minccalc - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

minccalc - выполнять сложные математические операции с файлами minc

СИНТАКСИС

минкальк [ ] .mnc [ .mnc ...] .mnc

ОПИСАНИЕ

Минкальк будет выполнять сложные математические операции воксель за вокселем над одним или несколькими файлами minc
одинаковой формы и с одинаковой выборкой координат, что дает единый выходной файл.
Операции, которые необходимо выполнить, вводятся с помощью -выражение аргумент (см. ВЫРАЖЕНИЯ).
По умолчанию выходной файл является последним аргументом, не являющимся параметром. Однако если -выходной файл
используется опция, тогда все аргументы, не являющиеся опциями, считаются входными файлами, а выходные
имена файлов взяты из -выходной файл варианты, которых может быть более одного.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Обратите внимание, что параметры могут быть указаны в сокращенной форме (если они уникальны) и
можно указать в любом месте командной строки.

-2 Создайте файлы вывода в формате MINC 2.0.

-Помощь Распечатайте сводку параметров командной строки и выйдите.

-версия
Выведите номер версии программы и выйдите.

-слобер
Перезаписать существующий файл.

-ноклоббер
Не перезаписывать существующий файл (по умолчанию).

-no_clobber
Синоним -noclobber.

-подробный
Распечатайте информацию о ходе выполнения для каждого скопированного фрагмента данных (по умолчанию).

-тихо Не распечатывайте информацию о ходе выполнения.

-отлаживать Распечатайте отладочную информацию.

-copy_header
Скопируйте всю информацию заголовка из первого входного файла (по умолчанию для одного входного файла).
файл).

-nocopy_header
Не копируйте весь заголовок из первого входного файла; копировать только координаты
информация (по умолчанию для нескольких входных файлов).

-тип файла
Создайте выходной файл того же типа, что и первый входной файл (по умолчанию).

-байт Сохраняйте выходные воксели в 8-битном целочисленном формате.

-Short Сохраняйте выходные воксели в 16-битном целочисленном формате.

-инт Сохраняйте выходные воксели в 32-битном целочисленном формате.

-долго Заменено -инт.

-плавать Сохраняйте выходные воксели в 32-битном формате с плавающей запятой.

-double
Сохраняйте выходные воксели в 64-битном формате с плавающей запятой.

-подписанный
Используйте знаковый целочисленный формат с дополнением до двух. Применяется, только если тип выходного вокселя
указывается как целочисленный тип (один из -байт, -Short, -инт or -долго).

- неподписанный
Используйте беззнаковый целочисленный формат. Применяется только в том случае, если тип выходного вокселя указан как
быть целочисленным типом (одним из -байт, -Short, -инт or -долго).

-ассортимент мин Макс
Ограничьте допустимый диапазон целочисленных данных. Применяется, только если один из -байт,
-Short, -инт or -долго параметры указаны.

-max_buffer_size_in_kb размер
Укажите максимальный размер внутренних буферов (в килобайтах). По умолчанию 4096
(4MB).

-размерности тусклое имя
Укажите измерение, по которому мы хотим выполнить кумулятивную операцию.

-check_dimensions
Убедитесь, что все входные файлы имеют соответствующую выборку в мировых измерениях (по умолчанию).

-nocheck_dimensions
Игнорируйте любые различия в выборке измерений мира для входных файлов.

-propagate_nan
Для кумулятивных векторных операций (сумма, толчок и средний), неверные данные (Not-A-Number
или NaN) в любом элементе вектора приведет к неверным данным в результате
(по умолчанию).

-ignore_nan
Для кумулятивных векторных операций недопустимые данные (NaN) в векторе игнорируются, т.е.
лечился как будто его нет.

-нан Когда в вокселе предпринимается недопустимая операция (например, деление на ноль),
результат - недопустимые данные (NaN) (по умолчанию). Отсутствие действительных входных данных для совокупного
операция также считается незаконной, если -ignore_nan используется.

-нуль Когда в вокселе предпринимается недопустимая операция (например, деление на ноль),
результат равен нулю.

-незаконное_значение ценностное
Когда в вокселе предпринимается недопустимая операция (например, деление на ноль),
результат - это значение, указанное этой опцией.

-выражение string
Укажите выражение для оценки в каждом вокселе (см. ВЫРАЖЕНИЯ).

-expfile имя файла
Укажите файл, содержащий выражение для оценки в каждом вокселе (см.
ВЫРАЖЕНИЯ). Если указано имя файла `` - '', то выражение считывается из стандартного ввода.
Единственное отличие от выражений командной строки состоит в том, что комментарии могут быть даны в
файл. Строка комментария указывается путем помещения символа # в качестве первого не-
пробельный символ строки. Скрипты Minccalc можно создать, установив параметр
первая линия к

#! / usr / местный / mni / bin / minccalc -expfile

-выходной файл символ выходной файл
Укажите, что вывод должен быть записан в указанный файл, принимая значения из
символ, который необходимо создать в выражении (см. ПРИМЕРЫ раздел). Если
дается эта опция, тогда все аргументы, не являющиеся опциями, принимаются как входные файлы. Этот
опцию можно использовать несколько раз для нескольких файлов вывода.

-eval_width ценностное
Укажите количество вокселей для параллельной обработки. По умолчанию 200.

ВЫРАЖЕНИЯ

Ассоциация -выражение Аргумент - это одна строка, описывающая оцениваемую функцию. В
Функциональное выражение обычно записывается в терминах вектора A.

Например, следующее выражение суммирует первые два входных файла:

A [0] + A [1]

Можно указать несколько выражений, разделенных точкой с запятой, и в этом случае только значение
используется последнее выражение. Эти списки выражений можно использовать с присваиванием
выражения, чтобы сделать синтаксис очень похожим на C:

соотношение = A [0] / A [1]; A [2] * exp (-ratio)

Список выражений в фигурных скобках является допустимым выражением и возвращает значение последнего.
выражение в списке. Это особенно полезно в для и if выражения (см. ниже).

В языке есть два типа значений: векторы и скаляры. Скалярные литералы
числа с плавающей запятой или могут отображаться как символы, имя которых начинается со строчной буквы.

Помимо обычных скалярных операторов, таких как +, -, * и /, язык выражений также
поддерживает инфиксный оператор возведения в степень ^, обычные операторы отношения <, <=,>,
> =, ==,! =, а также логические операторы && (и), || (или) и! (нет). Обратите внимание, что
&& и || логические операторы всегда оценивают оба операнда, в отличие от C. скалярных математических
функции включают ABS, SQRT, ехр, журнал, без, тележка, загар, как в, экоса и загар, Это также
некоторые специализированные функции:

isnan (v) - 1, если v неверно, и 0 в противном случае
зажим (v1, v2, v3) - v1, ограниченный [v2, v3]
сегмент (v1, v2, v3) - проверяет, находится ли v1 в [v2, v3]

Скалярная константа NaN определяется таким образом, что isnan (NaN) возвращает 1.

Векторы можно записать в следующей "экстенсиональной" форме

[значение1, значение2, ...]

или используя следующие обозначения, генерирующие диапазон:

[a: b] генерирует {a, a + 1, ..., b-1, b}
[a: b) порождает {a, a + 1, ..., b-1}
(a: b] генерирует {a + 1, ..., b-1, b}
(a: b) порождает {a + 1, ..., b-1}

или быть порожденным "интенсификацией". Следующее выражение с интенсивностью генерирует вектор
{3,2,1}:

{я в [1: 3] | 4 - i}

Векторы также могут отображаться как символы, имя которых начинается с заглавной буквы.

В дополнение к скалярным операторам предоставляются следующие векторные операторы:

avg - среднее значение скаляров в векторе
len - длина
sum - сумма элементов
prod - продукт элементов
max - максимальное значение
min - минимальное значение
imax - индекс максимального значения
imin - индекс минимального значения
V [s] - s-й элемент вектора V с началом 0.

Имена символов вводятся в глобальную таблицу символов с помощью выражений присваивания
форма

а = А [2] * журнал(2)

Символы, начинающиеся с строчной буквы, представляют скаляры, а символы, начинающиеся с
прописные буквы обозначают векторы. Поскольку = является оператором, его результат можно использовать в
выражение (как в C).

Предоставляется несколько управляющих конструкций:

Циклы For могут быть созданы для обхода вектора, присвоения каждого значения символу, а затем
оценка выражения. Это делается с помощью выражений вида

всего = 0; for {i in [0: len (A))} total = total + A [i]; общий

что эквивалентно сумме (A). Обратите внимание, что это похоже на использование

всего = 0; len {я в [0: len (A)) | total = total + A [i]}; общий

С для конструкция на самом деле является оператором (хотя обычно он используется только для
изменение значений символов). Также обратите внимание, что без окончательного «итога» выражение будет
не очень полезен, так как он вернет только длину вектора.

Как и в C, список выражений можно указать в фигурных скобках:

total = total2 = 0;
для {я в [0: len (A))} {
всего = всего + A [i];
total2 = total2 + A [i] ^ 2
}

Есть также несколько форм если-то-иначе построить:

A [0] <0? 0: A [0]

если (A [0] <0) результат = 0 иначе результат = A [0]

Ассоциация еще не является обязательным. Опять же, конструкция if является оператором, а тогда or еще
выражения могут быть списками выражений в фигурных скобках, и в этом случае значение последнего
выражение возвращается. Если еще выражение отсутствует, возвращается значение 0
когда тестовое выражение равно 0 (ложь).

Основная странность с для и if конструкции заключается в том, что в отличие от операторов C они должны
отделяться от следующего выражения точкой с запятой, даже если список выражений в
кудри используется:

для i в [0: len (A)) {total = total + A [i]}; всего / лён (A)
если (A [я]> 0) {результат = 2;} еще {результат = 1}; результат * 5

Альтернативный способ ввести имена символов - через позволять-выражения. Например,
следующее выражение всегда будет оцениваться как 3:

пусть a = 1, b = 2 в a + b

Изначально они были разработаны для создания переменных только в вычисляемом выражении,
но были внесены изменения в глобальную таблицу символов.

ПРИМЕРЫ

Вот выражение для расчета стандартного отклонения с учетом
возможность неверных входных данных, которые игнорируются:

с0 = с1 = с2 = 0;

для {я в [0: len (A))} {
v = A [i];
if (! isnan (v)) {
с0 = с0 + 1;
с1 = с1 + v;
s2 = s2 + v * v;
}
};

if (s0> 1) {
sqrt ((s2 - s1 * s1 / s0) / (s0-1));
}
еще {
НаН;
};

Последнее if можно изменить так, чтобы оно возвращало 0, если s0> 0, но <= 1. Мы также отбрасываем фигурные скобки.
скобки, но тогда не должно быть ";" между if и else

если (s0> 1)
sqrt ((s2 - s1 * s1 / s0) / (s0-1))
иначе, если (s0> 0)
0
еще
NaN

Если нам нужны как среднее значение, так и стандартное отклонение, мы можем использовать -выходной файл вариант,
вызов команды с

minccalc -expfile стандартное устройство \
-outfile означает среднее значение.mnc \
-outfile стандартного устройства stdev.mnc \
файл1.mnc файл2.mnc ...

И используя файл выражения (с еще одной формой выражения if):

с0 = с1 = с2 = 0;

для {я в [0: len (A))} {
v = A [i];
if (! isnan (v)) {
с0 = с0 + 1;
с1 = с1 + v;
s2 = s2 + v * v;
}
};

stdev = (s0> 1)? sqrt ((s2 - s1 * s1 / s0) / (s0-1)):
(s0> 0)? 0: NaN;
среднее = (s0> 0)? s1 / s0: NaN;

Пещеры

Вам следует запомнить несколько вещей ...

Векторные переменные должны начинаться с заглавной буквы.

Имена векторных переменных не должны быть одним из ключевых слов функции,
сумма, длина, прод и т. д.

Для циклов и выражений if всегда необходимо отделить от следующего выражения символом
точка с запятой.

Таблица символов является глобальной.

Логические операторы && и || всегда оценивайте оба операнда.

Замечание о параллелизме: из соображений эффективности оценки выполняются сразу на нескольких вокселях.
(количество вокселей называется шириной оценки и изменяется с
домен -eval_width вариант). Странным следствием этого является то, что обе стороны if-else
всегда оцениваются (если все воксели не дают одинаковый результат теста), но
утверждения внутри каждого консеквента оцениваются только на соответствующих вокселях. В
в частности, записи в таблице символов изменяются только в соответствии с воксельной маской. А
побочным эффектом этого является то, что любой векторный символ, установленный в консеквенте if-else, не должен изменяться
длина символа (хотя он может его создать) и обе стороны консеквента должны
согласовывают длину любых векторных символов, которые они оба изменяют. Если это не ясно,
просто попробуйте - программа пожалуется, если ей не понравится.

Используйте minccalc онлайн с помощью сервисов onworks.net