Это приложение для Linux под названием kSNP для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как kSNP3.1_Linux_package.zip. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием kSNP, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
kSNP для запуска в Linux онлайн
Ad
ОПИСАНИЕ
kSNP идентифицирует пангеномные SNP в наборе последовательностей генома и оценивает филогенетические деревья на основе этих SNP. Обнаружение SNP основано на анализе k-mer и не требует множественного выравнивания последовательностей или выбора эталонного генома, поэтому kSNP может принимать в качестве входных данных сотни микробных геномов. Локус SNP определяется олиго длиной k, окружающим центральный аллель SNP. kSNP может анализировать как полные (готовые) геномы, так и незавершенные геномы в собранных контигах или необработанных, несобранных считываниях. Готовые и незавершенные геномы можно анализировать вместе, и kSNP может автоматически загружать файлы Genbank готовых геномов и включать информацию из этих файлов в аннотацию SNP.Гарднер, С. Н. и Холл, Б. Г. 2013. Когда выравнивание всего генома просто не работает: программа kSNP v2 для обнаружения SNP без выравнивания и филогенетики сотен микробных геномов. PLoS ONE, 8 (12): e81760.doi: 10.1371 / journal.pone.0081760
Это приложение, которое также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
