Это команда qualityScores, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
qualityScores - компонент пакета вложений
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
качество [опции] -i -o
Обязательные аргументы:
-i
Имя входного файла, включая прочитанные данные. Формат по умолчанию - Fastq.
-o
Имя выходного файла, который представляет собой текстовый файл, включая оценки Phred для каждой базы чтения.
Дополнительные аргументы:
--gzFASTQinput Входной файл находится в сжатом формате Fastq.
--BAMвход
Входной файл в формате BAM.
--SAMinput
Входной файл в формате SAM.
--первый конец
Используйте только первые чтения в парных данных. Применимо только для парных BAM / SAM
вход.
- второй конец
Используйте только вторые чтения в данных на парном конце. Применимо только для парных BAM / SAM
вход.
--counted-читает Общее количество чтений, которые нужно извлечь из ввода
файл. 10,000 XNUMX по умолчанию.
--phred-смещение <33 | 64> относится к выравнивателю подпочтений.
Используйте qualityScores онлайн с помощью сервисов onworks.net
