Это команда rdkit2fps, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
рдкит2фпс - рдкит2фпс
ОПИСАНИЕ
использование: rdkit2fps [-h] [--fpSize INT] [--RDK] [--minPath INT] [--maxPath INT]
[--nBitsPerHash INT] [--useHs 0 | 1] [--morgan] [--radius INT] [--useFeatures 0 | 1]
[--useChirality 0 | 1] [--useBondTypes 0 | 1] [--torsions] [--targetSize INT] [--pairs]
[--minLength INT] [--maxLength INT] [--maccs166] [--substruct] [--rdmaccs]
[--id-tag NAME] [--in FORMAT] [-o FILENAME] [--errors {strict, report, ignore}]
[имена файлов [имена файлов ...]]
Создание отпечатков FPS из файла структуры с помощью RDKit
позиционный аргументы:
имена файлов
файлы входной структуры (по умолчанию - stdin)
необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
--fpSize INT
количество бит в отпечатке пальца (применимо к RDK, Morgan, топологическому кручению и
отпечатки пары атомов (по умолчанию = 2048)
--id-тег ИМЯ
имя тега, содержащего идентификатор записи (только для файлов SD)
--в ФОРМАТ
формат входной структуры (по умолчанию догадки из имени файла)
-o ИМЯ ФАЙЛА, --выход ИМЯ ФАЙЛА
сохранить отпечатки пальцев в FILENAME (по умолчанию = stdout)
- ошибки {строгое, сообщать, игнорировать}
как обрабатывать ошибки структурного синтаксического анализа? (по умолчанию = строгий)
РДКит топологический отпечатки пальцев:
--РДК генерировать отпечатки RDK (по умолчанию)
--minPath INT
минимальное количество облигаций для включения в подграф (по умолчанию = 1)
--maxPath INT
максимальное количество облигаций для включения в подграф (по умолчанию = 7)
--nBitsPerHash INT
количество бит для каждого пути (по умолчанию = 4)
--использование 0 | 1
включать информацию о количестве атомов водорода на каждый атом (по умолчанию = 1)
РДКит Морган отпечатки пальцев:
--морган
генерировать отпечатки пальцев Моргана
--радиус INT
радиус для алгоритма Моргана (по умолчанию = 2)
--useFeatures 0 | 1
использовать инварианты химических свойств (по умолчанию = 0)
--useХиральность 0 | 1
включить информацию о хиральности (по умолчанию = 0)
--useBondTypes 0 | 1
включить информацию о типе облигации (по умолчанию = 1)
РДКит топологический Кручение отпечатки пальцев:
--торсионы
генерировать топологические отпечатки кручения
--targetSize INT
количество бит в отпечатке пальца (по умолчанию = 4)
РДКит Atom пара отпечатки пальцев:
- пары
генерировать отпечатки Atom Pair
--minLength INT
минимальное количество облигаций для пары (по умолчанию = 1)
--максимальная длина INT
максимальное количество облигаций для пары (по умолчанию = 30)
166 бит МАККС основание ключи:
--maccs166
генерировать отпечатки MACCS
881 бит основание ключи:
--подструктура
генерировать отпечатки подструктуры ChemFP
ХимФП версия of 166 бит RDKit / MACCS ключи:
--rdmaccs
генерировать 166-битные отпечатки RDKit / MACCS
Эта программа угадывает формат входной структуры на основе расширения имени файла. Если
данные поступают из стандартного ввода-вывода или имя расширения нам неизвестно, затем используйте "--in", чтобы изменить
формат ввода по умолчанию. Поддерживаемые расширения формата:
Тип файла
Допустимые форматы (используйте gz, если сжато)
--------- ------------------------------------
УЛЫБКИ
smi, изм, может, smi.gz, ism.gz, can.gz
СДФ sdf, mol, sd, mdl, sdf.gz, mol.gz, sd.gz, mdl.gz
Используйте rdkit2fps онлайн с помощью сервисов onworks.net
