Это команда subread-align, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
subread-align - точный и эффективный выравниватель для картирования обоих считываний геномной ДНК-seq
и РНК-seq читает (с целью анализа экспрессии)
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
подчтение-выравнивание [опции] -i -r -o -t
Обязательные аргументы:
-i
Базовое имя индекса.
-r
Имя входного файла. Форматы ввода, включая сжатые файлы fastq, fastq и fasta, могут
обнаруживаться автоматически. Если парный конец, это должно дать имя файла
включая первое чтение.
-t
Тип входных данных последовательности. Его значения включают 0: данные последовательности РНК 1: геномные данные.
Данные ДНК-секвенирования.
Дополнительные аргументы:
-o
Имя выходного файла. По умолчанию вывод находится в формате BAM.
-n
Количество выбранных вложений, по умолчанию 10.
-m
Порог консенсуса для сообщения о попадании (минимальное количество вложенных потоков, отображаемых в
консенсус). Если парный конец, это дает порог консенсуса для чтения привязки.
3 по умолчанию
-M
Укажите максимальное количество несовпадающих оснований, разрешенное при выравнивании. 3 автор:
дефолт. Несовпадения, обнаруженные в базах с мягкими защелками, не учитываются.
-T
Количество используемых потоков ЦП, по умолчанию 1.
-I
Максимальная длина (в битах) отступов, которые могут быть обнаружены. 5 по умолчанию. Программа
может обнаруживать отступы длиной до 200 бп.
-B
Максимальное количество одинаково наилучших местоположений на карте, о которых необходимо сообщить. 1 по умолчанию. Примечание
которая -u вариант имеет приоритет перед -B.
-P <3:6>
Формат оценок Phred во входных файлах: «3» для phred + 33 и «6» для phred + 64. '3'
по умолчанию.
-u Отчет только для чтения с уникальным отображением. Количество совпадающих оснований (для RNA-seq) или
несовпадающие основания (для геномной последовательности ДНК) используются, чтобы разорвать связь.
-b Преобразуйте базы чтения цветового пространства в базы чтения базового пространства в выходных данных сопоставления. Примечание
это отображение чтения выполняется в цветовом пространстве.
--sv Обнаружение структурных вариантов (например, длинных отступов, инверсий, дупликаций и
перемещение) и сообщать о точках останова. Обратитесь к Руководству пользователя для определения точки останова.
составление отчетов.
--SAMinput
Считывание входных данных осуществляется в формате SAM.
--BAMвход
Считывание входных данных осуществляется в формате BAM.
--SAMвыход
Сохраните результат сопоставления в формате SAM.
--trim5
Обрезать количество оснований с конца 5 футов каждого чтения. 0 по умолчанию.
--trim3
Обрезать количество оснований с конца 3 футов каждого чтения. 0 по умолчанию.
--rg-id
Добавить к выходным данным идентификатор группы чтения.
--rg
Добавлять в заголовок группы чтения (RG) на выходе.
--DPGapOpen Штраф за открытие пробела при обнаружении коротких отступов. -1 by
по умолчанию.
--DPGapExt
Штраф за увеличение пробела при обнаружении коротких отступов. 0 по умолчанию.
- DPMismatch Штраф за несоответствие при обнаружении коротких отступов. 0 пользователем
по умолчанию.
- DPMatch
Оценка совпадающих баз при обнаружении коротких отступов. 2 по умолчанию.
--complexIndels
Обнаружение нескольких коротких вставок, которые возникают одновременно в небольшой области генома
(эти индели могут быть на расстоянии не более 1 б.п.).
-v Выходная версия программы.
Необязательные аргументы для чтения с парным концом:
-R
Имя файла, включая секунды чтения.
-p
Порог консенсуса для чтения без привязки (получение меньше голосов, чем привязка
читать из той же пары). 1 по умолчанию.
-d
Минимальная длина фрагмента / вставки, по умолчанию 50 бит.
-D
Максимальная длина фрагмента / вставки, по умолчанию 600 бит.
-S
Ориентация первого и второго чтения, по умолчанию 'fr' (вперед / назад).
См. Подробное описание аргументов в Руководстве пользователя.
Используйте subread-align онлайн с помощью сервисов onworks.net
