Это команда vcf-isec, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
vcf-isec - создание пересечений, объединений, дополнений в файлах VCF, индексированных bgzip и tabix, или
файлы с разделителями табуляции
СИНТАКСИС
vcf-isec [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] файл1.vcf файл2.vcf ...
ОПИСАНИЕ
О программе: создание пересечений, объединений, дополнений в файлах VCF, индексированных bgzip и tabix, или
файлы с разделителями табуляции.
Обратите внимание, что строки из всех файлов могут смешиваться вместе на выходе, что может
дают неожиданные результаты.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-C, --хромосомы
Обработать данные хромосомы (список, разделенный запятыми, или по одной хромосоме на строку в
файл).
-c, - дополнение
Позиции вывода присутствуют в первом файле, но отсутствуют в других файлах.
-d, --отлаживать
Отладочная информация
-f, --сила
Продолжайте, даже если сценарий жалуется на разные столбцы.
-o, --один-файл-только
Печатать только записи из самого левого файла. Без -o, все уникальные позиции будут
быть напечатанным.
-n, --nfiles [+ - =]
Выходные позиции присутствуют в этом множестве (=), этом множестве или более (+), или этом множестве или
меньше (-) файлов.
-p, --приставка
Если присутствует, будет создано несколько файлов со всеми возможными комбинациями isec.
(Подходит для анализа диаграммы Венна.)
-t, --вкладка
Разделенный табуляцией файл с индексами столбцов хромосом и позиций. (Из 1
индексы)
-w, --победить
В повторяющихся последовательностях один и тот же indel может вызываться в разных позициях.
Считайте записи так далеко друг от друга совпадающими (будь то SNP или indel).
-h, - ?, --Помогите
Это справочное сообщение.
ПРИМЕРЫ
bgzip file.vcf; табикс -p vcf file.vcf.gz bgzip file.tab; табикс -s 1 -b 2 -e 2
файл.tab.gz
Используйте vcf-isec онлайн с помощью сервисов onworks.net
