นี่คือคำสั่ง cgview ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
cgview - โปรแกรมดูจีโนมแบบวงกลม
เรื่องย่อ
ซีจีวิว [ตัวเลือก] ...
DESCRIPTION
CGView เป็นแพ็คเกจ Java สำหรับสร้างแผนที่จีโนมแบบวงกลมที่สามารถซูมได้คุณภาพสูง
จุดประสงค์หลักคือเพื่อใช้เป็นส่วนประกอบของไพพ์ไลน์คำอธิบายประกอบตามลำดับ เช่น a
วิธีการสร้างเอาต์พุตภาพที่เหมาะสมกับเว็บ ข้อมูลคุณสมบัติและการแสดงผล
ตัวเลือกถูกจัดเตรียมให้กับโปรแกรมโดยใช้ไฟล์ XML ไฟล์ตัวคั่นแท็บ หรือ NCBI
ไฟล์ปตท. CGView แปลงอินพุตเป็นแผนที่กราฟิก (PNG, JPG หรือ Scalable Vector
รูปแบบกราฟิก) พร้อมป้ายกำกับ ชื่อ คำอธิบาย และเชิงอรรถ นอกจาก
แผนที่เต็มมุมมองเริ่มต้น โปรแกรมสามารถสร้างชุดของแผนที่ไฮเปอร์ลิงก์ที่แสดง
มุมมองที่กว้างขึ้น แผนที่ที่เชื่อมโยงสามารถสำรวจได้โดยใช้เว็บเบราว์เซอร์ใด ๆ ที่ช่วยให้รวดเร็ว
การเรียกดูจีโนมและอำนวยความสะดวกในการแบ่งปันข้อมูล ป้ายกำกับคุณสมบัติในแผนที่สามารถเป็น
ไฮเปอร์ลิงก์ไปยังทรัพยากรภายนอก ทำให้แผนที่ CGView สามารถรวมเข้ากับเว็บที่มีอยู่ได้
เนื้อหาไซต์หรือฐานข้อมูล
OPTIONS
-A ระบุขนาดตัวอักษรฉลาก
-c ระบุฐานที่จะจัดกึ่งกลางเมื่อซูม
-D ระบุขนาดฟอนต์คำอธิบาย
-d ระบุความหนาแน่นของเห็บ ระหว่าง 0 ถึง 1.0 ค่าเริ่มต้นคือ 1.0
-E จะฝังข้อความแบบเวกเตอร์ในเอาต์พุต SVG หรือไม่
-e จะแยกเอาต์พุต SVG ออกจากชุดรูปภาพหรือไม่
-f รูปแบบของเอาต์พุต: PNG, JPG, SVG หรือ SVGZ
-h ไฟล์ HTML ที่จะสร้าง
-H ความสูงของแผนที่
-i ไฟล์อินพุตที่จะแยกวิเคราะห์
-I จะวาดฉลากด้านในของวงกลมกระดูกสันหลังหรือไม่ก็ตาม
-L ความกว้างของคำอธิบายภายนอก
-o ไฟล์รูปภาพที่จะสร้าง
-p เส้นทางไปยังไฟล์รูปภาพในไฟล์ HTML ที่สร้างโดยใช้คำสั่ง -h ตัวเลือก
-r ไม่ว่าจะลบตำนาน
-R ไม่ว่าจะถอดฉลาก
-s ไดเร็กทอรีเพื่อรับชุดรูปภาพ
-S จะอ้างอิงสไตล์ชีตภายนอกในเอาต์พุต HTML หรือไม่
-u ไม่ว่าจะอ้างอิง overlib.js ในเอาต์พุต HTML หรือไม่
-U ระบุขนาดฟอนต์ไม้บรรทัดลำดับ
-W ความกว้างของแผนที่
-x ค่าการซูมที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคสำหรับชุดรูปภาพ
-z ปัจจัยในการซูมเข้าด้วย
ตัวอย่าง
ซีจีวิว -f PNG -i ไซเบอร์เซลล์.xml -o my_picture.png -h view_image.html
ซีจีวิว -i ไซเบอร์เซลล์.xml -s directory_for_series -e จริง
ใช้ cgview ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
