นี่คือคำสั่ง bp_genbank2gffp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bp_genbank2gff.pl - โหลดฐานข้อมูล Bio::DB::GFF จากไฟล์ GENBANK
เรื่องย่อ
% bp_genbank2gff.pl -d genbank -f localfile.gb
% bp_genbank2gff.pl -d genbank -- ภาคยานุวัติ AP003256
% bp_genbank2gff.pl -- ภาคยานุวัติ AP003256 --stdout
DESCRIPTION
สคริปต์นี้โหลดฐานข้อมูล Bio::DB::GFF ที่มีคุณสมบัติที่มีอยู่ใน local
ไฟล์ genbank หรือภาคยานุวัติที่ดึงมาจาก genbank ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งต่างๆ
ให้คุณควบคุมว่าจะโหลดฐานข้อมูลใดและจะอนุญาตให้ฐานข้อมูลที่มีอยู่ทำหรือไม่
จะถูกเขียนทับ
ฐานข้อมูลจะต้องถูกสร้างขึ้นแล้วและผู้ใช้ปัจจุบันต้องมีที่เหมาะสม
สิทธิ์ INSERT และ UPDATE ตัวเลือก --create จะเริ่มต้นฐานข้อมูลใหม่ด้วย
สคีมาที่เหมาะสม ลบตารางที่มีอยู่แล้ว
บรรทัดคำสั่ง OPTIONS
ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งสามารถย่อเป็นตัวเลือกตัวอักษรเดียว เช่น -d แทน
--ฐานข้อมูล
--create การสร้าง Force และการเริ่มต้นของฐานข้อมูล
--dsn แหล่งข้อมูล (ค่าเริ่มต้น dbi:mysql:test)
--ผู้ใช้ ชื่อผู้ใช้สำหรับการตรวจสอบ mysql
--ผ่าน รหัสผ่านสำหรับการตรวจสอบ mysql
--proxy พร็อกซีเซิร์ฟเวอร์ที่จะใช้สำหรับการเข้าถึงระยะไกล
--stdout ส่งออกโดยตรงไปยัง STDOUT
--อะแดปเตอร์ อะแดปเตอร์ที่จะใช้ (เช่น dbi::mysql, dbi::pg, dbi::oracle) -- ไวรัส จีโนมที่คุณกำลังโหลดนั้นเป็นไวรัส (แท็กการเปลี่ยนแปลง
ตัวเลือก)
--แหล่งที่มา ฟิลด์แหล่งที่มาสำหรับคุณสมบัติ ['genbank']
EITHER --file Arguments ที่ตามมาคือชื่อไฟล์ Genbank/EMBL
OR --gb_folder สิ่งที่ตามมาคือโฟลเดอร์ที่เต็มไปด้วยไฟล์ gb เพื่อประมวลผล OR -- อาร์กิวเมนต์การเข้าถึงที่ตามมาคือหมายเลขภาคยานุวัติของ genbank
(ไม่ใช่จิ!)
หรือ --acc_file หมายเลขภาคยานุวัติ (ไม่ใช่ gi!) ในไฟล์ (หนึ่งหมายเลขต่อบรรทัด ไม่มีการแบ่งส่วน)
หรือ --acc_pipe หมายเลขภาคยานุวัติ (ไม่ใช่ gi!) จากไพพ์ STDIN (หนึ่ง
ต่อบรรทัด)
ใช้ bp_genbank2gfp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
