Это команда ugene, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
ЮГЕНЭ - интегрированный пакет биоинформатики
СИНТАКСИС
UGENE -уи
UGENE [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ]
ОПИСАНИЕ
ЮГЕНЭ представляет собой кроссплатформенную среду для анализа последовательностей ДНК и белков. ЮГЕНЭ
объединяет самые популярные вычислительные алгоритмы биоинформатики и предоставляет графический интерфейс
и интерфейс командной строки для выполнения комплексного анализа геномных данных.
Основные особенности ЮГЕНЭ:
* Просмотр и анализ аннотированных последовательностей ДНК или белков
* Визуализация и редактирование хроматограмм
* Интегрированный 3D-просмотрщик файлов в форматах PDB и MMDB
* Интегрированная поддержка поисковых запросов к базам данных NCBI
* Множественное выравнивание последовательностей с использованием MUSCLE3, MUSCLE4 и KAlign
* Создание и поиск профилей HMM на основе исходников HMMER2 и HMMER3
* Современные алгоритмы предсказания вторичной структуры белков на основе GORIV и PsiPred
* Филогенетический анализ с помощью Phylip
* Дизайн праймеров для ПЦР с использованием пакета Primer3
* Клонирование in silico
* Поиск сайтов связывания факторов транскрипции в последовательностях ДНК с помощью SITECON
* Поиск рестрикционных ферментов и интеграция с REBASE
* Поиск прямых и обратных повторов
* Референсная сборка ДНК с использованием Bowtie
* Протеиновый обратный перевод
* Поиск ORF
* Конструктор сложных вычислительных рабочих процессов и запросов
ЮГЕНЭ имеет модульную структуру, и почти все его функции реализованы в виде плагинов.
внутренне ЮГЕНЭ разработан с поддержкой параллелизма, чтобы получить прибыль от использования
многоядерные компьютеры. Каждая вычислительная задача в ЮГЕНЭ выполняется в фоновом режиме и делает
не блокировать взаимодействие пользователя с графическим интерфейсом.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-уи запустить версию с графическим интерфейсом ЮГЕНЭ
--Помогите напечатать сообщение об использовании, кратко описывающее все параметры командной строки и программу
версия, затем выйдите.
--лицензия
дамп информации о лицензии
--task = or имя-схемы> [параметры схемы]
запустить заданную схему рабочего процесса
--status-bar-скрыть
не показывать строку состояния задачи
--ini-файл =
загрузить пользовательский файл настроек UGENE
--log-no-show-level
не показывать уровень сообщения в журнале
--log-no-show-date
не показывать дату и время в журнале
--log-no-show-категория
не показывать категорию сообщений в журнале
--log-уровень-трассировка
показать сообщения журнала трассировки
--log-level-none
не показывать сообщения журнала
--лог-уровень-информация
показывать сообщения об ошибках и информационный журнал (по умолчанию)
--log-уровень-ошибка
показывать только сообщения журнала ошибок
--log-уровень-подробности
показать подробности сообщения журнала
--log-цвет-выход
цветные выходные сообщения
--task-удаленная-машина =
запускать предоставленные задачи на данной удаленной машине
--жен-остаться-в живых
не останавливаться на угене после выполнения заданий
--transl =
загрузить переводы указанного языка. Язык указан как двухбуквенный ISO
639 код языка
КОМАНДЫ
ЮГЕНЭ есть команды для наиболее важных функций. Команды можно запускать как
UGENE [аргументы команды]
UGENE --task = [аргументы команды]
См. Справку по каждой запущенной команде UGENE --help = .
Список доступных команд можно выгрузить с помощью UGENE --помощь.
Используйте ugene онлайн с помощью сервисов onworks.net
