Это приложение для Linux под названием EXCAVATOR-tool для запуска в Linux онлайн, последний выпуск которого можно загрузить как EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием EXCAVATOR-tool для бесплатного запуска в Linux онлайн с OnWorks.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
ЭКСКАВАТОР-инструмент для запуска в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ
ВНИМАНИЕ !!!!! ВНИМАНИЕ !!!!! ВНИМАНИЕ !!!!! ВНИМАНИЕ !!!!!Недавно мы опубликовали на BMC Genomics новый программный пакет под названием XCAVATOR для идентификации CNV / CNA в экспериментах по короткому и длинному чтению полногеномного секвенирования (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR находится в свободном доступе по адресу http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR - это новый программный пакет для обнаружения вариантов числа копий (CNV) на основе данных секвенирования всего экзома.
ЭКСКАВАТОР был опубликован на сайте Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
####################
ВНИМАНИЕ!!!!! Для правильного использования инструмента EXCAVATOR пользователи должны загрузить файлы сопоставления uniqueome по следующей ссылке:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (для hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Особенности
- Секвенирование следующего поколения
- Копировать варианты номера
- Целое Exome Sequencing
Язык программирования
Perl
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
