Это приложение для Linux под названием ISVASE, последний выпуск которого можно загрузить как ISVASE1.1.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием ISVASE с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
ИСВАСЕ
ОПИСАНИЕ
Чтобы генерировать правильные зрелые мРНК, экзоны должны быть идентифицированы и соединены вместе точно и эффективно с помощью механизма сплайсинга РНК. Следует отметить, что примерно одна треть или половина всех болезнетворных мутаций влияют на сплайсинг РНК. Однако существует мало инструментов биоинформатики для прямой идентификации вариантов последовательностей, связанных с событиями сплайсинга (SVASE), на основе данных RNA-seq. Мы разработали ISVASE, простой и удобный инструмент для идентификации SVASE напрямую с использованием данных RNA-seq. По сравнению с существующим программным обеспечением PVAAS, наш метод имеет несколько преимуществ, таких как строгие фильтры, зависящие от правил, и статистические фильтры на каждом этапе, варианты последовательности обнаружения для известных событий сплайсинга, варианты последовательности идентификации в двух частях сплайсинга (стыка) отдельно, обнаружение сдвига стыка. события, если предоставляется известная аннотация сплайсинга, оценка сигнала сплайсинга, сравнение с известными данными о мутации ДНК и / или редактировании РНК, а также короткое время выполнения.
Особенности
- Это первый инструмент для определения варианта последовательности, связанного с событием сплайсинга, как для новых, так и для известных вариантов сплайсинга.
- ISVASE сначала идентифицирует варианты последовательностей для каждого варианта сплайсинга, затем идентифицирует варианты последовательностей для всех связанных вариантов сплайсинга (то же начало или конец соединения) для сравнительного анализа и статистического тестирования.
- ISVASE идентифицирует и оценивает варианты последовательности для обеих частей соединения по отдельности, что позволяет дополнительно различать влияние вариантов последовательности для разных частей соединения.
- ISVASE применяет несколько строгих фильтров, зависящих от правил, и статистических фильтров на разных этапах.
- ISVASE рассматривает события сдвига соединения и сигналы соединения (5 и 3), чтобы удалить варианты ложного сращивания.
- ISVASE может использовать предоставленные пользователем данные о мутации ДНК и редактировании РНК для обозначения исходного типа вариантов последовательности.
- ISVASE получает фланкирующую последовательность вариантов последовательности для поиска мотива энхансера экзонного сплайсинга.
- ISVASE может преобразовать файл вариантов последовательности по умолчанию в файл формата ввода ANNOVAR для аннотации вариантов.
- ISVASE использует 8 рисунков, чтобы показать характеристики вариантов последовательности, связанных с событиями склейки.
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Perl
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/isvase/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
