Это команда WigeoN, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
wigeon - повторная реализация утилиты обнаружения аномалий ДНК Pintail 16S
ОПИСАНИЕ
WigeoN проверяет сохранение последовательности между запросом и надежной ссылкой
последовательность, оба в формате выравнивания NAST. На основе идентичности последовательности между запросами
и эталонной последовательности существует ожидаемая величина вариации среди выравнивания.
Если наблюдаемая вариация больше 95% квантиля распределения
отклонения, наблюдаемые между неаномальными последовательностями, затем помечаются как аномалия.
WigeoN - это гибкая реализация алгоритма Pintail на основе командной строки.
Environ Microbiol. 2005 декабрь; 7112: 7724-36.
WigeoN полезен для выявления химер и аномалий только в почти полноразмерной 16S рРНК.
последовательности. WigeoN не чувствителен к последовательностям менее 1000 п.н.
Для запуска WigeoN вам потребуются последовательности в формате NAST, сгенерированные утилитой nast-ier.
WigeoN является частью набора микробиомеханических средств.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Требования:
--query_NAST
файл multi-fasta, содержащий запрашиваемые последовательности в формате выравнивания
Дополнительно:
--db_NAST
db в формате NAST
--db_FASTA
db в формате fasta (в формате мегабласта)
--num_top_hits
по умолчанию 1: используется только одно наилучшее совпадение.
--участок
--ОТЛАЖИВАТЬ
--exec_dir
cd в exec_dir перед запуском
Используйте WigeoN онлайн с помощью сервисов onworks.net
