นี่คือคำสั่ง autodocktools ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
adt - AutoDockTools ส่วนหน้าแบบกราฟิกสำหรับ AutoDock
เรื่องย่อ
รันแอด [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
หน้าคู่มือนี้เป็นคำแปลเกือบตามตัวอักษรของผลลัพธ์ที่จัดทำโดย รันแอด -h
คำสั่ง
OPTIONS
สรุปตัวเลือกอยู่ด้านล่าง สำหรับคำอธิบายที่สมบูรณ์ โปรดดูที่
บทช่วยสอนและเอกสารที่มีให้ทางออนไลน์
-ชม, --ช่วยด้วย
แสดงสรุปตัวเลือก
-a or --อีกครั้ง
เล่นไฟล์บันทึกล่าสุด
--เขียนทับบันทึก
เขียนทับไฟล์บันทึก
--บันทึกเฉพาะ
สร้างไฟล์บันทึกที่มีชื่อเฉพาะ
--noLog
ปิดการบันทึก
--ไม่มีสแปลช
ปิด Splash Screen
--ตาย อย่าเริ่มการวนซ้ำเหตุการณ์ GUI
--ปรับแต่ง ไฟล์
เรียกใช้ไฟล์ที่ผู้ใช้ระบุ
--lib ชื่อแพ็คเกจ
เพิ่มไลบรารีคำสั่ง
-v r, --วิสัยทัศน์ วิ่ง
เรียกใช้เครือข่ายวิชั่นบนบรรทัดคำสั่ง
-v o, --วิสัยทัศน์ ครั้งเดียว
เรียกใช้เครือข่ายวิชันซิสเต็มและออกจาก ADT
-d or --dmode โหมด
ระบุโหมดการแสดงผล
โหมดสามารถเป็นการรวมกันของโหมดการแสดงผล
'cpk' : cpk
'lines': เส้น
's' : ริบบิ้นโครงสร้างรอง
'sb' : ไม้และลูก
'lic' : ชะเอมเทศ
'ms' : พื้นผิวโมเลกุล
'ca' : C-alpha trace
'bt' : รอยกระดูกสันหลัง
'sp' : CA-spline
'ssb' : โครงสร้างรองสำหรับโปรตีน ไม้ และลูกกลม
สารตกค้างอื่นที่มีเส้นพันธะสำหรับสารตกค้างอื่นที่ไม่มีพันธะ
-c or --โหมด โหมด
ระบุรูปแบบสีของโหมดการแสดงผล:
'ca' : สีตามอะตอม
'cr' : สีตามสารตกค้าง (แบบแผน RASMOL)
'cc' : สีตามโซ่
'cm' : สีตามโมเลกุล
'cdg': สีโดยใช้โครงร่างของ David Goodsell
'cs' : สารตกค้างสีโดยใช้ Shapely Scheme
'css': สีตามองค์ประกอบโครงสร้างรอง
ตัวอย่าง:
แสดงโปรตีนเป็นริบบิ้น ไม่ใช่โปรตีนเป็นแท่งและลูกบอล และสีตามประเภทอะตอม
โฆษณา -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb
โฆษณา -i -m sssb -c cr myprot.pdb
ใช้ autodocktools ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
