности, как правило, более свободны, поэтому вы можете
увидеть пограничные попадания в верхней части шума, которые могут быть интересны.

--incE
Включить последовательности с E-значениями <= в последующей итерации или окончательном выравнивании
вывод -A. По умолчанию 0.001.

--incT
Используйте пороговое значение битовой оценки для включения каждой последовательности вместо значения E
порог (любая настройка --incE игнорируется). Включите последовательности с битовой оценкой
>= . По умолчанию этот параметр отключен.

--incdomE
Включить домены с условными E-значениями <= в последующей итерации или окончательном
выход выравнивания -A, в дополнение к домену с наивысшей оценкой по значительным
последовательность попаданий. По умолчанию - 0.001.

--incdomT
Используйте пороговое значение битовой оценки для включения в каждый домен вместо порога E-значения
(любая настройка --incT игнорируется). Включить домены с битовой оценкой> = . Durch,en
по умолчанию этот параметр не установлен.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ УСКОРЕНИЕ ЭВРИСТИКА

Поиск HMMER3 ускоряется в трехступенчатом конвейере фильтрации: фильтр MSV,
Фильтр Витерби и Прямой фильтр. Первый фильтр самый быстрый и самый
приблизительный; последний - это полный алгоритм прямого подсчета очков, самый медленный, но самый точный.
Между MSV и Витерби также существует ступень фильтра смещения. Мишени, которые проходят все этапы
в конвейере ускорения затем подвергаются постобработке - идентификации домена
и оценка с использованием алгоритма вперед / назад.

По сути, единственными свободными параметрами, которые контролируют эвристические фильтры HMMER, являются P-
пороговые значения, управляющие ожидаемой долей негомологичных последовательностей, которые проходят
фильтры. Установка более высоких пороговых значений по умолчанию пройдет более высокую долю
негомологичная последовательность, повышающая чувствительность за счет скорости; наоборот,
установка более низких пороговых значений P будет проходить в меньшей пропорции, уменьшая чувствительность
и увеличивая скорость. Установка порога P-значения фильтра на 1.0 означает, что он пройдет
все последовательности и эффективно отключает фильтр.

Изменение пороговых значений фильтра только удаляет или включает цели из рассмотрения; изменение
пороговые значения фильтра не изменяют битовые оценки, E-значения или выравнивания, все из которых
определяется исключительно при постобработке.

--Максимум Максимальная чувствительность. Выключите все фильтры, включая фильтр смещения, и запустите полный
Прямая / обратная постобработка для каждой цели. Это увеличивает чувствительность
незначительно, с большой ценой в скорости.

--F1
Порог первого фильтра; установить порог P-значения для шага фильтра MSV. В
по умолчанию - 0.02, что означает, что примерно 2% наивысших оценок негомологичны.
Ожидается, что цели пройдут фильтр.

--F2
Порог второго фильтра; установить порог P-значения для шага фильтра Витерби.
По умолчанию 0.001.

--F3
Третий порог фильтра; установить порог P-значения для шага прямого фильтра. В
по умолчанию 1e-5.

--нобии
Выключите фильтр смещения. Это несколько увеличивает чувствительность, но может
высокая скорость, особенно если запрос имеет смещенный состав остатка (например,
область повторяющейся последовательности, или если это мембранный белок с большими участками
гидрофобность). Без фильтра смещения слишком много последовательностей могут пройти через фильтр.
с предвзятыми запросами, что приводит к более медленной, чем ожидалось, производительности, поскольку
вычислительно-интенсивные алгоритмы прямого / обратного
загрузить.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ПРОФИЛЬ СТРОИТЕЛЬСТВО (ПОТОМ ИТЕРАЦИИ)

Эти параметры управляют определением согласованных столбцов при нескольких выравниваниях, когда
строительные профили. По умолчанию, Джекхммер всегда включает исходную последовательность запросов в
результат выравнивания на каждой итерации, и согласованные позиции определяются этим запросом
последовательность: то есть по умолчанию Джекхммер профиль всегда такой же длины, как и у оригинала
запрос на каждой итерации.

--быстро Определите столбцы консенсуса как те, у которых дробь> = симфракция остатков как
против пробелов. (См. Ниже --symfrac вариант.) Хотя это по умолчанию
вариант конструкции профиля в другом месте (в хммбилд, в частности), он может иметь
нежелательные эффекты в Джекхммер, потому что профиль может итеративно входить
пространство последовательности от исходного запроса, оставляя мало столбцов консенсуса или не оставляя их вообще
соответствующие его остаткам.

--рука Определите согласованные столбцы в следующем профиле, используя справочную аннотацию к множеству
выравнивание. Джекхммер распространяет справочную аннотацию из предыдущего профиля на
многократное выравнивание, а затем к следующему профилю. Это значение по умолчанию.

--symfrac
Определите пороговое значение доли остатка, необходимое для определения столбца консенсуса, когда
используя --быстро вариант. По умолчанию - 0.5. Доля символов в каждом столбце равна
рассчитывается после учета относительного веса последовательности и игнорирования пробелов
символы, соответствующие концам фрагментов последовательности (в отличие от внутренних
вставки / удаления). Установка этого значения на 0.0 означает, что каждый столбец выравнивания будет
назначается как консенсус, что может быть полезно в некоторых случаях. Установив его на 1.0
означает, что только столбцы с 0 пробелами (внутренние вставки / удаления) будут
назначается как консенсус.

--фрагтрэш
Мы хотим считать концевые промежутки как делеции только в том случае, если выровненная последовательность известна.
быть полноразмерным, а не фрагментом (например, потому что только его часть
был секвенирован). HMMER использует простое правило для вывода фрагментов: если длина последовательности
L меньше или равно дроби умноженное на длину выравнивания в столбцах,
тогда последовательность обрабатывается как фрагмент. По умолчанию - 0.5. Параметр
--фрагтрэш0 определит отсутствие (непустую) последовательность как фрагмент; вы можете захотеть
сделайте это, если знаете, что у вас есть тщательно подобранное выравнивание полноразмерных
последовательности. Параметр --фрагтрэш1 определит все последовательности как фрагменты; ты можешь
хотите сделать это, если знаете, что ваш расклад полностью состоит из фрагментов, таких как
как переведено краткое прочтение в метагеномных данных дробовика.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ОТНОСИТЕЛЬНЫЙ ВЕС

Каждый раз, когда профиль создается из множественного выравнивания, HMMER использует специальную последовательность.
алгоритм взвешивания для уменьшения веса близкородственных последовательностей и увеличения веса отдаленно связанных
единицы. Это снижает предвзятость моделей из-за неравномерного филогенетического анализа.
представление. Например, две идентичные последовательности обычно получают половину
вес, который будет иметь одна последовательность (и вот почему Джекхммер не беспокоит всегда
включение исходной последовательности запроса в выравнивание каждой итерации, даже если она найдена
снова в базе данных, которую вы ищете). Эти параметры определяют, какой алгоритм будет использоваться.

--wpb Используйте схему взвешивания последовательности, основанную на позициях Хеникова [Henikoff and Henikoff,
J. Mol. Биол. 243: 574, 1994]. Это значение по умолчанию.

--wgsc Используйте алгоритм взвешивания Gerstein / Sonnhammer / Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
Биол. 235: 1067, 1994].

--wblosum
Используйте ту же схему кластеризации, которая использовалась для взвешивания данных при вычислении BLOSUM.
матрицы подстановки [Henikoff and Henikoff, Proc. Natl. Акад. Sci 89: 10915, 1992].
Последовательности сгруппированы по одной связи с порогом идентичности (по умолчанию 0.62; см.
--вид) и в каждом кластере из c последовательностей каждая последовательность получает относительный вес
1 / с.

--wnone
Без относительного веса. Всем последовательностям присваивается единый вес.

--вид
Устанавливает порог идентификации, используемый однократной кластеризацией при использовании --wblosum.
Недействителен с любой другой схемой взвешивания. По умолчанию 0.62.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ЭФФЕКТИВНОЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ НОМЕР

После определения относительных весов они нормализуются, чтобы получить общую эффективную
Последовательность чисел, eff_nseq. Это число может быть фактическим числом последовательностей в
выравнивание, но оно почти всегда меньше этого. Взвешивание энтропии по умолчанию
метод (--ент) уменьшает эффективный порядковый номер, чтобы уменьшить информационное содержание
(относительная энтропия или средняя ожидаемая оценка истинных гомологов) на согласованную позицию. В
целевая относительная энтропия контролируется двухпараметрической функцией, где два
параметры настраиваются с помощью -- здесь и --эзигма.

--ent Отрегулируйте эффективный порядковый номер для достижения определенной относительной энтропии на
положение (см. -- здесь). Это значение по умолчанию.

--область
Установите эффективный порядковый номер, равный количеству однокомпонентных кластеров в
конкретный порог идентичности (см. --эйд). Этот вариант не рекомендуется; это для
эксперименты, оценивающие насколько лучше --ent есть.

--енон
Отключите определение эффективного порядкового номера и просто используйте фактическое количество
последовательности. Одна из причин, по которой вы, возможно, захотите это сделать, - это попытаться максимизировать относительную
энтропия / положение вашей модели, что может быть полезно для коротких моделей.

--eset
Явно установите эффективный порядковый номер для всех моделей на .

-- здесь
Установите минимальную относительную энтропию / целевое положение на . Требуется --ent, По умолчанию
зависит от алфавита последовательности; для белковых последовательностей это 0.59 бит / позицию.

--эзигма
Устанавливает минимальную относительную энтропию, вносимую выравниванием всей модели, сверх
по всей длине. Это приводит к тому, что короткие модели имеют более высокую относительную
энтропия на позицию, чем -- здесь в одиночку даст. По умолчанию 45.0 бит.

--эйд
Устанавливает дробное парное отсечение идентичности, используемое кластеризацией одиночных связей с помощью
домен --область вариант. По умолчанию - 0.62.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ПРИОРЫ

При построении профиля по умолчанию взвешенные значения преобразуются в среднее апостериорное значение.
оценка параметров вероятности с использованием смеси априорных точек Дирихле. Смесь по умолчанию Дирихле
построены предварительные параметры для моделей белков и моделей нуклеиновых кислот (РНК и ДНК)
дюйм. Следующие параметры позволяют переопределить априорные значения по умолчанию.

--pnone Не используйте приоры. Параметры вероятности будут просто наблюдаемыми
частоты после относительного взвешивания последовательности.

--plaplace Используйте предварительную оценку Лапласа +1 вместо стандартной смеси Дирихле.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ Э-ЗНАЧЕНИЕ КАЛИБРОВКА

Оценка параметров местоположения для ожидаемого распределения оценок для фильтра MSV
оценки, оценки фильтра Витерби и предварительные оценки требуют трех коротких случайных последовательностей
моделирование.

- ЭмЛ
Устанавливает длину последовательности в моделировании, которая оценивает параметр местоположения mu для
MSV фильтрует E-значения. По умолчанию 200.

--ЭмН
Устанавливает количество последовательностей в моделировании, которое оценивает параметр местоположения mu
для Е-значений фильтра MSV. По умолчанию 200.

--EvL
Устанавливает длину последовательности в моделировании, которая оценивает параметр местоположения mu для
Фильтр Витерби. По умолчанию 200.

--ЭвН
Устанавливает количество последовательностей в моделировании, которое оценивает параметр местоположения mu
для фильтра Витерби. По умолчанию 200.

--ЭфЛ
Устанавливает длину последовательности при моделировании, которая оценивает параметр местоположения tau
для форвардных E-значений. По умолчанию 100.

--ЭфН
Устанавливает количество последовательностей в моделировании, которое оценивает параметр местоположения
тау для форвардных E-значений. По умолчанию 200.

- Влево
Устанавливает массовую долю хвоста, чтобы соответствовать моделированию, которое оценивает местоположение
параметр tau для форвардных оценок. По умолчанию 0.04.

ДРУГИЕ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

--ненуль2
Отключите корректировку баллов null2 для смещенной композиции.

-Z Утвердите, что общее количество целей в ваших поисках , для целей
вычислений E-значения для каждой последовательности, а не фактического количества целей
видел.

--domZ
Утвердите, что общее количество целей в ваших поисках , для целей
расчетов условного E-значения для каждой области, а не количества целей
которые превысили пороговые значения для отчетности.

--семя
Заполните генератор случайных чисел , целое число> = 0. Если > 0, любое
стохастическое моделирование будет воспроизводимым; та же команда даст то же самое
полученные результаты. Если равен 0, генератор случайных чисел заполняется произвольно, и
стохастическое моделирование будет варьироваться от запуска к запуску одной и той же команды. По умолчанию
семя 42.

--qformat
Объявите, что ввод запрос_seqfile находится в формате . Принятый файл последовательности
форматы включают FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm и SELEX. Дефолт
заключается в автоматическом определении формата файла.

--tformat
Объявите, что ввод target_seqdb находится в формате . Принятый файл последовательности
форматы включают FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm и SELEX. Дефолт
заключается в автоматическом определении формата файла.

--Процессор
Установите количество параллельных рабочих потоков равным . По умолчанию HMMER устанавливает это значение
количество ядер ЦП, которое он обнаруживает на вашем компьютере, то есть пытается максимизировать
использование имеющихся у вас ядер процессора. Параметр выше, чем количество
доступные ядра не имеют большого значения, но вы можете захотеть установить его на что-то
меньше. Вы также можете контролировать это число, установив переменную среды,
ХММЕР_NCPU.

Эта опция доступна только в том случае, если HMMER был скомпилирован с поддержкой потоков POSIX.
Это значение по умолчанию, но оно могло быть отключено во время компиляции вашего сайта.
или машина почему то.

--ларек
Для отладки версии MPI master / worker: пауза после запуска, чтобы включить
разработчик, чтобы присоединить отладчики к запущенным основным и рабочим процессам. послать
SIGCONT сигнал для отмены паузы. (Под gdb: (GDB) сигнал СЛЕДУЮЩИЙ) (Только
доступно, если во время компиляции была включена дополнительная поддержка MPI.)

--mpi Запустите в режиме главного / рабочего MPI, используя мпирун. (Доступно только в том случае, если дополнительный MPI
поддержка была включена во время компиляции.)

Используйте jackhmmer онлайн с помощью сервисов onworks.net