นี่คือคำสั่ง bp_sreformatp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bpsreformat - แปลงรูปแบบลำดับ
DESCRIPTION
สคริปต์นี้ใช้ระบบ SeqIO ที่อนุญาตให้แปลงรูปแบบลำดับได้เช่นกัน
ข้อมูลลำดับหรือข้อมูลการจัดตำแหน่งหลายลำดับ ชื่อนี้มาจากการที่ฌอน
sreformat โปรแกรมของ Eddy (ส่วนหนึ่งของ HMMER pkg) ทำสิ่งนี้อยู่แล้ว โปรแกรมของฌอนพยายาม
เพื่อเดารูปแบบการป้อนข้อมูลในขณะที่อยู่ในรหัสของเรา เราต้องการให้คุณระบุสิ่งที่
รูปแบบอินพุตและเอาต์พุตคือและหากข้อมูลมาจากการจัดตำแหน่งหลายลำดับหรือจาก
ไฟล์ลำดับตรง
การใช้งาน:
bpsreformat - ถ้า INFORMAT - ของ OUTFORMAT -i FILENAME -o เอาต์พุต FORMAT
-h/--help พิมพ์วิธีใช้นี้
-if/--informat ระบุรูปแบบการป้อนข้อมูล
-of/--outformat ระบุรูปแบบเอาต์พุต
-i/--input ระบุชื่อไฟล์อินพุต
(ในการส่งข้อมูลบน STDIN ให้ใช้เครื่องหมายลบเป็นชื่อไฟล์)
-o/--output ระบุชื่อไฟล์เอาท์พุต
(ในการส่งข้อมูลบน STDOUT ให้ใช้เครื่องหมายลบเป็นชื่อไฟล์)
--msa ระบุว่านี่คือข้อมูลการจัดตำแหน่งหลายลำดับ
--special จะส่งผ่านพารามิเตอร์พิเศษไปยัง AlignIO/SeqIO
ออบเจ็กต์ -- ส่วนใหญ่ใช้สำหรับ Bio::AlignIO ออบเจกต์
รายการต่อไปนี้คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาค
nointerleaved -- สำหรับ phylip, non-interleaved format
idlinebreak -- สำหรับ phylip ทำให้เป็น molphy format
เปอร์เซ็นต์ -- สำหรับ clustalw แสดง % id ต่อบรรทัด
ใช้ bp_sreformatp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
