Это команда micro_razers, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
micro_razers
СИНТАКСИС
micro_razers [ОПЦИИ]
ОПИСАНИЕ
MicroRazerS использует стратегию сопоставления на основе префиксов для сопоставления возможных чтений малых РНК.
содержащий 3 'адаптерную последовательность.
(c) Авторские права 2009 Анн-Катрин Эмде.
-h, --Помогите
Отображает это справочное сообщение.
--версия
Отображение информации о версии
Основные параметры:
-o, --выход ФАЙЛОВ
Измените имя выходного файла. Дефолт: .результат.
-рр, - узнаваемость NUM
установить процент распознавания в диапазоне [80..100]. По умолчанию: 100.
-SL, - длина семян NUM
длина посевного материала В диапазоне [10..inf]. По умолчанию: 16.
-sE, --seed-ошибка
допустить одну ошибку в семени
-f, --вперед
карта читает только прямые потоки.
-r, --задний ход
карта читает только обратные цепочки.
-мН, --матч-N
'N' соответствует всем остальным символам
-m, --макс-хиты NUM
вывести только ЧИСЛО лучших совпадений в диапазоне [1..inf]. По умолчанию: 100.
-па, --purge-неоднозначный
чистка читает с более чем максимальным количеством совпадений
-лм, --мало памяти
уменьшить использование памяти за счет времени выполнения
-v, --подробный
подробный режим
-вв, --vverbose
очень подробный режим
Параметры выходного формата:
-из, --Формат вывода NUM
Установите выходной формат. 0 = формат MicroRazerS, 1 = SAM. В диапазоне [0..1].
-a, --выравнивание
сбрасывать расклад для каждого матча
-gn, - именование генома NUM
Выберите, как будут названы геномы. 0 = использовать Fasta id, 1 = перечислять, начиная с 1. В
диапазон [0..1]. По умолчанию: 0.
-рн, - чтение-именование NUM
Выберите, как будут названы чтения. 0 = использовать Fasta id, 1 = перечислять, начиная с 1. В
диапазон [0..1]. По умолчанию: 0.
-так, --Порядок сортировки NUM
Выберите способ сортировки совпадений. 0 = число чтения, 1 = положение в геноме. В диапазоне
[0..1]. По умолчанию: 0.
-ПФ, - формат позиции NUM
Выберите нумерацию начальной / конечной позиции (см. Раздел «Координаты» ниже). 0 = пробел,
1 = позиционное пространство. В диапазоне [0..1]. По умолчанию: 0.
Версия
micro_razers версия: 1.0.1 Последнее обновление июль 2009 г.
Используйте micro_razers онлайн с помощью сервисов onworks.net
