bowtie2-align-s - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

bowtie2-align-s - เครื่องมือแบ็กเอนด์ที่รวดเร็วและมีประสิทธิภาพหน่วยความจำสำหรับการจัดลำดับ
อ่านลำดับการอ้างอิงแบบยาว

DESCRIPTION

Bowtie 2 เวอร์ชั่น 2.2.6 โดย Ben Langmead ([ป้องกันอีเมล],www.cs.jhu.edu/~langmea)

การใช้

bowtie2-align [ตัวเลือก]* -x {-2 -2 | -U } [-NS ]


คำนำหน้าชื่อไฟล์ดัชนี (ลบนามสกุล .X.bt2) หมายเหตุ: ดัชนี Bowtie 1 และ Bowtie 2
เข้ากันไม่ได้

ไฟล์ที่มีเพื่อน #1 จับคู่กับไฟล์ใน .

ไฟล์ที่มีเพื่อน #2 จับคู่กับไฟล์ใน .

ไฟล์ที่มีการอ่านแบบไม่จับคู่

ไฟล์สำหรับเอาต์พุต SAM (ค่าเริ่มต้น: stdout)

, , สามารถเป็นรายการที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาค (ไม่มีช่องว่าง) และสามารถระบุได้
หลายครั้ง. เช่น '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

OPTIONS (ค่าเริ่มต้น in วงเล็บ)

Input:
-q ไฟล์อินพุตแบบสอบถามคือ FASTQ .fq/.fastq (ค่าเริ่มต้น)

--qseq ไฟล์อินพุตแบบสอบถามอยู่ในรูปแบบ qseq ของ Illumina

-f ไฟล์อินพุตแบบสอบถามคือ (หลาย-)FASTA .fa/.mfa

-r ไฟล์อินพุตแบบสอบถามเป็นแบบดิบหนึ่งลำดับต่อบรรทัด

-c , , เป็นซีเควนซ์เอง ไม่ใช่ไฟล์

-s/--ข้าม
ข้ามไปก่อน อ่าน/คู่ในอินพุต (ไม่มี)

-u/--จนถึง
หยุดก่อน อ่าน/คู่ (ไม่จำกัด)

-5//-trim5
ตัดแต่ง ฐานจาก 5'/ซ้ายสุดของการอ่าน (0)

-3//-trim3
ตัดแต่ง ฐานจาก 3'/ขวาสุดของการอ่าน (0)

--phred33
คุณสมบัติคือ Phred+33 (ค่าเริ่มต้น)

--phred64
คุณสมบัติคือ Phred+64

--int-quals
คุณสมบัติที่เข้ารหัสเป็นจำนวนเต็มคั่นด้วยช่องว่าง

ค่าที่ตั้งล่วงหน้า:
เหมือนกับ:

สำหรับ --จบสิ้น:

--เร็วมาก -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i ส, 0,2.50

--เร็ว -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i ส, 0,2.50

--อ่อนไหว -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (ค่าเริ่มต้น)

--อ่อนไหวมาก -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i ส, 1,0.50

สำหรับ --ท้องถิ่น:

--มาก-fast-local -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i ส, 1,2.00

--fast-ท้องถิ่น -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i ส, 1,1.75

--sensitive-ท้องถิ่น -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (ค่าเริ่มต้น)

--ละเอียดอ่อนมาก-ท้องถิ่น -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i ส, 1,0.50

การจัดข้อความ:
-N
สูงสุด # ไม่ตรงกันในการจัดตำแหน่งเมล็ดพันธุ์; สามารถเป็น 0 หรือ 1 (0)

-L
ความยาวของสตริงย่อยของเมล็ด ต้องเป็น >3, <32 (22)

-i
ช่วงเวลาระหว่างสตริงย่อยของเมล็ดพันธุ์ที่มีการอ่าน len (S,1,1.15)

--n-เพดาน
func สำหรับ max # non-A/C/G/Ts ที่อนุญาตใน aln (L,0,0.15)

--dpad
รวม ตัวอักษรอ้างอิงพิเศษที่ด้านข้างของตาราง DP (15)

--gbar
ไม่อนุญาตให้มีช่องว่างภายใน nucs ของการอ่านสุดขั้ว (4)

--ignore-คุณสมบัติ
รักษาค่าคุณภาพทั้งหมดเป็น 30 ในระดับ Phred (ปิด)

--ตอนนี้ ไม่จัดแนวไปข้างหน้า (ต้นฉบับ) เวอร์ชันอ่าน (ปิด)

--นอร์ค ไม่จัดแนวการอ่านแบบเสริมย้อนกลับ (ปิด)

--no-1mm-ล่วงหน้า
ไม่อนุญาตให้มีการจัดตำแหน่งที่ไม่ตรงกัน 1 รายการก่อนที่จะพยายามสแกนหา seeded ที่เหมาะสมที่สุด
การจัดตำแหน่ง

--จบสิ้น
การอ่านทั้งหมดต้องจัดแนว; ไม่มีการตัด (เปิด)

OR

--ท้องถิ่น
การจัดตำแหน่งในท้องถิ่น ปลายอาจหนีบอ่อน (ปิด)

เกณฑ์การให้คะแนน:
--แม่
โบนัสแมตช์ (0 สำหรับ --จบสิ้น, 2 สำหรับ --ท้องถิ่น)

--mp
บทลงโทษสูงสุดสำหรับการไม่ตรงกัน; ต่ำกว่า = บทลงโทษที่ต่ำกว่า (6)

--np
บทลงโทษสำหรับ non-A/C/G/T ใน read/ref (1)

--rdg ,
อ่านช่องว่าง ขยายบทลงโทษ (5,3)

--อาร์เอฟจี ,
ช่องว่างอ้างอิงเปิดขยายบทลงโทษ (5,3)

--score-นาที คะแนนการจัดตำแหน่งขั้นต่ำที่ยอมรับได้ w/r/t อ่านความยาว
(G,20,8 สำหรับท้องถิ่น, L,-0.6,-0.6 สำหรับ end-to-end)

รายงาน:
(เริ่มต้น)
มองหาการจัดตำแหน่งหลายตำแหน่ง รายงานได้ดีที่สุดด้วย MAPQ

OR

-k
รายงานถึง ต่อการอ่าน; MAPQ ไม่มีความหมาย

OR

-a/--ทั้งหมด
รายงานการจัดตำแหน่งทั้งหมด ช้ามาก MAPQ ไม่มีความหมาย

ความพยายามที่:
-D
ให้ขึ้นหลังจาก ล้มเหลวในการต่อแถว (15)

-R
สำหรับการอ่านที่มีเมล็ดซ้ำๆ ให้ลอง ชุดเมล็ดพืช (2)

ปลายคู่:

-I//-มินเนี่ยน
ความยาวชิ้นส่วนขั้นต่ำ (0)

-X//-แม็กซิน
ความยาวชิ้นส่วนสูงสุด (500)

--fr//-rf/--ff -1, -2 เพื่อนจัด fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

--ไม่ผสม
ระงับการจัดตำแหน่ง unpaired สำหรับการอ่านที่จับคู่

--ไม่ขัดแย้ง
ระงับการจัดตำแหน่งที่ไม่ลงรอยกันสำหรับการอ่านที่จับคู่

--ไม่มีประกบ
ไม่สอดคล้องกันเมื่อคู่ครองล่วงเกินกัน

--ไม่มี-มี
ไม่สอดคล้องกันเมื่อการจับคู่คู่หนึ่งมีอื่น ๆ

--no-ทับซ้อนกัน
ไม่สอดคล้องกันเมื่อเพื่อนคาบเกี่ยวกันเลย

Output:
-t/--เวลา
พิมพ์เวลานาฬิกาแขวนที่ใช้โดยขั้นตอนการค้นหา

--เงียบ
พิมพ์อะไรไปที่ stderr ยกเว้นข้อผิดพลาดร้ายแรง

--met-ไฟล์
ส่งเมทริกเข้าไฟล์ได้ที่ (ปิด)

--met-stderr
ส่งเมตริกไปที่ stderr (ปิด)

--พบ
รายงานตัวนับและตัววัดภายในทุกๆ วินาที (1)

--ไม่มี-unal
ระงับบันทึก SAM สำหรับการอ่านที่ไม่จัดแนว

--ไม่มีหัว
ระงับบรรทัดส่วนหัว เช่น บรรทัดที่ขึ้นต้นด้วย @

--no-ตร
ระงับ @SQ ส่วนหัวบรรทัด

--rg-id
ตั้งค่า id กลุ่มการอ่าน แสดงในบรรทัด @RG และ RG:Z: opt field

--rg
เพิ่ม ("lab:value") ถึง @RG บรรทัดของส่วนหัว SAM หมายเหตุ: @RG line พิมพ์เท่านั้น
เมื่อ --rg-id ถูกตั้งค่า

--omit-วินาที-seq
ใส่ '*' ในฟิลด์ SEQ และ QUAL สำหรับการจัดตำแหน่งรอง

ประสิทธิภาพ:
-p//-กระทู้ จำนวนเธรดการจัดตำแหน่งที่จะเปิดตัว (1)

--เรียงลำดับใหม่
บังคับคำสั่งเอาต์พุต SAM ให้ตรงกับลำดับการอ่านอินพุต

- มม ใช้ I/O ที่แมปหน่วยความจำสำหรับดัชนี ' bowtie's หลายสามารถแบ่งปัน

อื่น ๆ :
--qc-ตัวกรอง
กรองการอ่านที่ไม่ดีตามตัวกรอง QSEQ

--เมล็ด
เมล็ดพันธุ์สำหรับเครื่องกำเนิดตัวเลขสุ่ม (0)

--ไม่กำหนด แรนด์เมล็ดพันธุ์ gen. โดยพลการแทนที่จะใช้แอตทริบิวต์อ่าน

--รุ่น
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออกจาก

-h/--ช่วย
พิมพ์ข้อความการใช้งานนี้

ใช้ bowtie2-align-s ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net