АнглийскийФранцузскийИспанский

Запустить серверы | Ubuntu > | Fedora > |


Значок OnWorks

micro_razers - Интернет в облаке

Запустите micro_razers в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это команда micro_razers, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


micro_razers

СИНТАКСИС

micro_razers [ОПЦИИ]

ОПИСАНИЕ

MicroRazerS использует стратегию сопоставления на основе префиксов для сопоставления возможных чтений малых РНК.
содержащий 3 'адаптерную последовательность.

(c) Авторские права 2009 Анн-Катрин Эмде.

-h, --Помогите

Отображает это справочное сообщение.

--версия

Отображение информации о версии

Основные параметры:

-o, --выход ФАЙЛОВ

Измените имя выходного файла. Дефолт: .результат.

-рр, - узнаваемость NUM

установить процент распознавания в диапазоне [80..100]. По умолчанию: 100.

-SL, - длина семян NUM

длина посевного материала В диапазоне [10..inf]. По умолчанию: 16.

-sE, --seed-ошибка

допустить одну ошибку в семени

-f, --вперед

карта читает только прямые потоки.

-r, --задний ход

карта читает только обратные цепочки.

-мН, --матч-N

'N' соответствует всем остальным символам

-m, --макс-хиты NUM

вывести только ЧИСЛО лучших совпадений в диапазоне [1..inf]. По умолчанию: 100.

-па, --purge-неоднозначный

чистка читает с более чем максимальным количеством совпадений

-лм, --мало памяти

уменьшить использование памяти за счет времени выполнения

-v, --подробный

подробный режим

-вв, --vverbose

очень подробный режим

Параметры выходного формата:

-из, --Формат вывода NUM

Установите выходной формат. 0 = формат MicroRazerS, 1 = SAM. В диапазоне [0..1].

-a, --выравнивание

сбрасывать расклад для каждого матча

-gn, - именование генома NUM

Выберите, как будут названы геномы. 0 = использовать Fasta id, 1 = перечислять, начиная с 1. В
диапазон [0..1]. По умолчанию: 0.

-рн, - чтение-именование NUM

Выберите, как будут названы чтения. 0 = использовать Fasta id, 1 = перечислять, начиная с 1. В
диапазон [0..1]. По умолчанию: 0.

-так, --Порядок сортировки NUM

Выберите способ сортировки совпадений. 0 = число чтения, 1 = положение в геноме. В диапазоне
[0..1]. По умолчанию: 0.

-ПФ, - формат позиции NUM

Выберите нумерацию начальной / конечной позиции (см. Раздел «Координаты» ниже). 0 = пробел,
1 = позиционное пространство. В диапазоне [0..1]. По умолчанию: 0.

Версия

micro_razers версия: 1.0.1 Последнее обновление июль 2009 г.

Используйте micro_razers онлайн с помощью сервисов onworks.net


Ad


Ad