Это тандем команд, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks с помощью одной из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
tandem - X! Программное обеспечение для тандемной масс-спектрометрии для секвенирования пептидов
СИНТАКСИС
тандем
ОПИСАНИЕ
Эта страница руководства кратко документирует тандем-масса пакет, приносящий массу
спектрометрическое программное обеспечение для секвенирования пептидов и идентификации белков.
Это программное обеспечение имеет очень простой и незамысловатый интерфейс прикладного программирования (API):
он просто берет XML-файл с инструкциями в своей командной строке и выводит результаты
в XML-файл, указанный во входном XML-файле. Формат выходного файла
описан на `http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf'.
В отличие от некоторых поисковых систем предыдущего поколения, все X! Поисковые системы серий
рассчитать статистическую достоверность (ожидаемые значения) для всего индивидуального спектра-
присваивать последовательность. Они также собирают все назначения пептидов в наборе данных.
на известные белковые последовательности и присвоить статистическую уверенность, что эта сборка
и выравнивание не является случайным. Формулу для которого можно найти здесь. Поэтому отдельные
программное обеспечение для сборки и статистического анализа, например PeptideProphet и ProteinProphet, не
нужно использовать.
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПРАВКА К BE ЦИТАТЫ
Робертсон Крейг и Рональд С. Бивис. (2004) TANDEM: сопоставление белков с масс-спектром.
Биоинформатика, 20, 1466-1467.
Дополнительные ссылки, относящиеся к этому программному обеспечению, см. По адресу
`http://www.thegpm.org/GPM/references.html'.
Используйте тандем онлайн с помощью сервисов onworks.net
