Это команда pdb2pqr, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
pdb2pqr - генерирует файлы PQR для использования в электростатических расчетах
СИНТАКСИС
pdb2pqr [--nodebump] [--noopt] [--цепь] [- только назначение] [--чистый] [--ffout =имя]
[--with-ph =ph] [--apbs-ввод] [--лиганд =путь] [[--подробный] | [-v]] --ff =силовое поле
путь выходной путь
pdb2pqr {--Помогите | -h}
ОПИСАНИЕ
pdb2pqr автоматизирует многие общие задачи по подготовке структур к континууму
электростатические расчеты, предоставляя утилиту для преобразования файлов белков в PDB
формат (путь) в формат PQR (выходной путь). Эти задачи включают:
· Добавление ограниченного количества недостающих тяжелых атомов в биомолекулярные структуры
· Определение pKas боковой цепи
· Размещение недостающих атомов водорода
· Оптимизация белка для благоприятного водородного связывания
· Задание параметров заряда и радиуса из различных силовых полей
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
pdb2pqr принимает следующие варианты:
--ff =силовое поле
The силовое поле использовать. Текущие значения янтарный, очарование, разбор и Tyl06.
--Помогите, -h
Распечатайте справочное сообщение и выйдите.
--nodebump
Не выполняйте операцию по очистке.
--noopt
Не выполняйте оптимизацию водорода.
--цепь
Сохраните идентификатор цепочки в выходном файле PQR.
- только назначение
Назначает заряды только для добавления атомов, снижения уровня шума или оптимизации.
--чистый
Не выполняйте оптимизацию, добавление атомов или назначение параметров, просто верните исходный
PDB-файл в согласованном формате.
--ffout =имя
Вместо использования стандартной собачьей схемы именования имен остатков и атомов используйте
имена из данного силового поля.
--with-ph =ph
Используйте пропка для расчета pKas и применения их к молекуле с учетом значения pH. Действительный
Результаты PropKa будут отправлены в выходной путь.пропка.
--apbs-ввод
Создайте входной файл APBS на основе сгенерированного файла PQR. Также создайте рассол Python
для использования этих параметров в других программах.
--лиганд =путь
Рассчитайте параметры лиганда в формате MOL2 при заданном путь. Pdb2pka должен
быть скомпилированным.
--подробный, -v
Вывести дополнительную информацию на экран.
РАСШИРЕНИЯ
Расширения добавляют функциональность PDB2PQR и вызываются путем передачи параметра в pdb2pqr.
Они помещают свои результаты в файлы, расположенные в выходной путь.
Следующие расширения могут использоваться pdb2pqr:
--фи
Выведите фи-угол остаточной основной цепи в выходной путь.фи.
--psi
Выведите угол в фунтах на квадратный дюйм для остаточной основной цепи в выходной путь.фи.
--hbond
Распечатайте список водородных связей с выходной путь.hbond.
--чи
Распечатайте остаточный угол хи позвоночника как выходной путь.чи.
--контакт
Распечатать список контактов для выходной путь.против.
--hbondwhatif
Распечатайте список водородных связей с выходной путь.хбо.
--поваренная соль
Распечатайте список соляных мостов, чтобы выходной путь.поваренная соль.
--рама
Выведите остаточные углы фи и фунт / кв. Дюйм в outpath-путь.рама.
ЦИТИНГ PDB2PQR
Подтвердите использование вами pdb2pqr цитируя:
Долинский TJ, Nielsen JE, McCammon JA, Baker NA. PDB2PQR: автоматизированный конвейер для
настройка, выполнение и анализ электростатических расчетов Пуассона-Больцмана. Нуклеиновая
Исследования кислот, 32, W665-W667 (2004).
Используйте pdb2pqr онлайн с помощью сервисов onworks.net
