Это приложение для Linux под названием SnowyOwl, последнюю версию которого можно загрузить как SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием SnowyOwl с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
Снежная Сова
ОПИСАНИЕ
SnowyOwl - это конвейер прогнозирования генов, который использует данные RNA-Seq для обучения и предоставления подсказок для создания прогнозов генов на основе скрытой марковской модели (HMM), а также для оценки полученных моделей. Этот конвейер был проверен и оптимизирован путем сравнения его прогнозов с вручную подобранными моделями генов в трех геномах грибов, и его результаты показывают существенное повышение чувствительности и селективности по сравнению с предыдущими прогнозами генов. Чувствительность достигается за счет многократного запуска предсказателя гена HMM Augustus с различными входными параметрами, а селективность - за счет выбора моделей с наилучшей гомологией с известными белками и наилучшим согласием с данными RNA-Seq. SnowyOwl успешно предсказал гены в 26 новых геномах грибов.
Трубопровод может быть установлен локально для обеспечения высокой пропускной способности и контроля конфигурации. Его также можно запускать на удаленном сервере через удобный веб-интерфейс для периодического использования.
Особенности
- Прогнозирование генов с использованием данных RNA-Seq
- Высокая чувствительность и специфичность
- Оптимизация и проверка конвейера с помощью вручную созданных генных моделей
- Легко настраиваемый
- Конфигурация по умолчанию для грибов аскомицетов и базидиомицетов
- Установка и запуск локально для контроля и гибкости
- Для удобства запускать удаленно через веб-интерфейс
Аудитория
Наука / Исследования, Продвинутые конечные пользователи
Интерфейс пользователя
Веб-интерфейс, Командная строка, GTK +
Язык программирования
Питон, PHP
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
