Это приложение для Linux под названием Visualization of Protein-Ligand Graphs, последнюю версию которого можно загрузить как vplg_2016_07_18.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн бесплатно это приложение под названием «Визуализация белково-лигандных графиков с помощью OnWorks».
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
Визуализация белково-лигандных графиков
ОПИСАНИЕ
Программный пакет визуализации белков-лигандов (VPLG) вычисляет и визуализирует графики белков. Он работает на уровне супервторичной структуры и использует координаты атомов из файлов PDB и назначения SSE алгоритма DSSP.
VPLG - это программа командной строки. Если вам не нравится вводить команды, попробуйте наш веб-сервер PTGL: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Особенности
- Считывает трехмерные атомные данные из файлов PDB и назначения вторичной структуры из файлов DSSP
- Вычисляет график белок-лиганд на основе данных и визуализирует график
- Поддерживает вывод графических изображений в растровом (.png) и векторном (.svg) форматах.
- Экспортирует графики белок-лиганд в простой текстовый файл в собственном формате (.plg), который легко редактировать, анализировать и генерировать с помощью компьютерной программы, а также в ряде стандартных форматов файлов графиков.
- Может читать и напрямую визуализировать белковые графики из файлов .plg
- Бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом (FOSS)
- Поддержка базы данных (совершенно необязательно, сервер базы данных по умолчанию не требуется)
- Интерфейс командной строки позволяет легко выполнять пакетную обработку с помощью сценариев оболочки.
- Позволяет фильтровать лиганды по номеру атома
- Новый графический интерфейс, написанный на Java, больше не нужно вводить консольные команды!
- Программное обеспечение, на котором работает веб-сервер PTGL: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Аудитория
Наука / исследования, образование, продвинутые конечные пользователи
Интерфейс пользователя
Java Swing, консоль / терминал, командная строка
Язык программирования
Java
Среда базы данных
JDBC
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/vplg/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
