นี่คือคำสั่ง bp_hivqp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bp_hivq.PL - อินเทอร์เฟซบรรทัดคำสั่งแบบโต้ตอบสำหรับ Bio::DB::HIV และ
ไบโอ::DB::แบบสอบถาม::HIVQuery
เรื่องย่อ
$perl bp_hivq.PL
hivq> แบบสอบถาม C [ประเภทย่อย] SI [ฟีโนไทป์]
hivq> พรีรัน
ส่งคืน 80 ลำดับ
แบบสอบถาม: C[ชนิดย่อย] SI[ฟีโนไทป์]
hivq> เอาไฟล์ออก csi.fas
hivq> วิ่ง
ดาวน์โหลดเสร็จสิ้น.
hivq> เอาไฟล์ออก dsi.fas
hivq> รัน D[subtype] SI[phenotype]
ดาวน์โหลดเสร็จสิ้น.
hivq> นับ
ส่งคืน 25 ลำดับ
แบบสอบถาม: D[ชนิดย่อย] SI[ฟีโนไทป์]
hivq> ออก
$
DESCRIPTION
โมดูล BioPerl Bio::DB::HIV และ Bio::DB::Query::HIVQuery ร่วมกันอนุญาตให้สืบค้นแบบกลุ่ม
กับฐานข้อมูลลำดับเอชไอวีของห้องปฏิบัติการแห่งชาติลอสอาลามอสโดยใช้แบบสอบถามง่ายๆ
ภาษา. "bp_hivq.PL" ให้ทั้งตัวอย่างการใช้โมดูลเหล่านี้และ a
อินเทอร์เฟซบรรทัดคำสั่งโต้ตอบแบบสแตนด์อโลนกับ LANL HIV DB อนุญาตคำสั่งง่ายๆ
ผู้ใช้เพื่อดึงลำดับเอชไอวีและคำอธิบายประกอบโดยใช้ภาษาแบบสอบถามที่นำมาใช้ใน
ชีวประวัติ::DB::Query::HIVQuery. ไปที่หน้าคู่มือสำหรับโมดูลเหล่านั้นสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม
การใช้
เรียกใช้สคริปต์โดยใช้ "perl bp_hivq.PL" หรือใน Unix "./bp_hivq.PL" คุณจะเห็น
hivq>
พร้อมท์ พิมพ์คำสั่งพร้อมแบบสอบถามเพื่อดึงข้อมูลลำดับและคำอธิบายประกอบ ดู
เรื่องย่อสำหรับเซสชันตัวอย่าง คำสั่งที่ใช้ได้อธิบายไว้ด้านล่าง
TIPS
ฐานข้อมูล LANL ค่อนข้างซับซ้อนและกว้างขวาง ใช้สิ่งอำนวยความสะดวก "ค้นหา" เพื่อสำรวจ
ตารางฐานข้อมูลและฟิลด์ที่มีอยู่ หากต้องการระบุนามแฝงสำหรับฟิลด์ใดฟิลด์หนึ่ง ให้ใช้
"ค้นหานามแฝง [ชื่อฟิลด์]" ตัวอย่างเช่น การหานามแฝงสั้น ๆ ให้กับฟิลด์ที่มีชื่อแปลก ๆ
"seq_sample.ssam_second_receptor" ทำ
hivq> ค้นหานามแฝง seq_sample.ssam_second_receptor
ซึ่งส่งคืน
ตัวรับ coreceptor second_receptor
ตอนนี้ แทนที่จะเป็นแบบสอบถามต่อไปนี้
hivq> รัน C[subtype] CCR5[seq_sample.ssam_second_receptor]
คุณก็รู้ว่าคุณทำได้
hivq> รัน C[subtype] CCR5[coreceptor]
ใช้คำสั่ง "outfile" เพื่อตั้งค่าไฟล์ที่ได้รับลำดับการดึงข้อมูล คุณสามารถ
เปลี่ยนไฟล์เอาต์พุตปัจจุบันเพียงแค่ออกคำสั่ง "outfile" ใหม่ระหว่าง
การประชุม. ไฟล์เอาต์พุตมีค่าเริ่มต้นเป็นเอาต์พุตมาตรฐาน
ใช้คำสั่ง "query" เพื่อตรวจสอบการสืบค้นโดยไม่ต้องกดฐานข้อมูล ใช้ "พรีรัน"
หรือคำสั่ง "นับ" เพื่อรับการนับจำนวน Hit ตามลำดับสำหรับแบบสอบถามโดยไม่ต้องดึง
ข้อมูล. ใช้ "run" หรือ "do" เพื่อดำเนินการค้นหาโดยสมบูรณ์ โดยดึงข้อมูลลำดับลงใน
ปัจจุบันตั้งค่าไฟล์เอาต์พุต
ในการประมวลผลคำสั่ง "bp_hivq.PL" ในชุดงาน ให้สร้างไฟล์ข้อความ (เช่น "bp_hivq.cmd")
มีคำสั่งที่ต้องการหนึ่งคำสั่งต่อบรรทัด จากนั้นดำเนินการสิ่งต่อไปนี้จากเชลล์:
$ แมว bp_hivq.cmd | เพิร์ล bp_hivq.PL
คำสั่ง
นี่คือรายการคำสั่งทั้งหมด ตัวเลือกในวงเล็บเดียว ("[req_option]") คือ
ที่จำเป็น; ตัวเลือกในวงเล็บคู่ ("[[opt_option]]") เป็นทางเลือก
ยืนยัน : สลับการยืนยันแบบโต้ตอบก่อน
กำลังดำเนินการค้นหา
exit : ออกจากสคริปต์
find : สำรวจสคีมาฐานข้อมูล
ค้นหาตาราง แสดงตารางฐานข้อมูลทั้งหมด
ค้นหาฟิลด์ แสดงฟิลด์ฐานข้อมูลทั้งหมด (คอลัมน์)
ค้นหาฟิลด์ [ตาราง] แสดงฟิลด์ทั้งหมดใน [ตาราง]
ค้นหานามแฝง [ฟิลด์] แสดงนามแฝงที่ถูกต้องสำหรับ [ฟิลด์]
help [[command]] : แสดงคำสั่ง help
ถ้าไม่ได้ระบุ [[command]] ให้ระบุรายการทั้งหมด
คำสั่งที่ใช้ได้
id : แสดง id เซสชันปัจจุบัน
outfile [ชื่อไฟล์] : ตั้งค่าไฟล์สำหรับรวบรวมข้อมูลที่ดึงมา
ping : ตรวจสอบว่า LANL DB พร้อมใช้งานหรือไม่
prerun [[query]] : ดำเนินการค้นหาแต่นับจำนวนการเรียกกลับเท่านั้น
หากไม่ได้ระบุ [[query]] ให้ใช้การสืบค้นปัจจุบัน
query [query] : ตรวจสอบและตั้งค่าการสืบค้นปัจจุบัน
run [[query]] : ดำเนินการค้นหาและดึงข้อมูล
หากไม่ได้ระบุ [[query]] ให้ใช้การสืบค้นปัจจุบัน
state : แสดงสถานะปัจจุบันของสคริปต์
ลาก่อน : นามแฝงสำหรับ 'ออก'
config : นามแฝงสำหรับ 'สถานะ'
นับ : นามแฝงสำหรับ 'prerun'
ทำ : นามแฝงสำหรับ 'run'
ออก : นามแฝงสำหรับ 'outfile'
เลิก : นามแฝงสำหรับ 'ออก'
OPTIONS
-v : ละเอียด; เปิดฟังก์ชันดีบักภายใน ()
การตอบรับ
จดหมาย รายการ
ความคิดเห็นของผู้ใช้เป็นส่วนสำคัญของวิวัฒนาการของโมดูลนี้และโมดูล Bioperl อื่นๆ ส่ง
ข้อคิดเห็นและข้อเสนอแนะของคุณ ควรไปที่รายชื่อผู้รับจดหมายของ Bioperl การมีส่วนร่วมของคุณ
เป็นที่ชื่นชมมาก
[ป้องกันอีเมล] - พูดคุยเรื่องทั่วไป
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - เกี่ยวกับรายชื่อผู้รับจดหมาย
การรายงาน Bugs
รายงานจุดบกพร่องไปยังระบบติดตามจุดบกพร่องของ Bioperl เพื่อช่วยเราติดตามจุดบกพร่องและข้อบกพร่องเหล่านั้น
ปณิธาน. สามารถส่งรายงานข้อบกพร่องผ่านทางเว็บ:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
ผู้แต่ง - ทำเครื่องหมาย A. เซ่น
มาร์ค เอ. เจนเซ่น[ป้องกันอีเมล]>
ใช้ bp_hivqp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
