xbs - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

xbs - моделирование молекул шарика и палки

СИНТАКСИС

XBS [-id] [-ч] [-гео gg] [-сбн x] [-цвет]
[-т название] [-bw] [-st] [-rv] [-автоцвет]
[-хх]

ОПИСАНИЕ

XBS использует графику X-window для создания графиков с мячом и клюшкой. Он читает координаты и
другие данные из входного файла id.bs (например, ch4.bs) и, возможно, другие "фреймы" с
смещенные координаты из вспомогательного файла перемещения IID.mv (например, ch4.mv). Файлы по умолчанию
находятся in.bs и in.mv В дистрибутиве Debian см. примеры входных файлов и сценариев в
/ usr / share / doc / xbs / examples.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-гео gg
установить геометрию окна

-SC x
установить масштабный коэффициент

-t название
установить заголовок окна

-цвет
использовать цвет

-BW ч / б с гладкими серыми

-st ч / б с пунктирными серыми тонами

-рв инвертировать цвета

-автоколор
выбрал собственные цвета

-хх долгая помощь

-гео gg
установить геометрию окна

ВХОД ФОРМАТ

В простом случае файл ch4.bs может выглядеть так:

атом C 0.000 0.000 0.000
атом H 1.155 1.155 1.155
атом H -1.155 -1.155 1.155
атом H 1.155 -1.155 -1.155
атом H -1.155 1.155 -1.155

спецификация C 1.000 0.7
спецификации H 0.700 1.00

облигации CC 0.000 4.000 0.109 1.00
облигации CH 0.000 3.400 0.109 1.00
облигации HH 0.000 2.800 0.109 1.00

Это устанавливает координаты в формате
вид атома xyz

и как нарисовать каждый атомный вид в формате
цвет радиуса имени спецификации

и как рисовать связи, в формате Bonds name1 name2 min-length max-length radius color

Файл перемещения содержит дополнительные фреймы, подобные этому:

кадр Это кадр номер два
0.000 0.000 0.000 1.155 1.155 1.155 -1.155 -1.155 1.155
1.155 -1.155 -1.155 -1.155 1.155 -1.155

После ключевого слова 'frame' идет идентифицирующая строка, затем идут координаты для всех
атомы. Разрывы строк могут появляться в любом месте между координатами.

Возможны и другие строки ввода, а именно строки, задающие параметры (см. Ниже).
Пример: «inc 5» устанавливает шаг поворота на 5 градусов.

В обоих файлах строки, начинающиеся с *, и пустые строки являются комментариями.

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ

После запуска программы с 'xbs ch4' графиком можно управлять напрямую, выбрав
ключи. Например, чтобы повернуть молекулу, используйте клавиши курсора и клавиши «,» и «». В
последние два были выбраны, потому что они находятся под "<" и ">", которые выглядят как стрелки. Шагать
через кадры, чтобы показать «фильм», используйте клавиши '[' и ']'. Ряд других ключей
определены для непосредственного функционирования. Более сложные функции выполняются нажатием 'i', чтобы получить
строку ввода, а затем введите команду. Используйте 'xbs -hh', чтобы получить информацию о ключах и
команды.

Размер: клавиши «+» и «-» увеличивают или уменьшают размер участка.

Перспектива: клавиша p переключает перспективу. По умолчанию выключено. Для псевдоперспективы
размеры сферы зависят от расстояния до зрителя, но позиции на странице
без изменений. Для истинной перспективы меняются и размеры, и положение. Сила
эффекта перспективы зависит от расстояния до зрителя, которое показано на
строка состояния. Его можно изменить с помощью клавиш 'd' и 'D' или можно установить напрямую с помощью команды
'dist'. (Примечание: если вы подойдете слишком близко и поместите точку обзора внутри атома, программа
попробую раскрасить всю вселенную, на что уйдет очень много времени).

Освещение: команда 'gramp slope middle' затемняет атомы сзади по экспоненте.
рампа. Команда 'light xyz' закрашивает атомы так, как будто свет светит вдоль вектора
(х, у, г). Эти команды работают только в черно-белом режиме. Чтобы вернуться к нормальной окраске,
введите без аргументов слово «дедушка» или «свет».

Позиционирование: клавиши клавиатуры 8,6,4,2 перемещают график с шагом dpos (что может быть
устанавливается командой 'dpos'). Клавиша клавиатуры '*' сохраняет текущую позицию как 'домашнюю' (или используйте
команда 'pos', чтобы установить исходное положение напрямую). Клавиша клавиатуры 7 перемещает график домой.
Позиции указываются относительно центра окна.

Сохранение: команда save записывает данные в файл (по умолчанию Save.bs). Если есть несколько
кадры, записывается и файл перемещения. У команды 'save' есть несколько параметров, см. Ниже.

Печать: команда print записывает вывод в файл postscript, по умолчанию файл
"Bs.ps". Файл печати остается открытым до тех пор, пока он не будет явно закрыт. Таким образом несколько сюжетов
могут быть наложены на ту же страницу, используя клавиши курсора на клавиатуре для смещения подзаголовков
на странице. У команды print есть несколько параметров, см. Ниже.

ОНЛАЙН ПОМОГИТЕ

Ввод «xbs -h» и «xbs -hh» дает краткую или длинную справку.

После запуска xbs клавиша «h» переключает обзор. Это та же информация, что и
получается с помощью 'xbs -hh'.

В строке ввода используйте help print или print? или даже "print -h", чтобы получить помощь по
конкретная команда, такая как (в данном случае) print. В этой справке также показаны все возможные варианты
для команды.

Клавиша пробела переключает дополнительную информацию о графике, записанную в окне.

КОМАНДЫ

1. Цвет:

- Цвет указывается как число от 0 до 1 (значение серого), три числа
от 0 до 1 (значения красного, зеленого, синего или RGB) или как имя цвета из файла
/usr/lib/X11/rgb.txt (или аналогичный).

- Во входном файле цвет каждого вида или связи устанавливается этими тремя способами.

- Следующие параметры xbs относятся к цвету: -color включить цвета (по умолчанию) bw
использует только серые цвета -st использует только оттенки серого с несколькими значениями -rv reverse all
цвета -автоматический выбор собственных цветов. Вы можете изменить их в интерактивном режиме с помощью обновления.
команда. Для единообразия черный теперь равен 0, а белый - 1. Параметр -rv переключает это.
Единственная причина использования -bw или -st заключается в том, что команды 'light' и 'gramp' не работают.
с цветами.

- Параметр '-auto' используется для окраски атомов стандартным способом. Эти цвета
установить в подпрограмме set_auto_colors в файле subs.h. Начиная с метки вида (например, Pd3
или Mg-a) начальная альфа-часть извлекается и пишется с заглавной буквы (например, PD или MG), и это
строка используется для выбора цвета. Идея состоит в том, чтобы добавить любимые цвета в
подпрограмму, а затем перекомпилируйте xbs.

- Команда «цвет» изменяет цвета атомов интерактивно, т.е. 'цвет C * зеленый'
изменяет цвет всех подходящих видов. Чтобы показать цвет вида, используйте
команда без указания цвета (например, «цвет C1» или «цвет C-a»).

- Когда данные сохраняются с помощью команды 'save', текущие цвета (как установлено с помощью 'color')
сохраняются в виде строки. С 'save -rgb' значения RGB записываются вместо цвета
имена. Если используется опция -rv, инвертированные цвета сохраняются как значения RGB.

2. У некоторых команд есть опции, например. распечатать, сохранить, обновить. Например:

print -T напечатать и добавить некоторую информацию в качестве заголовка

print -t 'text ....' распечатать и поместить текст в качестве заголовка

update -rv update, но включить реверс

update + rv update но выключить реверс

update -bw update, но переключиться на черный / белый

save -rgb сохранить с цветами как значениями rgb

save -step n сохранить только с каждым n-м кадром
(хорошо для сжатия большого файла .mv).

Используйте «обновление справки» и т. Д. В строке ввода, чтобы увидеть параметры.

3. Сопоставление с образцом для меток атомов: * соответствует любой строке + любой символ.
Это можно использовать в команде 'color' и в строках 'Bonds' во входном файле.
(которые определяют, какие облигации нарисованы). Например, «Bonds C * H * ...» выбирает все
связи между
атомы, такие как C1 и H34 и т. д., а 'bond * * ...' выбирает все пары.

4. Прочие прочие изменения:

- Клавиша «а» отображает направления оси.

- Клавиша «n» показывает имена или номера атомов. Клавиша «c» показывает координаты.

- Чтобы закрыть файл печати postscript, используйте команду «закрыть».

- Команда 'dup xyz' дублирует все атомы, сдвинутые на (x, y, z).

- Команда 'cut xyzab' разрезает атомы между a и b
по вектору (x, y, z).

- В строке ввода есть список истории для извлечения старых команд.
Используйте стрелки вверх и вниз, когда линия ввода активна.

- В некоторых системах клавиша Backspace не работает для редактирования
строка ввода. Поэтому было определено, что клавиша со стрелкой влево
функция Backspace также.

Используйте xbs онлайн с помощью сервисов onworks.net