med2ris — онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

med2ris — преобразует библиографические данные Medline/Pubmed в формат RIS.

СИНТАКСИС

med2ris [-е самый логичный] [-ф исходное кодирование] [-h] [-i] [-l уровень журнала] [-Л журнальный файл] [-о файл]
[-О файл] [-q] [-t для кодирования] [-Т напишите] [-у путь]

ОПИСАНИЕ

med2ris преобразует справочные данные Pubmed в данные RIS. Конвертер понимает как
помеченный формат Pubmed (который внешне напоминает RIS) и формат XML согласно
ПабМедСтатья DTD[1]. В большинстве случаев med2ris способен автоматически обнаружить вводимые данные.
тип данных.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-e место назначения журнала
log-destination может иметь значения 0, 1 или 2 или эквивалентные строки STDERR,
системный журнал или файл, соответственно. Это значение указывает, куда идет информация журнала.
0 (ноль) означает, что сообщения отправляются на stderr. Они сразу доступны на
экран, но они могут мешать выводу команды. 1 отправит вывод на
средство системного журнала. Имейте в виду, что системный журнал должен быть настроен для приема сообщений журнала.
из пользовательских программ см. системный журнал(8) справочная страница для получения дополнительной информации. Unix-подобный
системы обычно сохраняют эти сообщения в /var/log/user.log. 2 отправит сообщения на
настраиваемый файл журнала, который можно указать с помощью -L опцию.

-f исходное кодирование
Выберите кодировку входных символов. Поддерживаемые кодировки зависят от платформы и
обычно можно найти в iconv_open(3). Если кодировки не указаны, ISO-8859-1 ака
Предполагается Latin-1.

-h
Отображает экран справки и использования, затем закрывается.

-i
Вывод дополнительной информации о неизвестных или неиспользуемых тегах. В основном полезно для отладки
преобразование, если формат ввода изменился.

-l уровень журнала
Укажите приоритет, до которого регистрируются события. Это либо число от 0
и 7 или одна из струн Экстрен, бдительный, критика, заблуждаться, предупреждение, уведомление, info, отлаживать,
соответственно (см. также определения уровня журнала). -1 полностью отключает ведение журнала. Низкий
уровень журнала, такой как 0, означает, что в журнал записываются только самые важные сообщения. Более высокий журнал
уровень означает, что регистрируются и менее важные события. 7 будет включать отладку
Сообщения. Последние могут быть подробными и многочисленными, поэтому вам следует избегать этого уровня журнала.
если вам не нужно отслеживать проблемы.

-L журнальный файл
Укажите полный путь к файлу журнала, который будет получать сообщения журнала. Обычно это
будет / var / log / refdba.

-o файл
Отправить вывод на файл. Если файл существует, его содержимое будет перезаписано.

-O файл
Отправить вывод на файл. Если файл существует, результат будет добавлен.

-q
Начните без чтения файлов конфигурации. Клиент будет использовать время компиляции
значения по умолчанию для всех значений, которые вы не устанавливаете с помощью параметров командной строки.

-t для кодирования
Выберите кодировку выходных символов. Поддерживаемые кодировки зависят от платформы и
обычно можно найти в iconv_open(3). Если кодировки не указаны, ISO-8859-1 ака
Предполагается Latin-1.

-T напишите
Переопределяет автоматическое определение типа. Допустимые значения для напишите это «тег» и «xml»
для тегированного формата Pubmed и формата XML Pubmed соответственно.

-y Confdir
Укажите каталог, в котором находятся файлы глобальной конфигурации. Примечание. По умолчанию все
Приложения RefDB ищут свои файлы конфигурации в указанном каталоге.
на этапе настройки при сборке пакета. То есть вам не нужен -y
вариант, если вы не используете предварительно скомпилированные двоичные файлы в необычных местах, например, перемещая
пакет rpm.

КОНФИГУРАЦИЯ

med2ris оценивает файл med2risrc для своей инициализации.

Таблица 1. med2risrc
┌──────────┬───────────────────────┬──────────────── ────────────┐
│Технология │ По умолчанию │ КОММЕНТАРИЙ │
├──────────┼───────────────────────┼──────────────── ────────────┤
│outfile │ (нет) │ Выходной файл по умолчанию │
│ │ │ имя. │
├──────────┼───────────────────────┼──────────────── ────────────┤
│outappend │ t │ Определяет,
│ │ │ вывод добавлен (t) │
│ │ │ в существующий файл или │
│ │ │ перезаписывает (f) │
│ │ │ существующий файл. │
├──────────┼───────────────────────┼──────────────── ────────────┤
│unmapped │ t │ Если установлено значение t, неизвестно │
│ │ │ теги во входных данных │
│ │ │ будет выводиться после │
│ │ │ а ярлык; │
│ │ │ итоговые данные могут быть │
│ │ │ осмотрены, а затем │
│ │ │ отправлено через СЕПГ к │
│ │ │ сними это │
│ │ │ дополнительные строки. Если установлено │
│ │ │ в f, неизвестные теги будут │
│ │ │ можно изящно игнорировать. │
├──────────┼───────────────────────┼──────────────── ────────────┤
│from_enc │ ISO-8859-1 │ Кодировка символов │
│ │ │ входных данных │
├──────────┼───────────────────────┼──────────────── ────────────┤
│to_enc │ ISO-8859-1 │ Кодировка символов │
│ │ │ выходных данных │
├──────────┼───────────────────────┼──────────────── ────────────┤
│logfile │ /var/log/med2ris.log │ Полный путь к │
│ │ │ пользовательский файл журнала. Это │
│ │ │ используется только в том случае, если наибольшее значение имеет │
│ │ │ установить соответствующим образом. │
├──────────┼───────────────────────┼──────────────── ────────────┤
│logdest │ 1 │ Назначение │
│ │ │ информация журнала. 0 = │
│ │ │ распечатать в stderr; 1 = использовать │
│ │ │ средство системного журнала; 2 = │
│ │ │ использовать настраиваемый файл журнала. │
│ │ │ Последнему нужен │
│ │ │ правильная установка │
│ │ │ файл журнала. │
├──────────┼───────────────────────┼──────────────── ────────────┤
│loglevel │ 6 │ Уровень журнала до │
│ │ │ какие сообщения будут │
│ │ │ отправлено. Низкое значение (0) │
│ │ │ позволяет только самому │
│ │ │ важные сообщения, а │
│ │ │ высокое значение (7) позволяет │
│ │ │ все сообщения, включая │
│ │ │ сообщения отладки. -1 означает │
│ │ │ ничего не будет записано. │
└──────────┴───────────────────────┴──────────────── ────────────┘

ДАННЫЕ ОБРАБОТКА

Ключевые слова с несколькими подзаголовками MeSH делятся на несколько ключевых слов с одним MeSH.
подзаголовок каждый. Это значительно упрощает поиск подзаголовков MeSH.

med2ris не проверяет входные файлы. То есть входные файлы должны соответствовать
правила источников данных, иначе результаты преобразования не предсказуемы.

Используйте med2ris онлайн с помощью сервисов onworks.net