คะแนนที่ 2 - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

คะแนนที่ 2 - ค้นหากิ๊บที่ดีที่สุดที่ยึดในแต่ละตำแหน่ง

เรื่องย่อ

2ndscore in.fasta > out.กิ๊บติดผม

DESCRIPTION

สำหรับทุกตำแหน่งในลำดับ คำสั่งนี้จะแสดงผลเป็นบรรทัด:

-0.6 52 .. 62 TCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(คะแนน) (เริ่ม .. จบ) (บริบทด้านซ้าย) (ปิ่นปักผม) (บริบททางขวา)

สำหรับตำแหน่งที่ใกล้กับจุดสิ้นสุดของซีเควนซ์ บริบทอาจเติมด้วย 'x'
ตัวอักษร หากไม่พบกิ๊บ คะแนนจะเป็น 'ไม่มี'

สามารถให้ไฟล์ fasta ได้หลายไฟล์และมีหลายลำดับในไฟล์ fasta แต่ละไฟล์ NS
เอาต์พุตสำหรับแต่ละลำดับจะถูกคั่นด้วยบรรทัดที่ขึ้นต้นด้วย '>' และมี
คำอธิบาย FASTA ของลำดับ

เนื่องจากคะแนนของกิ๊บของสายบวกและสายลบอาจแตกต่างกัน (เนื่องจาก GU
ผูกพันใน RNA) โดยค่าเริ่มต้นคะแนนที่ 2 จะให้กิ๊บติดผมสองชุดสำหรับทุกลำดับ: the
กิ๊บติดผม FORWARD และกิ๊บติดผม REVERSE กิ๊บติดผมข้างหน้าทั้งหมดถูกส่งออกก่อนและ
จะถูกระบุโดยมีคำว่า 'FORWARD' ต่อท้ายบรรทัด '>' นำหน้า
ในทำนองเดียวกัน กิ๊บติดผม REVERSE จะอยู่หลังบรรทัด '>' ที่ลงท้ายด้วย 'REVERSE' ถ้าคุณ
ต้องการค้นหาเพียงสายเดียวเท่านั้น คุณสามารถใช้:

--no-fwd อย่าพิมพ์กิ๊บติดผม FORWARD
--no-rvs อย่าพิมพ์กิ๊บติดผม REVERSE

คุณสามารถตั้งค่าฟังก์ชันพลังงานที่ใช้ได้ เช่นเดียวกับทรานส์เทอม --gc, --au, --gu,
--mm, --ตัวเลือกช่องว่าง รองรับตัวเลือก --min-loop, --max-loop และ --max-len

FORMAT OF DIE .กระเป๋า ไฟล์
คอลัมน์สำหรับไฟล์ .bag มีดังนี้:

1. gen_name
2.terminator_start
3.terminator_end
4. กิ๊บติดผม_score
5.tail_score
6.terminator_sequence

7.terminator_confidence: กิ๊บติดผมและหางคะแนนที่
พิจารณาว่าคะแนนดังกล่าวเป็นไปได้มากน้อยเพียงใดในลำดับแบบสุ่ม นี้
เป็น "คะแนน" หลักสำหรับเทอร์มิเนเตอร์และคำนวณตามที่อธิบายไว้ใน
กระดาษ.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: จำนวนฐาน *โดยประมาณ*
คู่ระหว่างจุดสิ้นสุดของยีนและจุดเริ่มต้นของเทอร์มิเนเตอร์ นี้
เป็นค่าประมาณได้หลายวิธี: อย่างแรก (และที่สำคัญที่สุด) TransTermHP
ไม่ได้ใช้ยีนที่แท้จริงเสมอไป ขึ้นอยู่กับตัวเลือกที่คุณให้
มันอาจตัดปลายยีนบางส่วนเพื่อจัดการกับเทอร์มิเนเตอร์ที่
บางส่วนทับซ้อนกับยีน ประการที่สอง ที่เทอร์มิเนเตอร์ "เริ่มต้น"
ไม่ได้กำหนดไว้อย่างดี ช่องนี้จัดทำขึ้นเพื่อการตรวจสุขภาพจิตเท่านั้น
(เทอร์มิเนเตอร์ที่รายงานว่าดีที่สุดใกล้ปลายยีนไม่ควรจะเป็น
_too far_ จากจุดสิ้นสุดของยีน)

ใช้ ทรานสเทอร์ม โดยไม่ต้อง จีโนม คำอธิบายประกอบ
TransTermHP ใช้ข้อมูลยีนที่รู้จักเพียง 3 สิ่งเท่านั้น: (1) การติดแท็กสมมุติฐาน
เทอร์มิเนเตอร์เป็น "ยีนภายใน" หรือ "อินเทอร์เจนิก" (2) เลือกพื้นหลัง GC-
เปอร์เซ็นต์เนื้อหาในการคำนวณคะแนนเพราะยีนมักจะมีเนื้อหา GC ที่แตกต่างกัน
มากกว่าภูมิภาคระหว่างพันธุกรรม และ (3) ให้ผลลัพธ์ที่อ่านง่ายกว่าเล็กน้อย รายการ (1)
และ (3) ไม่จำเป็นจริงๆ และ (2) จะไม่มีผลใดๆ หากยีนของคุณมีความเหมือนกัน
เนื้อหา GC เป็นภูมิภาคอินเทอร์เจนิกของคุณ

น่าเสียดายที่ TransTermHP ยังไม่มีตัวเลือกง่ายๆ ให้เรียกใช้โดยไม่มีคำอธิบายประกอบ
ไฟล์ (ทั้ง .ptt หรือ .coords) และต้องมียีนอย่างน้อย 2 ยีน การแก้ไขปัญหา
คือการสร้างยีนปลอมขนาดเล็กที่ขนาบข้างโครโมโซมแต่ละอัน เมื่อต้องการทำเช่นนี้ ให้ทำการปลอม.coords
ไฟล์ที่มีเพียงสองบรรทัดนี้:

ยีนปลอม1 1 2 chome_id
ยีนปลอม2 L-1 L chrom_id

โดยที่ L คือความยาวของลำดับอินพุตและ L-1 คือ 1 น้อยกว่าความยาวของอินพุต
ลำดับ. "chrom_id" ควรเป็นคำที่ต่อจาก ">" ในไฟล์ .fasta โดยตรง
ที่มีลำดับของคุณ (ตัวอย่างเช่น หากไฟล์ .fasta ขึ้นต้นด้วย ">seq1" ดังนั้น
chrom_id = seq1)

สิ่งนี้จะสร้างคำอธิบายประกอบ "ปลอม" โดยมียีนยาว 1 เบสสองตัวขนาบข้างลำดับใน a
การจัดเรียงแบบหางต่อหาง: --> <-- จากนั้น TransTermHP สามารถเรียกใช้ด้วย:

transterm -p expterm.dat ลำดับ.fasta fake.coords

หากเนื้อหา G/C ของภูมิภาคอินเทอร์เจนิกของคุณใกล้เคียงกับยีนของคุณ ดังนั้นสิ่งนี้
จะไม่ส่งผลมากเกินไปต่อคะแนนที่ได้รับ ในทางกลับกัน,
การใช้ TransTermHP นี้ยังไม่ได้รับการทดสอบมากนัก ดังนั้นจึงยากที่จะรับรองได้สำหรับ
ความถูกต้อง

ใช้คะแนนที่ 2 ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net