mhap - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mhap - вероятностное перекрытие последовательностей

ОПИСАНИЕ

Пожалуйста, установите -s или -p параметры. См. Параметры ниже: MHAP: протокол выравнивания MinHash.
Инструмент для поиска перекрытий длинночитаемых последовательностей (таких как PacBio или Nanopore) в
биоинформатика.

Версия: 1.6, время сборки: 09, 12:2015 Использование 11 (прямое выполнение): java
-сервер -XMX -банка -s[-q
файл>] [-f ] Использование 2 (создание предварительно вычисленных
двоичные файлы): java -сервер -XMX -банка -p
-q [-f ]

--выравнивание, по умолчанию = false
Экспериментальный вариант.

--выравнивание-смещение, по умолчанию = -0.535
Смещение, учитывающее разницу в счете совпадения выравнивания.

--alignment-оценка, по умолчанию = 1.0E-6
Отсечка для совпадений по выравниванию.

--фильтр-порог, по умолчанию = 1.0E-5
[double], порог, при котором k-мер в файле фильтра k-mer считается
повторяющийся. Это значение для конкретного k-мер указано во втором столбце в
файл фильтра. Если файл фильтра не указан, этот параметр игнорируется.

--Помогите, по умолчанию = false
Отображает меню справки.

--max-сдвиг, по умолчанию = 0.2
[double], размер области слева и справа от предполагаемого перекрытия, как получено
от медианного сдвига и длины последовательности, где совпадения k-mer все еще
считается действительным. Только фильтр второй ступени.

--мин-длина магазина, по умолчанию = 0
[int], минимальная длина чтения, которое хранится в ящике. Используется для фильтрации
короткие чтения из файла FASTA.

- быстрый нанопор, по умолчанию = false
Установите все параметры для быстрого набора Nanopore. Это лучший на данный момент
руководство и может измениться в любой момент без предупреждения.

- без себя, по умолчанию = false
Не вычисляйте перекрытия между последовательностями внутри блока. Следует использовать, когда
последовательности в и из исходят из разных файлов.

--num-хэши, по умолчанию = 512
[int], количество минут, которые будут использоваться в MinHashing.

--num-min-матчей, по умолчанию = 3
[int], минимум # min-mer, который должен быть разделен перед вычислением фильтра второй ступени.
Любые последовательности ниже этого значения считаются неперекрывающимися.

--num-thread, по умолчанию = 12
[int], количество потоков, используемых для вычислений. Обычно устанавливается равным 2 x # баллов.

--pacbio-быстро, по умолчанию = false
Установите все параметры для быстрой настройки PacBio. Это лучший на данный момент
руководство и может измениться в любой момент без предупреждения.

--пакбиочувствительный, по умолчанию = false
Установите все параметры для чувствительных настроек PacBio. Это лучший на данный момент
руководство и может измениться в любой момент без предупреждения.

--store-полный идентификатор, по умолчанию = false
Храните полные идентификаторы, как показано в файле FASTA, а не просто последовательность
положение в файле. Некоторые файлы FASTA имеют длинные IDS, что замедляет вывод результатов.
Этот параметр игнорируется при использовании формата сжатого файла.

--порог, по умолчанию = 0.04
[double], пороговое значение оценки сходства для второго этапа сортировки-слияния.
фильтр. Это основано на среднем количестве совпадающих k-мер в перекрывающихся
область.

--версия, по умолчанию = false
Отображает версию и время сборки.

- взвешенный, по умолчанию = false
Выполните взвешенное минимальное хеширование.

-f, по умолчанию = ""
Файл фильтра k-mer, используемый для фильтрации часто повторяющихся k-мер. Должен быть отсортирован
в порядке убывания частоты (второй столбец).

-h, по умолчанию = false
Отображает меню справки.

-k, по умолчанию = 16
[int], размер k-мер, используемый для MinHashing. Размер k-мер для фильтра второй ступени составляет
отдельный и не может быть изменен.

-p, по умолчанию = ""
Только использование 2. Каталог, содержащий файлы FASTA, которые необходимо преобразовать в
двоичный формат для хранения.

-q, по умолчанию = ""
Использование 1: файл чтения FASTA или каталог файлов, которые будут сравниваться с
набор чтений в коробке (см. -s). Использование 2: выходной каталог для двоичного файла
форматированные файлы dat.

-s, по умолчанию = ""
Только использование 1. FASTA или двоичный файл данных (см. Использование 2) чтений, которые будут
хранится в ящике, и с ним будут сравниваться все последующие чтения.

Используйте mhap онлайн с помощью сервисов onworks.net