rastep - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

rastep - (Программа теплового эллипсоида Raster3D)

СИНТАКСИС

рашп [-h] [-изо] [-Bцвет Bмин Bmax] [-проб Уровень] [-fancy [0-3]] [-радиус R] <
infile.pdb > эллипсоиды.r3d

рашп -свести в таблицу [табличный файл] [-by_atomtype] [-Com [комтабфайл]] < infile.pdb >
статистика.текст

Растеп читает файл координат PDB. Этот файл должен содержать записи ANISOU, описывающие
атомы уточнены анизотропно. Растеп может либо создать входной файл для Raster3D
визуализировать программу или выполнить статистический анализ атомной анизотропии для различных
классы входных атомов. По умолчанию программа создает сцену с эллипсоидом + палкой.
описание, в котором каждый атом представлен эллипсоидом, охватывающим изоповерхность
функция плотности вероятности. Их обычно называют тепловыми эллипсоидами.

Программа может быть запущена в альтернативном режиме, управляемом параметром -tabulate, в котором
основной вывод на стандартный вывод - это список собственных значений матрицы Uij, за которым следует
соответствующая атомная анизотропия и изотропный Ueq для каждого атома во входном файле
с записью ATOM и соответствующей записью ANISOU. Этот режим используется
инструменты проверки Parvati и Skittls.

ПРИМЕРЫ

Для описания тепловых эллипсоидов с уровнем вероятности 50%, с цветами CPK по умолчанию, и
отправить его для немедленного рендеринга в файл PNG

rastep <infile.pdb | render -png picture.png

Чтобы описать те же эллипсоиды, раскрашенные Biso, опуская записи заголовков, чтобы
полученный входной файл можно объединить с другими компонентами сцены

rastep -h -Bcolor 10. 30. <infile.pdb> ellipsoids.r3d
cat header.r3d ellipsoids.r3d otherstuff.r3d | render> picture.png

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-авто

Автоматический выбор угла обзора, выбранный для минимизации разброса атомов по полю обзора.
направлении.

-Bцвет Bмин Bmax

Назначьте цвета на основе значений B, а не сопоставления записей ATOM с вводом или по умолчанию
ЦВЕТНЫЕ записи. Атомы с B <= Bmin будут окрашены в синий цвет; атомы с B> = Bmax будут
быть окрашенным в светло-красный цвет; атомам с Bmin <B <Bmax будут присвоены цвета, плавно закрашенные
через спектр от синего до красного.

-fancy [0-6]

The причудливый опция выбирает все более сложные представления визуализированных эллипсоидов.
-fancy0 [по умолчанию] = твердая поверхность
-fancy1 = главные оси эллипсоида с прозрачной ограничивающей поверхностью
-fancy2 = цветные экваториальные плоскости эллипсоида
-fancy3 = цветные экваториальные плоскости с прозрачной ограничивающей поверхностью
-fancy4 = прозрачная ограничивающая поверхность, содержащая самую длинную главную ось
-fancy5 = для любителей ORTEP, сплошной эллипсоид без одного октанта
-fancy6 = для любителей ORTEP, которые хотят, чтобы недостающий октант был выделен отдельным цветом

-h

Подавить записи заголовков в выводе. По умолчанию рашп создаст выходной файл, который
начинается с записей заголовков, содержащих стандартный набор параметров масштабирования и обработки.
The -h flag подавит эти записи заголовка. Эта опция полезна для создания файлов
которые описывают только часть сцены, и которые позже должны быть объединены с дескриптором
файлы, созданные другими программами.

-изо

Силовые изотропные вероятностные поверхности (сферы). По умолчанию растеп будет искать ANISOU
записи в файле PDB и использовать их для создания эллипсоидов. Если запись ANISOU не
присутствует для данного атома, значение B, указанное в записи ATOM / HETATM, будет использоваться для
вместо этого создайте сферу. Выбор -изо опция заставит программу использовать B
значение в записи ATOM, даже если запись ANISOU также присутствует.

-мини

Автоориентация (как в -auto) и график малого размера (176x208).

-ногидрогены

Не наносите на график атомы водорода, даже если они присутствуют в файле PDB.

-проб Уровень

По умолчанию изоповерхности рисуются так, чтобы охватить уровень вероятности 50% в плотности.
функция, описываемая значениями Uij в записи ANISOU. В -проб опция позволяет
вместо этого выберите другой уровень вероятности. Если 0 <Plevel <1, это значение интерпретируется
как дробь; если Plevel> 1, это значение интерпретируется как процент.

-радиус R

По умолчанию rastep рисует связи с радиусом 0.10A между соседними атомами, используя один и тот же
алгоритм как стержни. Эта опция позволяет вам изменять радиус связей. Если радиус
установлено значение 0, облигации не выводятся.

-свести в таблицу [табличный файл]

Параметр -tabulate запрашивает, чтобы программа собирала и печатала статистику по
распределение анизотропии между атомами во входном файле, а не создание входных данных
файл для рендеринга. Основные оси и анизотропия каждого атома записываются в стандартный вывод. An
общая статистическая сводка записывается в файл табуляции, если он указан, в противном случае - в стандартный вывод.

-by_atomtype

Параметр -by_atomtype - это модификатор -tabulate. Это вызывает дальнейшее подразделение
атомы по типам атомов при составлении статистических сводок. Типы атомов взяты из
столбцы 77:78 записей ATOM PDB.

-Com [комтабфайл]

Табулируйте распределение анизотропии в оболочках по расстоянию от центра масс. Вывод на
comtabfile, если он указан, в противном случае - в stdout.

ПРИМЕЧАНИЯ

Между различными программами, которые записывают
параметры анизотропного смещения. Эта программа интерпретирует значения Uij в порядке
указывается для записей ANISOU в формате PDB. То есть столбцы 29-70 записи PDB являются
интерпретируются как целые числа, представляющие 10000 * Uij, в порядке U11 U22 U33 U12 U13 U23.
Обратите внимание, в частности, что порядок перекрестных терминов отличается от того, который используется ORTEP.
или shelx, ни один из которых в любом случае не использует формат PDB. Однако программа shelxpro будет
создавать правильно отформатированные записи PDB из файла координат shelx.

ИСТОЧНИК

Web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html обращаться:
Итан Мерритт
Вашингтонский университет, Сиэтл, штат Вашингтон, 98195
[электронная почта защищена]

Используйте растеп онлайн с помощью сервисов onworks.net