Это приложение для Linux под названием P3BSseq для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как P3BSseq_v2.1.zip. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием P3BSseq, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
P3BSseq для работы в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ
Обработка бисульфитного секвенирования (BSseq) является одним из самых громоздких приложений секвенирования следующего поколения (NGS). Хотя некоторые инструменты обработки BSseq доступны, они разрознены, требуют непонятных параметров и требуют времени работы и использования памяти. Мы разработали P3BSseq, конвейер параллельной обработки для быстрого, точного и автоматического анализа считываний BSseq, который обрезает, выравнивает, аннотирует, записывает промежуточные результаты, выполняет оценку качества бисульфитного преобразования, генерирует метилом BED и файлы отчетов в соответствии со стандартами NIH. P3BSseq превосходит известные преобразователи BSseq в отношении времени работы и требований к компьютерному оборудованию. Мы оптимизировали параметры P3BSseq как для направленных, так и для ненаправленных библиотек, а также для одностороннего и парного чтения целостного генома и сокращенного представления BSseq. P3BSseq - это удобное оптимизированное решение для восходящего анализа BSseq, требующее только базовых знаний компьютера и NGS.Особенности
- Обработка данных секвенирования следующего поколения (NGS)
- Метиломический анализ ДНК
- Параллельная обработка
- Сниженная репрезентативность бисульфитного секвенирования (RRBS)
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал
Язык программирования
Питон
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/p3bsseq/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
