Это команда mirabait, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
mirabait - выбрать чтения из коллекции прочитанных
СИНТАКСИС
мирабаит [-f ] [-t [-т ...]] [-иклор] файл приманки
ОПИСАНИЕ
мирабаит выбирает чтения из коллекции чтения, которые частично аналогичны или равны
последовательности, определенные как целевые приманки. Сходство определяется путем нахождения настраиваемого пользователем
количество общих k-мер (последовательности из k последовательных оснований), которые одинаковы в приманке
последовательности и просматриваемые последовательности для выбора, в прямом или обратном направлении
направление дополнения.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-f
загрузить этот тип файлов проекта, где fromtype:
Кафе из CAF
последовательности maf из MAF
phd последовательности из PHD
последовательности gbf из GBF
последовательности fasta из FASTA
последовательности fastq из FASTQ
-t
записывать последовательности в этот тип (многократное упоминание -t разрешается):
последовательности fasta в FASTA
последовательности fastq в FASTQ
Кафе в CAF
последовательности maf в MAF
txt в текстовый файл
-k k-mer, длина наживки в базах (<32, по умолчанию = 31)
-n Мин. количество необходимых приманок k-mer (по умолчанию = 1)
-i Обратное попадание: записывает только те последовательности, которые не попадают на приманку.
-r Нет проверки обратного направления дополнения
-o Смещение качества fastq (только для -f = 'fastq') Смещение значений качества в FASTQ
файл. По умолчанию: 33 Значение 0 пытается распознать автоматически.
-f
загрузить этот тип файлов проекта, где fromtype:
Кафе из CAF
последовательности maf из MAF
phd последовательности из PHD
последовательности gbf из GBF
последовательности fasta из FASTA
последовательности fastq из FASTQ
-t
записывать последовательности в этот тип (многократное упоминание -t разрешается):
последовательности fasta в FASTA
последовательности fastq в FASTQ
Кафе в CAF
последовательности maf в MAF
txt в текстовый файл
-k k-mer, длина наживки в базах (<32, по умолчанию = 31)
-n Мин. количество необходимых приманок k-mer (по умолчанию = 1)
-i Обратное попадание: записывает только те последовательности, которые не попадают на приманку.
-r Нет проверки обратного направления дополнения
-o Смещение качества fastq (только для -f = 'fastq') Смещение значений качества в FASTQ
файл. По умолчанию: 33 Значение 0 пытается распознать автоматически.
Используйте mirabait онлайн с помощью сервисов onworks.net
