Это приложение для Linux под названием BIRAP, последнюю версию которого можно загрузить как Sample_Files.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием BIRAP с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
БИРАП
ОПИСАНИЕ
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) — это простой в использовании Perl-конвейер с открытым исходным кодом, который можно использовать для повторной аннотации бактериальных геномов с использованием экспериментальных данных. Инструмент интегрирует профиль экспрессии, полученный из секвенирования РНК и/или протеогеномики, сравнивает его с существующей аннотацией in silico и помогает проверить аннотацию, идентифицировать области, кодирующие новые белки, предполагаемую некодирующую РНК, а также помочь исправить ошибки в существующей аннотации. . Конвейер требует «накопления» выходных данных SAMtools для данных секвенирования РНК и файла локуса пептида/ePST (GFF) из инструмента Proteogenomic Mapping для данных протеогеномики вместе с геномом и существующей аннотацией in silico. При предоставлении информации о локусах промоторов и терминаторов в геноме (в формате .coords) конвейер также поможет идентифицировать некодирующие РНК.
Особенности
- анализ межгенных областей бактериальных геномов
- повторная аннотация бактериальных геномов
- обнаружение малых РНК (кРНК)
- РНК-сл
- Протеогеномика
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал, Командная строка
Язык программирования
Perl
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/birap/. Он был размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
