นี่คือคำสั่ง bamtools ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bamtools - ชุดเครื่องมือสำหรับจัดการไฟล์ BAM (การจัดตำแหน่งจีโนม)
เรื่องย่อ
แบมทูลส์ [--ช่วยเหลือ] คำสั่ง [ARGS]
DESCRIPTION
BamTools อำนวยความสะดวกในการวิเคราะห์การวิจัยและการจัดการข้อมูลโดยใช้ไฟล์ BAM มันจัดการกับ
ข้อมูลจำนวนมหาศาลที่สร้างขึ้นโดยเทคโนโลยีการจัดลำดับปัจจุบันซึ่งโดยทั่วไปแล้ว
จัดเก็บในรูปแบบไบนารีที่บีบอัดซึ่งไม่สามารถจัดการได้ง่ายโดย parsers แบบข้อความ
ที่ใช้กันทั่วไปในการวิจัยทางชีวสารสนเทศ
OPTIONS
แปลง
แปลงระหว่าง BAM และรูปแบบอื่นจำนวนหนึ่ง
นับ พิมพ์จำนวนการจัดตำแหน่งในไฟล์ BAM
ความคุ้มครอง
พิมพ์สถิติความครอบคลุมจากไฟล์ BAM อินพุต
filter กรองไฟล์ BAM ตามเกณฑ์ที่ผู้ใช้ระบุ
header พิมพ์ข้อมูลส่วนหัวของ BAM
ดัชนี สร้างดัชนีสำหรับไฟล์ BAM
ผสานรวมไฟล์ BAM หลายไฟล์เป็นไฟล์เดียว
สุ่ม เลือกการจัดตำแหน่งแบบสุ่มจากไฟล์ BAM ที่มีอยู่ซึ่งมีไว้เพื่อการทดสอบมากกว่า
เครื่องมือ
แก้ไข
แก้ไขการอ่านแบบปลายคู่ (ทำเครื่องหมายแฟล็ก IsProperPair ตามต้องการ)
ย้อนกลับ ลบเครื่องหมายที่ซ้ำกันและคืนค่าคุณภาพฐานเดิม
sort จัดเรียงไฟล์ BAM ตามเกณฑ์บางอย่าง
split แยกไฟล์ BAM ตามคุณสมบัติที่ผู้ใช้กำหนด สร้างไฟล์เอาต์พุต BAM ใหม่สำหรับ
แต่ละค่าที่พบ
stats พิมพ์สถิติพื้นฐานบางส่วนจากไฟล์ BAM อินพุต
ดู 'bamtools help COMMAND' สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับคำสั่งเฉพาะ
ใช้ bamtools ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
