นี่คือคำสั่ง berkeley-express ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
berkeley-express - การหาปริมาณการสตรีมสำหรับการจัดลำดับปริมาณงานสูง
DESCRIPTION
การใช้ไฟล์: ด่วน [ตัวเลือก] การใช้ท่อ: bowtie
[ตัวเลือก] -S | ด่วน [ตัวเลือก]
ต้อง ข้อโต้แย้ง:
ไฟล์ลำดับเป้าหมายในรูปแบบ fasta
อ่านไฟล์การจัดตำแหน่งในรูปแบบ SAM หรือ BAM
Standard ตัวเลือก:
-h [ --ช่วยด้วย ]
ผลิตข้อความช่วยเหลือ
-o [ --output-ผบ ] หาเรื่อง (=.)
เขียนไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดไปยังไดเร็กทอรีนี้
-D [ --การประมวลผลล่วงหน้า ]
เรียกใช้สคริปต์ประมวลผลล่วงหน้าสำหรับ eXpressD
-m [ --frag-len-หมายถึง ] หาเรื่อง (=200)
ค่าประมาณก่อนหน้าสำหรับความยาวเศษส่วนเฉลี่ย
-s [ --frag-len-stddev ] หาเรื่อง (=80)
การประมาณการล่วงหน้าสำหรับส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานความยาวชิ้นส่วน
-H [ --haplotype-ไฟล์ ] หาเรื่อง
พาธไปยังไฟล์ที่มี haplotype pairs
-B [ --ชุดเพิ่มเติม ] หาเรื่อง (=0)
จำนวนรอบ EM ชุดเพิ่มเติมหลังจากรอบออนไลน์เริ่มต้น
-O [ --additional-ออนไลน์ ] หาเรื่อง (=0) จำนวนรอบ EM ออนไลน์เพิ่มเติม
หลังจากรอบออนไลน์ครั้งแรก
-L [ --max-read-len ] หาเรื่อง (=250)
ความยาวสูงสุดของการอ่าน
--output-จัดตำแหน่งปัญหา
การจัดตำแหน่งเอาต์พุต (แซม/แบม) กับการกำหนดความน่าจะเป็น
--output-จัด-samp
การจัดตำแหน่งเอาต์พุต (แซม/แบม) กับการกำหนดตัวอย่าง
--fr-ควั่น
ยอมรับเฉพาะการจัดตำแหน่งไปข้างหน้า -> ย้อนกลับ (โปรโตคอลแบบสายที่สอง)
--rf-ควั่น
ยอมรับเฉพาะการย้อนกลับ -> การจัดตำแหน่งไปข้างหน้า (โปรโตคอลสายแรก)
--f-ควั่น
ยอมรับเฉพาะการจัดตำแหน่งแบบปลายด้านเดียว (โปรโตคอลแบบสายที่สอง)
--r-ควั่น
ยอมรับเฉพาะการจัดตำแหน่งแบบปลายด้านเดียวแบบย้อนกลับ (โปรโตคอลแบบสายแรก)
--no-update-ตรวจสอบ
ปิดใช้งานการตรวจสอบอัตโนมัติสำหรับการอัปเดตผ่านเว็บ
--logtostderr
พิมพ์ข้อความบันทึกทั้งหมดไปที่ stderr
ระดับสูง ตัวเลือก:
-f [ --forget-พารามิเตอร์ ] หาเรื่อง (=0.84999999999999998)
ตั้งค่าพารามิเตอร์ 'forgetting factor' (0.5 <c <= 1)
--library-ขนาด หาเรื่อง
ระบุขนาดห้องสมุดสำหรับ FPKM แทนการคำนวณจากการจัดตำแหน่ง
--max-indel-ขนาด หาเรื่อง (=10)
กำหนดขนาดอินเดลสูงสุดที่อนุญาต ซึ่งส่งผลต่ออินเดลเรขาคณิตก่อนหน้า
--แคลค-โควาร์
คำนวณและส่งออกเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วม
--expr-อัลฟ่า หาเรื่อง (=0.0050000000000000001)
กำหนดความแรงของก่อน ต่อ bp
--หยุดที่ หาเรื่อง (=0)
กำหนดจำนวนแฟรกเมนต์ที่จะประมวลผล ปิดใช้งานด้วย0
--เผาไหม้ หาเรื่อง (=5000000)
กำหนดจำนวนแฟรกเมนต์หลังจากนั้นจะหยุดอัพเดตพารามิเตอร์เสริม
--no-bias-ถูกต้อง
ปิดการใช้งานการแก้ไขอคติ
--no-ข้อผิดพลาดรุ่น
ปิดใช้งานการสร้างแบบจำลองข้อผิดพลาด
--aux-param-ไฟล์ หาเรื่อง
เส้นทางไปยังไฟล์ที่มีพารามิเตอร์เสริมเพื่อใช้แทนการเรียนรู้
ใช้ berkeley-express ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
