prof - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

prof - вторичная структура и предсказатель доступности растворителя

СИНТАКСИС

проф [ВХОДНОЙ ФАЙЛ+] [ОПЦИИ]

ОПИСАНИЕ

Вторичная структура прогнозируется системой рейтингов нейронных сетей на ожидаемом уровне.
средняя точность> 72% для трех состояний спирали, нити и петли (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Рост и Сандер, JMB, 1993, 232, 584-599; и Рост и Сандер,
Proteins, 1994, 19, 55-72; оценка точности). Оценивается на том же наборе данных,
PROFsec оценивается на десять процентных пунктов выше точности трех состояний, чем методы, использующие
информация только об одной последовательности и более чем на шесть процентных пунктов выше, чем,
например, метод, использующий информацию о выравнивании, основанную на статистике (Levin, Pascarella, Argos &
Гарнье, прот. Engng., 6, 849-54, 1993). Прогнозы PHDsec имеют три основных функции:

1. повышенная точность за счет эволюционной информации из нескольких выравниваний последовательностей
2. улучшенное предсказание бета-цепей за счет сбалансированной процедуры обучения
3. более точное прогнозирование сегментов вторичной структуры с помощью многоуровневой системы.

Доступность растворителей прогнозируется рейтингом метода нейронной сети при соотношении
коэффициент (корреляция между экспериментально наблюдаемым и прогнозируемым относительным растворителем
доступность) 0.54 перекрестно проверено на наборе из 238 глобулярных белков (Rost & Sander,
Proteins, 1994, 20, 216-226; оценка точности). Выход нейронной сети
коды для 10 состояний относительной доступности. Выражается в единицах разницы
между предсказанием посредством моделирования гомологии (лучший метод) и предсказанием наугад (худший
метод), PROFacc примерно на 26 процентных пунктов превосходит сопоставимую нейронную сеть.
с использованием трех выходных состояний (скрытый, промежуточный, открытый) и без использования информации из
множественные выравнивания.

Трансмембранные спирали в интегральных мембранных белках предсказываются системой нервных окончаний.
сети. Недостатком сетевой системы является то, что часто слишком длинные спирали
предсказано. Они отсекаются эмпирическим фильтром. Окончательный прогноз (Рост и др.,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; оценка точности) имеет ожидаемый остаток
точность около 95%. Количество ложных срабатываний, т. Е. Трансмембранных спиралей
предсказывается в глобулярных белках, составляет около 2%. Прогнозирование нейронной сетью
трансмембранные спирали (PHDhtm) уточняются с помощью алгоритма, подобного динамическому программированию. Этот
метод привел к правильному предсказанию всех трансмембранных спиралей для 89% из 131
белки, используемые в тесте перекрестной проверки; более 98% трансмембранных спиралей были
правильно предсказал. Выходные данные этого метода используются для прогнозирования топологии, т. Е.
ориентация N-члена относительно мембраны. Ожидаемая точность
прогноз топологии> 86%. Точность прогноза выше среднего для эукариот
белков и ниже среднего для прокариот. PHD-топология точнее всех
другие методы протестированы на идентичных наборах данных.

Если нет опции выходного файла (например, --fileRdb or --fileOut) задан формат RDB
вывод записывается в ./INPUTFILENAME.prof где prof заменяет расширение
входной файл. При отсутствии расширения к имени входного файла добавляется '.prof'.

Результат формат
Формат RDB является самоаннотационным, см. Примеры выходных данных в / доля / profphd / prof / exa.

Ссылки

Рост, Б. и Сандер, К. (1994a). Объединение эволюционной информации и нейронных сетей для
прогнозировать вторичную структуру белка. Белки, 19(1), 55-72.
Рост, Б. и Сандер, К. (1994b). Сохранение и прогноз доступности растворителей в
белковые семейства. Белки, 20(3), 216-26.
Рост Б., Касадио Р., Фаризелли П. и Сандер К. (1995). Трансмембранные спирали
предсказано с точностью 95%. Белковая наука, 4(3), 521-33.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

См. Каждое ключевое слово для получения дополнительной помощи. Большинство из них, вероятно, будет сломано.

альтернативные шаблоны подключения (по умолчанию = 3)

3 прогнозировать sec + acc + htm

соотв. прогнозирует доступность растворителя, только

ali добавить выравнивание в "читаемый человеком" выходной файл (ы) PROF

арка
системная архитектура (например: SGI64 | SGI5 | SGI32 | SUNMP | ALPHA)

ASCII
записывать "удобочитаемые" файлы вывода PROF

лучший
PROF с высочайшей точностью и самым продолжительным временем работы

изоферменты печени
прогнозировать вторичную структуру и доступность растворителя

данным
данные = для вывода HTML: только те части прогнозов, которые написаны

отлаживать
сохранить большинство промежуточных файлов, распечатать отладочные сообщения

дирворк
рабочий каталог, по умолчанию: временный каталог из File :: Temp :: tempdir. Должен быть полностью
квалифицированный путь.

Известно, что работает.

сделатьEval
Оценка DO для списка (только для известных структур и списков)

doFilterHssp
фильтровать входной файл HSSP (исключая некоторые пары)

сделатьHtmfil
НЕОБХОДИМО фильтровать прогноз мембраны (по умолчанию)

сделатьHtmisit
НЕОБХОДИМО проверять прочность предполагаемой спирали мембраны (по умолчанию)

doHtmref
НЕОБХОДИМО уточнить прогноз мембраны (по умолчанию)

сделатьHtmtop
Топология спирали мембраны DO (по умолчанию)

дссп
конвертировать PROF в формат DSSP

расширять
расширять вставки при преобразовании вывода в формат MSF

быстро
PROF с самой низкой точностью и максимальной скоростью

файлCasp
имя вывода PROF в формате CASP (file.caspProf)

файлDssp
имя вывода PROF в формате DSSP (file.dsspProf)

файлHtml
название вывода PROF в формате HTML (file.htmlProf)

файлMsf
имя вывода PROF в формате MSF (file.msfProf)

файлNotHtm
имя файла, указывающего на отсутствие спирали мембраны

файлаут
имя вывода PROF в формате RDB (file.rdbProf)

Известно, что работает.

файлProf
имя вывода PROF в удобочитаемом формате (file.prof)

Сломанный.

файлRdb
имя вывода PROF в формате RDB (file.rdbProf)

Известно, что работает.

файлSaf
имя вывода PROF в формате SAF (file.safProf)

фильтр
фильтровать входной файл HSSP (исключая некоторые пары)

хорошо
ПРОФ с хорошей точностью и умеренной скоростью

график
добавить граф ASCII в "читаемый человеком" выходной файл (ы) PROF

htm использовать: 'htm = 'дает минимальную обнаруженную трансмембранную спираль, по умолчанию' htm = 0 '
(соотв. htm = 0.8) меньшее число, больше ложных срабатываний и меньше ложных срабатываний!

аргумент html
'hmtl' или 'html = 'написать HTML-формат предсказания' html 'приведет к
что вывод PROF преобразован в HTML 'html = body' ограничивает HTML-файл
Часть тега HTML_BODY 'html = head' ограничивает HTML-файл частью тега HTML_HEADER
'html = all' дает как ЗАГОЛОВОК, так и ТЕЛО

держатьКонв
сохранить преобразование входного файла в формат HSSP

аргумент keepFilter
<* | doKeepFilter = 1> сохранить отфильтрованный файл HSSP

аргумент keepHssp
<* | doKeepHssp = 1> сохранить промежуточный файл HSSP

аргумент keepNetDb
<* | doKeepNetDb = 1> сохранить промежуточный файл (ы) DbNet

аргумент списка
<* | isList = 1> входной файл - это список файлов

msf конвертирует PROF в формат MSF

хороший
дайте 'nice-D', чтобы установить хорошее значение (приоритет) задания

noProfHead
НЕ копируйте файл с таблицами в локальный каталог

нетПоиск
сокращение от doSearchFile = 0, т.е. без поиска файлов БД

ноаски
сверхвысокая запись файлов результатов в формате ASCII (то есть в удобочитаемом) формате

nohtml
сверхскоростная запись файлов результатов HTML

нонис
задание не будет обработано, т.е. не будет выполняться с более низким приоритетом

неEval
НЕ проверяйте точность, даже если известные конструкции

неHtmfil
НЕ фильтровать предсказание мембраны

не Htmisit
НЕ проверяйте, достаточно ли прочна спираль мембраны

неHtmref
НЕ уточняйте прогноз мембраны

неHtmtop
НЕ использовать топологию спиральной мембраны

нресперлинеали
Количество символов, используемых для файла MSF. По умолчанию: 50.

numresMin
Минимальное количество остатков для запуска сети, иначе prd = symbolPrdShort. По умолчанию: 9.

optJury
Добавляет докторскую степень в жюри. По умолчанию: `normal, usePHD '.

Многие другие параметры изменяют значение по умолчанию для этого в качестве побочного эффекта, список
не исчерпывающий:

phd, nophd, / ^ para (3 | Оба | Sec | Acc | Htm | CapH | CapE | CapHE) /, / ^ para? /, jct

para3
Файл параметров для sec + acc + htm. По умолчанию: ` /net/PROFboth_best.par '.

параакк
Файл параметров для соотв. По умолчанию: ` /net/PROFacc_best.par '.

параОба
Файл параметров для sec + acc. По умолчанию: ` /net/PROFboth_best.par '.

парасек
Файл параметров для сек. По умолчанию: ` /net/PROFsec_best.par '.

riSubAcc
Индекс минимальной надежности (RI) для подмножества PROFacc. По умолчанию: 4.

riSubSec
Индекс минимальной надежности (RI) для подмножества PROFsec. По умолчанию: 5.

рисубсим
Символ для остатков, предсказанных с помощью RI <riSubSec / Acc. По умолчанию: `. '.

пропускать
проблемы, руководство, подсказки, обозначение, txt, известный, DONE, Date, date, aa, Lhssp, numaa,
код

saf конвертировать PROF в формат SAF

scrAddHelp
scrGoal
коммутация нейронной сети

scrHelpTxt
Допустимые форматы входных файлов:
hssp, dssp, msf, saf, fastamul, pirmul, fasta, pir, gcg, швейцарский

скрин
список_файлов (или один файл) файл_параметра

scrName
профессор

scrNarg
2

sec предсказать вторичную структуру, только

тихий
информация не выводится на экран - это значение по умолчанию

пропустить
не прерывать, если входной файл отсутствует!

исходный файл
профессор

тестXNUMX
это просто тест (быстрее)

перевод-работа-идентификатор-в-параметрах-значения
Строка 'jobid' заменяется на $ par {jobid}.

tst программа быстрого запуска, низкая точность

пользователь
имя пользователя

--версия
Версия для печати

Используйте prof онлайн с помощью сервисов onworks.net