mincreshape - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mincreshape - вырезает гиперпласт из файла minc (с изменением порядка размеров)

СИНТАКСИС

Mincreshape [ ] .mnc .mnc

ОПИСАНИЕ

Минкрешейп основная задача - вырезать гиперпластин из файла minc и поместить его в новый
minc файл. «Что такое гиперлаборатория?», - спросите вы. Это просто многомерный блок, указанный
с начальным индексом (вектор, задающий координаты вокселя) и вектором счета (количество
вокселы по каждой оси). Единственный срез тома - это гиперпластинка (со счетом 1
в направлении среза) небольшой блок, извлеченный из большого объема, представляет собой гиперпластинку,
единичный объем эхо-сигнала из набора данных МРТ с несколькими эхосигналами - это гиперлаборатория, одна временная точка из
динамическое приобретение - это гиперлаборатория - вы поняли. Проверьте -Начало, -счет и
-диранж options для получения более подробной информации о том, как это сделать (и посмотрите на примеры!). если ты
вытягивают только одну точку по размеру, у вас есть возможность сделать
измерение исчезает, поэтому Mincreshape дает вам возможность уменьшить размерность
файл minc. Кроме того, вы не обязаны указывать гиперлабораторию, которая находится только в пределах
входной файл, вы можете выходить за пределы размеров входного файла, и
кроме того, вы можете указать счетчик, который перевернет данные по измерению.

Как будто всего этого мало, Mincreshape имеет возможность изменить порядок размеров. Большинство
Очевидный случай - преобразование поперечного изображения в корональное изображение. Но вы можете ввести
список имен измерений, чтобы получить произвольный порядок измерений.

Ты хочешь больше!?! Ладно ладно. Минкрешейп выполняет все операции ICV библиотеки minc
доступно в командной строке. Для тех, кто любит определенные вещи, ICV - это изображение.
переменная преобразования (не спрашивайте меня, почему я ее так назвал), которая в основном позволяет вам сообщить
данные, как это будет выглядеть. Другими словами, он делает за вас множество преобразований.
Эти преобразования включают изменение типа, диапазона и нормализацию значений вокселей,
расширение или сжатие изображений (путем дублирования или усреднения вокселей) для получения заданного
размер изображения и преобразование векторных изображений в скалярные.

Чтобы вы не запутались, позвольте мне сказать вам здесь четко: Mincreshape делает все
Сначала выполняется преобразование ICV, а затем к
результат этого. Итак, если вы хотите смешать их вместе (например, -размер изображения, -Начало, -счет),
сначала проясните это в своей голове.

Хорошо, держитесь за свое место: вот список вариантов.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Обратите внимание, что параметры могут быть указаны в сокращенной форме (если они уникальны) и
можно указать в любом месте командной строки.

Общие кредита

-2 Создайте файлы вывода в формате MINC 2.0.

-слобер
Перезаписать существующий файл.

-ноклоббер
Не перезаписывать существующий файл (по умолчанию).

-подробный
Распечатайте информацию о ходе выполнения для каждого скопированного фрагмента данных (по умолчанию). Кусок
различается по размеру в основном в зависимости от того, повторно заказываете ли вы размеры или нет, и
насколько большим может быть внутренний буфер.

-тихо Не распечатывайте информацию о ходе выполнения.

-max_chunk_size_in_kb размер
Укажите максимальный размер буфера копирования (в килобайтах). По умолчанию 4096 кбайт.
(4 мг).

Фото товара Преобразование кредита (пиксель напишите и диапазон):

По умолчанию для типа, знака и допустимого диапазона используются значения из входного файла. Если тип
указано, то и знак, и допустимый диапазон устанавливаются по умолчанию для этого типа. Если знак
указано, то для типа и знака устанавливается допустимый диапазон по умолчанию.

-тип файла
Не выполнять преобразование типов (по умолчанию).

-байт Сохраняйте выходные воксели в 8-битном целочисленном формате.

-Short Сохраняйте выходные воксели в 16-битном целочисленном формате.

-инт Сохраняйте выходные воксели в 32-битном целочисленном формате.

-долго Заменено -инт.

-плавать Сохраняйте выходные воксели в 32-битном формате с плавающей запятой.

-double
Сохраняйте выходные воксели в 64-битном формате с плавающей запятой.

-подписанный
Запишите значения как целые числа со знаком (по умолчанию для кратких и длинных). Игнорируется для
типы с плавающей запятой.

- неподписанный
Записывайте значения как целые числа без знака (по умолчанию для байтов). Игнорируется из-за плавающего
точечные типы.

-valid_range мин Макс
указывает допустимый диапазон выходных значений вокселей в их целочисленном представлении.
По умолчанию используется полный диапазон типа и знака. Эта опция игнорируется для
значения с плавающей запятой.

-image_range мин Макс
Нормализовать изображения до заданного минимального и максимального реального значения (не значения вокселя).

-нормализовать
Нормализовать изображения до реального минимума и максимума для всего входного файла.

-нонормировать
Не нормализовать изображения (по умолчанию).

-нопиксфилл
Не конвертируйте значения вне диапазона во входном файле, просто скопируйте их.

-пиксельное заполнение
Заменить значения вне диапазона во входном файле на наименьшее возможное значение (по умолчанию).

-pixfillvalue ценностное
Укажите новое значение пикселя, чтобы заменить значения вне диапазона во входном файле.

Фото товара Преобразование кредита (измерение направление и размер):

-скалярный
Преобразование векторных изображений в скалярные изображения (векторное изображение - это изображение с вектор_размерность
как самый быстро меняющийся размер). Размерность вектора удалена, а значения
в среднем.

-носкалярный
Не конвертировать векторные изображения в скалярные изображения (по умолчанию).

+ направление
Переворачивайте изображения, чтобы задать положительное значение шага для пространственных осей. Обратите внимание, что переворачивание
пространственных осей применяется только к «размерам изображения». Это два самых быстрых
различные (не векторные) размеры в файле. Если вы хотите перевернуть не изображение
размер, вы можете преобразовать его в размер изображения с помощью -размер тусклое имя= -1 (
-1 означает, что на самом деле не меняйте размер). Ознакомьтесь с примерами.

-направление
Переворачивайте изображения, чтобы задать отрицательное значение шага для пространственных осей.

-в любом направлении
Не переворачивайте изображения по пространственным осям (по умолчанию).

+ xdirection
Отразите изображения, чтобы получить положительное значение xspace: step (слева направо).

-xнаправление
Отразите изображения, чтобы получить отрицательное значение xspace: step (справа налево).

-xanydirection
Не переворачивайте изображения по оси x.

+ ydirection
Переверните изображения, чтобы получить положительное значение yspace: step (от заднего к переднему).

-yнаправление
Отразите изображения, чтобы получить отрицательное значение yspace: step (от переднего к заднему).

-yanydirection
Не переворачивайте изображения по оси Y.

+ zdirection
Переворачивайте изображения, чтобы получить положительное значение zspace: step (от нижнего к высшему).

-zнаправление
Отразите изображения, чтобы получить отрицательное значение zspace: step (от высшего к низшему).

-zanydirection
Не переворачивайте изображения по оси z.

-держать взгляд
Сохраняйте соотношение сторон при изменении размера изображений. Это означает, что воксели реплицируются.
(или усредненное) одинаковое количество раз по каждому измерению изображения.

-nokeepaspect
Не принудительно сохранять соотношение сторон при изменении размера изображений (по умолчанию).

-размер изображения размер
Укажите желаемый размер изображения (используется, если -размер or -большой размер не дано).

-размер размер
Укажите желаемое количество строк на изображении.

-большой размер размер
Укажите желаемое количество столбцов на изображении.

-размер измерение=размер
Укажите размер именованного измерения (измерение=размер). Обратите внимание, что только изменение размера
применяется к "размерам изображения" - обычно двум самым быстро меняющимся (не векторным)
Габаритные размеры. Чтобы изменить размер, все быстро меняющиеся размеры до
именованные размеры преобразуются в размеры изображения, на которые затем влияют
варианты направления. Имя размера и размер должны быть в одной командной строке.
аргумент, поэтому, если вы используете пробелы (что нормально), не забудьте использовать кавычки, чтобы скрыть их
из оболочки.

Перестройка опции:

-поперечный
Выпишите поперечные срезы.

-сагиттальный
Выпишите сагиттальные срезы.

-коронковый
Выпишите коронковые срезы.

-расстройство dim1,dim2,dim3, ...
Укажите порядок размеров, где тусклый? являются названиями размеров. Вы можете дать
меньше размеров, чем существует в файле: предполагается, что они изменяются быстрее всего
размеры в выходном файле (так -поперечный в точности эквивалентен -расстройство
zspace, yspace, xspace). Опять же, между именами разрешены пробелы, но не забудьте
скрыть их от оболочки кавычками.

-диранж Солнце=Начало[,считать]
Укажите диапазон нижних индексов размера для размера Солнце. Если считать отсутствует или
0, то принимается равным 1, но удаляем размер из выходного файла (a
count 1 сохранит размер 1). Отрицательный считать означает перевернуть данные
по этому измерению - в данном случае Начало указывает наивысшую координату вокселя
для измерения (-диранж xspace = 3, -3 дает перевернутую версию
-диранж xspace = 1,3). Варианты -Начало и -счет предоставить альтернативный способ
укажите ту же информацию.

-Начало Координаты0,Координаты1,Координаты2, ...

Определяет начальный угол гиперплоскости (координаты идут от самого медленного изменения
размер до самого быстрого). Если указано меньше координат, чем размеры существуют в
файл, то предполагается, что они применяются к самым медленным изменяющимся размерам и
остальные координаты равны 0. См. -диранж Больше подробностей. Оба -Начало и
-счет дать векторы, которые соответствуют размерам входного файла после изображения
были применены варианты преобразования (ICV).

-счет size0,size1,size2, ...
Определяет длину ребер гиперплоскости для считывания (координаты меняются от самых медленных)
размер до самого быстрого). Если указано меньше размеров, чем существует в файле,
то предполагается, что они применяются к самым медленно меняющимся размерам, а оставшиеся
размеры установлены на полный размер измерения. Видеть -диранж Больше подробностей.
Оба формата -Начало и -счет дать векторы, которые соответствуют размерам входного файла после
применены параметры преобразования изображений (ICV).

Отсутствующий данным опции:

-без заполнения
Используйте нулевое значение для точек за пределами входного объема (по умолчанию).

-заполнить Используйте значение заполнения для точек за пределами входного объема (минимально возможное значение).

-fillvalue ценностное
Укажите значение заливки для точек за пределами входного объема (это реальное значение,
не значение пикселя).

Общий кредита для Найти команды:

-Помощь Распечатайте сводку параметров командной строки и выйдите.

-версия
Выведите номер версии программы и выйдите.

ПРИМЕРЫ:

Предположим, что у нас есть объем с размерами zspace, yspace, xspace (поперечный)
и размером 128, 256, 256. Если мы хотим получить из него 40-й срез (сохраняя координаты
информацию для измерения zspace), то мы можем использовать

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,1

В качестве альтернативы мы могли бы использовать

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256 XNUMX XNUMX

Или просто

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40 -count 1 XNUMX XNUMX

Если бы мы хотели избавиться от измерения zspace, мы могли бы использовать

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,0

Вытащим блок из середины и перевернем его по xspace:

mincreshape оригинальный.mnc новый.mnc \
-старт 40,10,240 -счет 1,200, -200

Но зачем сдерживаться? Выйдем за пределы:

mincreshape оригинальный.mnc новый.mnc \
-старт 40, -100,340 -счет 1,200, -200

Если вам нужен сагиттальный объем, используйте это:

mincreshape original.mnc new.mnc -сагиттальный

Как насчет некоторых косых голов - переверните x и y. И конвертируем в байты, чтобы сэкономить место, пока
мы в это:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace, yspace -byte

Вам нравится хранить объемы в порядке x, y, z (это z меняется быстрее всего! Я знаю некоторых людей, которые
сделай это!)? Хорошо.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace, yspace, zspace

Но вы минималист (и не прочь рискнуть). Вот то же самое (но это
может сломаться для другого файла):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

Убедитесь, что все размеры имеют отрицательный атрибут шага (см. Вариант + направление
для некоторых деталей):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace = -1

Используйте mincreshape онлайн с помощью сервисов onworks.net