ClonalFrame - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ClonalFrame - การอนุมานวิวัฒนาการจุลภาคของแบคทีเรียโดยใช้ข้อมูลลำดับ multilocus

เรื่องย่อ

ClonalFrame [ตัวเลือก] inputfile outputfile

DESCRIPTION

ClonalFrame ระบุความสัมพันธ์ระหว่างสมาชิกของกลุ่มตัวอย่างในขณะที่
ยังประเมินตำแหน่งโครโมโซมของเหตุการณ์การรวมตัวที่คล้ายคลึงกันที่มี
ทำลายมรดกโคลนนิ่ง

ตัวเลือก:

-x NUM ตั้งค่าจำนวนการวนซ้ำหลังจากการเบิร์นอิน (ค่าเริ่มต้นคือ 50000)

-y NUM ตั้งค่าจำนวนการวนซ้ำการเบิร์นอิน (ค่าเริ่มต้นคือ 50000)

-z NUM ตั้งค่าจำนวนการวนซ้ำระหว่างตัวอย่าง (ค่าเริ่มต้นคือ 100)

-e NUM กำหนดจำนวนการย้ายสาขาต่อการวนซ้ำ (ค่าเริ่มต้นคือครึ่งหนึ่งของ
เวลาที่ใช้ในการเปลี่ยนสาขา)

-m NUM ตั้งค่าเริ่มต้นของ theta เป็น NUM (ค่าเริ่มต้นคือค่าประมาณของ Watterson)

-d NUM ตั้งค่าเริ่มต้นของเดลต้าเป็น NUM (ค่าเริ่มต้นคือ 0.001)

-n NUM ตั้งค่าเริ่มต้นของ nu เป็น NUM (ค่าเริ่มต้นคือ 0.01)

-r NUM ตั้งค่าเริ่มต้นของ R เป็น NUM (ค่าเริ่มต้นคือเริ่มต้น theta/10)

-M ปรับปรุงค่าของ theta

-D อย่าอัปเดตค่าของ delta

-N อย่าอัพเดทค่าของ nu

-R อย่าอัปเดตค่าของR

-T อย่าอัปเดตโทโพโลยี

-A อย่าอัปเดตอายุของโหนด

-G ลบช่องว่างทั้งหมด

-H ลบช่องว่างทั้งหมดที่ตำแหน่ง non-polymorphic

-t NUM ระบุว่าทรีเริ่มต้นใดที่จะใช้: 0 สำหรับทรี null, 1 สำหรับการเลือกแบบสม่ำเสมอ
ต้นไม้ที่รวมกันและ 2 สำหรับต้นไม้ UPGMA (ค่าเริ่มต้น)

-w ไฟล์
ใช้ไฟล์ Newick สำหรับ tree เริ่มต้น

-a NUM ตั้งค่าพารามิเตอร์แรกของเบต้าก่อนการแจกแจง nu

-b NUM ตั้งค่าพารามิเตอร์ที่สองของการแจกแจงเบต้าก่อนหน้าของ nu

-U ใช้ไพรเมอร์แบบเดียวกันสำหรับ rho, theta และ delta

-B เรียกใช้ในโหมด BURST

-C รันในโหมด UPGMA ด้วยโพรซีเดอร์การบูตแบบไซต์ต่อไซต์

-c รันในโหมด UPGMA ด้วยโพรซีเดอร์บูตสแตรปทีละส่วน

-S NUM ตั้งค่าเมล็ดพันธุ์สำหรับตัวสร้างตัวเลขสุ่มเป็น NUM

-E NUM กำหนดอัตราการเติบโตแบบเลขชี้กำลัง (ค่าเริ่มต้นคือ 0)

-I ละเว้นบล็อกแรกในการจัดตำแหน่ง

-L ล้างการจัดตำแหน่งก่อนเรียกใช้ ClonalFrame

-l ระยะห่างขั้นต่ำระหว่างไซต์อ้างอิงสองแห่ง (ค่าเริ่มต้นคือ 50)

-v โหมดละเอียด

ใช้ ClonalFrame ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net