cmalign - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

cmalign - จัดลำดับให้ตรงกับแบบจำลองความแปรปรวนร่วม

เรื่องย่อ

ซม
[ตัวเลือก]

DESCRIPTION

ซม จัดเรียงลำดับ RNA ใน สู่แบบจำลองความแปรปรวนร่วม (CM) ใน .
การจัดตำแหน่งใหม่ส่งออกไปที่ แย่ ในรูปแบบสตอกโฮล์ม แต่สามารถเปลี่ยนเส้นทางไปยังไฟล์ได้
กับ -o ตัวเลือก

แต่ละ or (แต่ไม่ใช่ทั้งสองอย่าง) อาจเป็น '-' (แดช) ซึ่งหมายถึงการอ่านข้อความนี้
ข้อมูลจาก สเตดิน แทนที่จะเป็นไฟล์.

ไฟล์ลำดับ ต้องอยู่ในรูปแบบ FASTA หรือ Genbank

ซม ใช้เทคนิคแถบ HMM เพื่อเร่งการจัดตำแหน่งตามค่าเริ่มต้นตามที่อธิบายไว้
ด้านล่างสำหรับ --hbanded ตัวเลือก. สามารถปิดแถบ HMM ได้ด้วยปุ่ม --ไม่มีแบนด์ ตัวเลือก

โดยค่าเริ่มต้น ซม คำนวณการจัดตำแหน่งด้วยความแม่นยำที่คาดหวังสูงสุดนั่นคือ
สอดคล้องกับข้อจำกัด (แบนด์) ที่ได้มาจาก HMM โดยใช้เวอร์ชันแถบความถี่ของ
อัลกอริธึมความแม่นยำสูงสุด Durbin/Holmes พฤติกรรมนี้สามารถเปลี่ยนแปลงได้ด้วยการ --ซิก or
--ตัวอย่าง ตัวเลือก

ซม ใช้ความระมัดระวังเป็นพิเศษในการจัดแนวลำดับที่ถูกตัดทอนให้ถูกต้อง โดยที่นิวคลีโอไทด์บางตัว
จากจุดเริ่มต้น (5') และ/หรือจุดสิ้นสุด (3') ของลำดับทางชีวภาพแบบเต็มความยาวจริงคือ
ไม่มีอยู่ในลำดับอินพุต (ดู DL Kolbe และ SR Eddy, Bioinformatics, 25:1236-1243,
2009). ลักษณะการทำงานนี้เปิดอยู่โดยค่าเริ่มต้น แต่สามารถปิดได้ด้วย --notrunc. ในสมัยก่อน
รุ่น ซม --ย่อย จำเป็นต้องใช้ตัวเลือกเพื่อจัดการกับการตัดทอนอย่างเหมาะสม
ลำดับ NS --ย่อย ตัวเลือกยังคงมีอยู่ในเวอร์ชันนี้ แต่วิธีการเริ่มต้นใหม่
สำหรับการจัดการลำดับที่ถูกตัดทอนควรจะดีหรือดีกว่าวิธีย่อยในเกือบ
ทุกกรณี

พื้นที่ --มาปาลี ตัวเลือกช่วยให้รวมการจัดตำแหน่งการฝึกคงที่ที่ใช้ในการสร้าง
CM จากไฟล์ ภายในการจัดตำแหน่งเอาต์พุตของ ซม.

เป็นไปได้ที่จะรวมการจัดตำแหน่งตั้งแต่สองตำแหน่งขึ้นไปที่สร้างโดย CM เดียวกันโดยใช้ Easel
มินิแอพ esl-alimerge (รวมอยู่ในไดเร็กทอรีย่อยขาตั้ง / miniapps / ของ Infernal) ก่อนหน้า
รุ่น ซม รวมตัวเลือกในการผสานการจัดตำแหน่ง แต่ถูกเลิกใช้เมื่อ
การพัฒนาของ เอสแอล-อะลิเมอร์, ซึ่งเป็นหน่วยความจำที่มีประสิทธิภาพมากขึ้นอย่างมีนัยสำคัญ

โดยค่าเริ่มต้น ซม จะส่งออกการจัดตำแหน่งไปยัง stdout การจัดตำแหน่งสามารถเปลี่ยนเส้นทาง
ไปยังไฟล์เอาต์พุต กับ -o ตัวเลือก. กับ -o, ข้อมูลในแต่ละแนว
ลำดับ รวมทั้งคะแนนและขอบเขตการจัดตำแหน่งแบบจำลองจะพิมพ์ไปที่ stdout (more
ด้านล่างนี้)

การจัดตำแหน่งผลลัพธ์จะอยู่ในรูปแบบสตอกโฮล์มตามค่าเริ่มต้น นี้สามารถเปลี่ยนเป็น Pfam,
จัดรูปแบบ FASTA (AFA), A2M, Clustal หรือ Phylip โดยใช้ --รูปแบบ ตัวเลือก
ที่ไหน เป็นชื่อรูปแบบที่ต้องการ เป็นกรณีพิเศษหากการจัดตำแหน่งเอาต์พุต
มีขนาดใหญ่ (มากกว่า 10,000 ลำดับหรือมากกว่า 10,000,000 นิวคลีโอไทด์ทั้งหมด) มากกว่า
รูปแบบเอาต์พุตจะเป็นรูปแบบ Pfam โดยแต่ละลำดับจะปรากฏในบรรทัดเดียว for
สาเหตุของประสิทธิภาพของหน่วยความจำ สำหรับการจัดตำแหน่งที่ใหญ่กว่านี้ ให้ใช้ --ileaved จะบังคับ
แทรกรูปแบบสตอกโฮล์ม แต่ผู้ใช้ควรตระหนักว่าอาจต้องใช้จำนวนมาก
หน่วยความจำ --ileaved จะทำงานสำหรับการจัดตำแหน่งสูงสุด 100,000 ลำดับหรือ 100,000,000
นิวคลีโอไทด์ทั้งหมด

หากรูปแบบการจัดตำแหน่งเอาต์พุตเป็น Stockholm หรือ Pfam การจัดตำแหน่งเอาต์พุตจะเป็น
พร้อมคำอธิบายประกอบด้วยความน่าจะเป็นหลังซึ่งประเมินระดับความเชื่อมั่นของแต่ละตำแหน่ง
นิวคลีโอไทด์ คำอธิบายประกอบนี้ปรากฏเป็นบรรทัดที่ขึ้นต้นด้วย "#=GR PP" หนึ่งต่อ
ลำดับ โดยแต่ละลำดับอยู่ด้านล่างลำดับที่เรียงชิดกัน " ".
อักขระในบรรทัด PP มี 12 ค่าที่เป็นไปได้: "0-9", "*" หรือ "." ถ้า "." ตำแหน่ง
สอดคล้องกับช่องว่างในลำดับ ค่า "0" หมายถึงความน่าจะเป็นหลังของ
ระหว่าง 0.0 ถึง 0.05 "1" หมายถึงระหว่าง 0.05 ถึง 0.15 "2" หมายถึงระหว่าง 0.15 ถึง
0.25 และต่อไปเรื่อยๆ จนถึง "9" ซึ่งระบุระหว่าง 0.85 ถึง 0.95 ค่าของ "*" หมายถึง a
ความน่าจะเป็นหลังระหว่าง 0.95 ถึง 1.0 ความน่าจะเป็นหลังที่สูงขึ้นสอดคล้อง
เพื่อความมั่นใจมากขึ้นว่านิวคลีโอไทด์ที่เรียงตัวอยู่ในตำแหน่งที่ปรากฏใน
การจัดตำแหน่ง กับ --ไม่มีแบนด์, การคำนวณความน่าจะเป็นหลังพิจารณาทั้งหมด
การจัดตำแหน่งที่เป็นไปได้ของลำดับเป้าหมายกับ CM ปราศจาก --ไม่มีแบนด์ (เช่นในค่าเริ่มต้น
โหมด) การคำนวณจะพิจารณาเฉพาะการจัดตำแหน่งที่เป็นไปได้ภายในแถบ HMM ไกลออกไป,
ความน่าจะเป็นหลังมีเงื่อนไขในโหมดการตัดทอนของการจัดตำแหน่ง สำหรับ
ตัวอย่างเช่น หากการจัดตำแหน่งลำดับถูกตัดทอน 5' ค่า PP ของ "9" จะระบุระหว่าง
0.85 และ 0.95 ของการจัดตำแหน่งที่ตัดทอนทั้งหมด 5' รวมถึงนิวคลีโอไทด์ที่กำหนดที่
ตำแหน่ง. สามารถปิดคำอธิบายประกอบด้านหลังด้วยปุ่ม --noprob ตัวเลือก. ถ้า --เล็ก
เปิดใช้งานอยู่ ต้องปิดคำอธิบายประกอบด้านหลังโดยใช้ --noprob.

เอาต์พุตแบบตารางที่พิมพ์ไปยัง stdout ถ้า -o ตัวเลือกที่ใช้รวมถึงหนึ่งบรรทัด
ต่อลำดับและสิบสองฟิลด์ต่อบรรทัด: "idx": ดัชนีของลำดับในอินพุต
ไฟล์ "ชื่อลำดับ": ชื่อลำดับ; "ความยาว": ความยาวของลำดับ; "ซม.จาก" และ
"cm to": ตำแหน่งเริ่มต้นและสิ้นสุดของการจัดตำแหน่ง "trunc": "ไม่" ถ้าลำดับ
ไม่ถูกตัดทอน "5'" หากจุดเริ่มต้นของลำดับถูกตัดทอน 5', "3'" หากสิ้นสุด
ลำดับจะถูกตัดทอน และ "5'&3'" ถ้าทั้งจุดเริ่มต้นและจุดสิ้นสุดถูกตัดทอน
"bit sc": คะแนนบิตของการจัดตำแหน่ง "avg pp" ความน่าจะเป็นหลังเฉลี่ยของ
นิวคลีโอไทด์ที่เรียงตัวอยู่ในแนวเดียวกัน "band calc", "alignment" และ "total": เวลา
เป็นวินาทีที่จำเป็นสำหรับการคำนวณย่านความถี่ HMM คำนวณการจัดตำแหน่ง และดำเนินการให้เสร็จสิ้น
การประมวลผลลำดับตามลำดับ; "mem (Mb)": ขนาดเป็น Mb ของไดนามิกทั้งหมด
เมทริกซ์การเขียนโปรแกรมที่จำเป็นสำหรับการจัดลำดับ ข้อมูลตารางนี้สามารถบันทึกได้
ไปยังไฟล์ กับ --sfile ตัวเลือก

OPTIONS

-h ช่วย; พิมพ์การแจ้งเตือนสั้นๆ เกี่ยวกับการใช้บรรทัดคำสั่งและตัวเลือกที่มี

-o บันทึกการจัดตำแหน่งในรูปแบบสตอกโฮล์มเป็นไฟล์ . ค่าเริ่มต้นคือการเขียนมัน
สู่เอาต์พุตมาตรฐาน

-g กำหนดค่าแบบจำลองสำหรับการจัดตำแหน่งส่วนกลางของแบบจำลองแบบสอบถามไปยังเป้าหมาย
ลำดับ โดยค่าเริ่มต้น โมเดลได้รับการกำหนดค่าสำหรับการจัดตำแหน่งภายในเครื่อง ท้องถิ่น
การจัดตำแหน่งอาจมีส่วนแทรกและการลบขนาดใหญ่ที่เรียกว่า "ปลายเฉพาะที่" ใน
โครงสร้างที่ต้องรับโทษแตกต่างจากอินเดลปกติ เหล่านี้มีหมายเหตุประกอบเป็น
คอลัมน์ "~" ในบรรทัด RF ของการจัดตำแหน่งเอาต์พุต NS -g สามารถใช้ตัวเลือกเพื่อ
ไม่อนุญาตการสิ้นสุดในท้องถิ่นเหล่านี้ NS -g จำเป็นต้องใช้ตัวเลือกหาก --ย่อย ตัวเลือกก็คือ
มือสอง

OPTIONS สำหรับ การควบคุม DIE การจัดตำแหน่ง อัลกอริธึม

--optacc
จัดลำดับโดยใช้อัลกอริธึมความแม่นยำสูงสุดของ Durbin/Holmes นี้เป็น
ค่าเริ่มต้น. การจัดตำแหน่งความแม่นยำที่เหมาะสมที่สุดจะถูกจำกัดโดยแถบ HMM สำหรับ
การเร่งความเร็วเว้นแต่ --ไม่มีแบนด์ เปิดใช้งานตัวเลือกแล้ว ความแม่นยำสูงสุด
อัลกอริธึมกำหนดการจัดตำแหน่งที่เพิ่มความน่าจะเป็นหลังของ
นิวคลีโอไทด์ที่อยู่ในแนวเดียวกัน ความน่าจะเป็นส่วนหลังถูกกำหนดโดยใช้
(อาจเป็นแถบ HMM) รูปแบบของอัลกอริธึมภายในและภายนอก

--ซิก อย่าใช้การจัดตำแหน่งความแม่นยำที่เหมาะสมที่สุดของ Durbin/Holmes เพื่อจัดแนวลำดับ
แทนที่จะใช้อัลกอริทึม CYK ซึ่งกำหนดคะแนนที่เหมาะสมที่สุด (สูงสุด
ความน่าจะเป็น) การจัดตำแหน่งของลำดับกับแบบจำลอง กำหนดแถบ HMM (เว้นแต่
--ไม่มีแบนด์ เปิดใช้งานด้วย)

--ตัวอย่าง
ตัวอย่างการจัดตำแหน่งจากการกระจายหลังของการจัดตำแหน่ง ส่วนหลัง
การกระจายถูกกำหนดโดยใช้แถบ HMM (เว้นแต่ --ไม่มีแบนด์) ตัวแปรของ
อัลกอริธึมภายใน

--เมล็ด
เมล็ดพันธุ์เครื่องกำเนิดตัวเลขสุ่มด้วย , จำนวนเต็ม >= 0 ตัวเลือกนี้ใช้ได้เท่านั้น
ใช้ร่วมกับ --ตัวอย่าง. If ไม่ใช่ศูนย์ การสุ่มตัวอย่างสุ่มของ
การจัดตำแหน่งจะทำซ้ำได้ คำสั่งเดียวกันจะให้ผลลัพธ์เหมือนกัน ถ้า
คือ 0 ตัวสร้างตัวเลขสุ่มจะถูกเพาะโดยพลการและสุ่ม
การสุ่มตัวอย่างอาจแตกต่างกันไปในการรันคำสั่งเดียวกัน เมล็ดพันธุ์เริ่มต้นคือ 181

--notrunc
ปิดอัลกอริธึมการจัดตำแหน่งที่ถูกตัดทอน ลำดับทั้งหมดในไฟล์อินพุตจะเป็น
ให้ถือว่ายาวเต็มตัว เว้นแต่ --ย่อย ยังใช้ซึ่งในกรณีนี้โปรแกรมสามารถ
ยังคงจัดการลำดับที่ถูกตัดทอน แต่จะใช้กลยุทธ์อื่นสำหรับ
การจัดตำแหน่ง

--ย่อย เปิดการสร้างแบบจำลองย่อยและขั้นตอนการจัดตำแหน่ง สำหรับแต่ละลำดับ an
HMM ถูกใช้ครั้งแรกในการคาดการณ์คอลัมน์ฉันทามติเริ่มต้นและสิ้นสุดของโมเดล และคอลัมน์ใหม่
CM ย่อยถูกสร้างขึ้นเพื่อจำลองคอลัมน์ฉันทามติตั้งแต่ต้นจนจบ NS
ลำดับจะถูกจัดชิดกับ CM ย่อยนี้ การจัดตำแหน่งย่อยเป็นวิธีที่เก่ากว่า
ค่าเริ่มต้นสำหรับการจัดตำแหน่งลำดับที่อาจถูกตัดทอน โดยค่าเริ่มต้น, ซม
ใช้อัลกอริธึม DP พิเศษในการจัดการลำดับที่ถูกตัดทอนซึ่งควรจะมากกว่า
แม่นยำกว่าวิธีย่อยในกรณีส่วนใหญ่ --ย่อย ยังคงรวมเป็นตัวเลือก
เป็นหลักสำหรับการทดสอบกับการจัดการลำดับที่ถูกตัดทอนเริ่มต้นนี้ "CM ย่อย" นี้
ขั้นตอนไม่เหมือนกับ "CM ย่อย" ที่ Weinberg และ Ruzzo อธิบาย

OPTIONS สำหรับ การควบคุม เร่ง AND หน่วยความจำ สิ่งที่ต้องมี

--hbanded
ตัวเลือกนี้เปิดอยู่โดยค่าเริ่มต้น เร่งการจัดตำแหน่งโดยการตัดขอบออก
ของเมทริกซ์ CM DP ที่ HMM ถือว่าไม่สำคัญ ขั้นแรก แต่ละลำดับคือ
ได้คะแนนตามแผน CM 9 HMM ที่ได้มาจาก CM โดยใช้ Forward and Backward HMM
อัลกอริธึมในการคำนวณความน่าจะเป็นหลังที่นิวคลีโอไทด์แต่ละตัวเรียงตัวกัน
สถานะของ HMM ความน่าจะเป็นหลังเหล่านี้ใช้เพื่อหาข้อ จำกัด
(แถบ) บนเมทริกซ์ CM DP สุดท้าย ลำดับเป้าหมายถูกจัดชิดกับCM
โดยใช้เมทริกซ์ DP ที่มีแถบสี ในระหว่างที่เซลล์นอกแถบความถี่จะถูกละเว้น
โดยปกติเมทริกซ์ DP แบบเต็มส่วนใหญ่จะอยู่นอกแถบ (มักจะมากกว่า 95%)
ทำให้เทคนิคนี้เร็วขึ้นเพราะต้องใช้การคำนวณ DP น้อยลงและอีกมากมาย
หน่วยความจำมีประสิทธิภาพเพราะจำเป็นต้องจัดสรรเฉพาะเซลล์ภายในแถบความถี่

ที่สำคัญ แถบ HMM เสียสละการรับประกันของการพิจารณาที่เหมาะสมที่สุด
accurarte หรือการจัดตำแหน่งที่เหมาะสมที่สุด ซึ่งจะพลาดไม่ได้หากอยู่นอกวงดนตรี
พารามิเตอร์เอกภาพคือจำนวนของมวลความน่าจะเป็นที่ถือว่าไม่มีนัยสำคัญในระหว่าง
การคำนวณแถบ HMM; ค่า tau ที่ต่ำกว่าจะให้ความเร็วที่มากขึ้น แต่ยังมีค่ามากกว่า
โอกาสที่จะพลาดการจัดตำแหน่งที่เหมาะสมที่สุด เอกภาพเริ่มต้นคือ 1E-7 กำหนด
เป็นการประนีประนอมที่ดีระหว่างความไวและความเร็ว แม้ว่าค่านี้สามารถ
เปลี่ยนไปด้วย --เทา ตัวเลือก. ระดับความเร่งเพิ่มขึ้นด้วย
ทั้งความยาวและระดับการอนุรักษ์ลำดับปฐมภูมิของครอบครัว ตัวอย่างเช่น,
ด้วย tau เริ่มต้นของ 1E-7, โมเดล tRNA (การอนุรักษ์ลำดับปฐมภูมิต่ำด้วย
ความยาวประมาณ 75 นิวคลีโอไทด์) แสดงความเร่งประมาณ 10 เท่า และแบคทีเรีย SSU rRNA
แบบจำลอง (การอนุรักษ์ลำดับปฐมภูมิสูงที่มีความยาวประมาณ 1500 นิวคลีโอไทด์)
แสดงประมาณ 700X สามารถปิดแถบ HMM ได้ด้วยปุ่ม --ไม่มีแบนด์ ตัวเลือก

--เทา
ตั้งค่าความน่าจะเป็นการสูญเสียส่วนท้ายที่ใช้ระหว่างการคำนวณแถบ HMM เป็น . นี่คือ
จำนวนมวลของความน่าจะเป็นภายในความน่าจะเป็นหลัง HMM นั่นคือ
ถือว่าเล็กน้อย ค่าเริ่มต้นคือ 1E-7 โดยทั่วไป ค่าที่สูงกว่าจะ
ส่งผลให้อัตราเร่งเพิ่มขึ้น แต่เพิ่มโอกาสพลาดที่ดีที่สุด
การจัดตำแหน่งเนื่องจากแถบ HMM

--mxsize
ตั้งค่าขนาดเมทริกซ์ DP ทั้งหมดที่อนุญาตเป็น เมกะไบต์ โดยค่าเริ่มต้นนี้
ขนาด 1028 Mb. ควรมีขนาดใหญ่พอสำหรับการจัดตำแหน่งส่วนใหญ่
แต่ถ้าไม่ใช่ ซม จะพยายามกระชับแถบ HMM ซ้ำๆ
ใช้เพื่อจำกัดการจัดตำแหน่งโดยเพิ่มพารามิเตอร์ tau และคำนวณค่า .ใหม่
แบนด์จนกว่าขนาดเมทริกซ์ทั้งหมดที่ต้องการจะต่ำกว่า เมกะไบต์หรือสูงสุด
ค่า tau ที่อนุญาต (ค่าเริ่มต้นคือ 0.05 แต่สามารถเปลี่ยนแปลงได้ด้วย --แม็กซ์เทา) ถึง. ที่
การวนซ้ำแต่ละครั้งของการรัดเข็มขัดให้แน่น เอกภาพจะถูกคูณด้วย 2.0 วงกระชับ
กลยุทธ์สามารถปิดได้ด้วย --fixedtau ตัวเลือก. ถ้าเอกภาพสูงสุดคือ
ถึงแล้วและขนาดเมทริกซ์ที่ต้องการยังเกิน หรือถ้าแถบ HMM ไม่ใช่
กำลังใช้และขนาดเมทริกซ์ที่ต้องการเกิน แล้วก็ ซม จะออก
ก่อนกำหนดและรายงานข้อความแสดงข้อผิดพลาดที่เมทริกซ์เกินค่าสูงสุด
ขนาดที่อนุญาต ในกรณีนี้ --mxsize สามารถใช้เพื่อเพิ่มขีดจำกัดขนาดหรือ
เอกภาพสูงสุดสามารถยกได้ด้วย --แมกซ์เทา ปกติจะเกินขีดจำกัด
เมื่อ --ไม่มีแบนด์ ใช้ตัวเลือกโดยไม่มี --เล็ก ทางเลือกแต่ยังคงเกิดขึ้นได้
เมื่อ --ไม่มีแบนด์ ไม่ได้ใช้ โปรดทราบว่าถ้า ซม กำลังถูกเรียกใช้ใน หลาย
เธรดบนเครื่องมัลติคอร์แต่ละเธรดอาจมีเมทริกซ์ที่จัดสรรเป็น up
ถึงขนาด Mb ในเวลาใดก็ได้

--fixedtau
ปิดกลยุทธ์การรัดสายรัด HMM ที่อธิบายไว้ในคำอธิบายของ
--mxsize ตัวเลือกด้านบน

--แม็กซ์เทา
ตั้งค่าสูงสุดที่อนุญาตสำหรับเอกภาพระหว่างการรัดสายให้แน่น ดังอธิบายใน
คำอธิบายของ --mxsize ข้างบน ถึง . โดยค่าเริ่มต้น ค่านี้คือ 0.05

--ไม่มีแบนด์
ปิดแถบ HMM การจัดตำแหน่งที่ส่งคืนรับประกันว่าเป็นสากล
หนึ่งที่ถูกต้องเหมาะสมที่สุด (โดยค่าเริ่มต้น) หรือหนึ่งคะแนนที่ดีที่สุดทั่วโลก (if --ซิก
เปิดใช้งาน). NS --เล็ก แนะนำให้ใช้ตัวเลือกร่วมกับตัวเลือกนี้
เนื่องจากการจัดตำแหน่งมาตรฐานโดยไม่มีแถบ HMM ต้องใช้หน่วยความจำจำนวนมาก (ดู
--เล็ก ).

--เล็ก
ใช้อัลกอริทึมการจัดตำแหน่ง CYK แบบแบ่งและยึดตามที่อธิบายไว้ใน SR Eddy, BMC
ชีวสารสนเทศ 3:18, 2002. The --ไม่มีแบนด์ ต้องใช้ตัวเลือกร่วมกับ
ตัวเลือกนี้ นอกจากนี้ยังแนะนำเมื่อใดก็ตามที่ --ไม่มีแบนด์ ใช้ว่า --เล็ก is
ยังใช้เพราะการจัดตำแหน่ง CM มาตรฐานโดยไม่มีแถบ HMM ต้องใช้จำนวนมาก
หน่วยความจำ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับ RNA ขนาดใหญ่ --เล็ก ช่วยให้การจัดตำแหน่ง CM ในทางปฏิบัติ
จำกัดหน่วยความจำ ลดหน่วยความจำที่จำเป็นสำหรับการจัดตำแหน่ง LSU rRNA ที่ใหญ่ที่สุด
RNA ที่รู้จักตั้งแต่ 150 Gb ถึงน้อยกว่า 300 Mb ตัวเลือกนี้ใช้ได้เฉพาะใน
รวมกับ --ไม่มีแบนด์, --notrunc, และ --cyk

ตัวเลือก เอาท์พุท ไฟล์

--sfile
ดัมพ์คะแนนการจัดตำแหน่งตามลำดับและข้อมูล timig ไปยังไฟล์ . รูปแบบของ
ไฟล์นี้อธิบายไว้ข้างต้น (เป็นข้อมูลเดียวกันในรูปแบบเดียวกับตาราง
stdout เอาต์พุตเมื่อ -o ใช้ตัวเลือก)

--ไฟล์
ดัมพ์การสืบค้นกลับลำดับแบบตารางสำหรับแต่ละลำดับไปยังไฟล์ .
มีประโยชน์หลักสำหรับการดีบัก

--ifile
ดัมพ์ต่อลำดับการแทรกข้อมูลไปยังไฟล์ . รูปแบบของไฟล์คือ
อธิบายโดยบรรทัดความคิดเห็นนำหน้า "#" ที่ด้านบนของไฟล์ . พื้นที่
ข้อมูลการแทรกนั้นใช้ได้แม้ในขณะที่ --ตรงกัน ใช้ตัวเลือก

--เอลไฟล์
ดัมพ์ต่อลำดับสถานะ EL (ปลายทางในเครื่อง) แทรกข้อมูลไปยังไฟล์ . รูปแบบ
ของไฟล์อธิบายโดย "#" - บรรทัดความคิดเห็นที่นำหน้าซึ่งรวมอยู่ที่ด้านบนของ
ไฟล์ . ข้อมูลเม็ดมีด EL นั้นใช้ได้แม้ในขณะที่ --ตรงกัน ตัวเลือกที่
มือสอง

อื่น ๆ OPTIONS

--มาปาลี
อ่านการจัดตำแหน่งจากไฟล์ ที่ใช้สร้างโมเดลจัดวางเป็นชิ้นเดียว
คัดค้าน CM; เช่นการจัดตำแหน่งใน ได้รับการแก้ไข สิ่งนี้ทำให้คุณสามารถ
จัดลำดับให้ตรงกับแบบจำลองด้วย ซม และดูในบริบทของที่มีอยู่
การวางตำแหน่งหลายตำแหน่งที่เชื่อถือได้ ต้องเป็นไฟล์การจัดตำแหน่งที่ CM สร้างขึ้น
จาก. โปรแกรมตรวจสอบว่าผลรวมตรวจสอบของไฟล์ตรงกับของไฟล์
ใช้ในการสร้าง CM ตัวเลือกที่คล้ายกันนี้เรียกว่า --วิตาลี in
รุ่นก่อนหน้าของ ซม.

--แผนที่
ต้องใช้ร่วมกับ --มาปาลี . เผยแพร่ข้อมูลโครงสร้าง
สำหรับ pseudoknots ใด ๆ ที่มีอยู่ใน ไปที่การจัดตำแหน่งเอาต์พุต ตัวเลือกที่คล้ายกันกับ
ตัวนี้ชื่อ --กับ ในเวอร์ชันก่อนหน้าของ ซม.

--ข้อมูล
ยืนยันว่าอินพุต อยู่ในรูปแบบ . ห้ามเรียกใช้รูปแบบ Babelfish
การตรวจหาอัตโนมัติ สิ่งนี้จะเพิ่มความน่าเชื่อถือของโปรแกรมบ้างเพราะ
Babelfish สามารถทำผิดพลาดได้ แนะนำเป็นพิเศษสำหรับผู้ที่ไม่ต้องดูแล สูง-
ปริมาณงานของ Infernal รูปแบบที่ยอมรับได้ ได้แก่ FASTA, GENBANK และ DDBJ
ไม่คำนึงถึงตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่

--รูปแบบ
ระบุรูปแบบการจัดตำแหน่งเอาต์พุตเป็น . รูปแบบที่ยอมรับได้คือ: Pfam, AFA,
A2M, Clustal และ Phylip AFA อยู่ในแนวเดียวกันอย่างรวดเร็ว เฉพาะการจัดตำแหน่ง Pfam และสตอกโฮล์ม
รูปแบบจะรวมคำอธิบายประกอบโครงสร้างฉันทามติและความน่าจะเป็นภายหลัง
คำอธิบายประกอบของสารตกค้างที่จัดตำแหน่ง

--dnaout
ส่งออกการจัดตำแหน่งเป็นการจัดตำแหน่งลำดับ DNA แทนที่จะเป็นการจัดตำแหน่ง RNA

--noprob
อย่าใส่คำอธิบายประกอบการจัดตำแหน่งเอาต์พุตด้วยความน่าจะเป็นด้านหลัง

--ตรงกัน
รวมเฉพาะคอลัมน์ที่ตรงกันในการจัดตำแหน่งเอาต์พุต ไม่รวมการแทรกใดๆ
เทียบกับแบบจำลองฉันทามติ ตัวเลือกนี้อาจมีประโยชน์เมื่อสร้างขนาดใหญ่มาก
การจัดตำแหน่งที่ต้องการหน่วยความจำและพื้นที่ดิสก์จำนวนมากซึ่งส่วนใหญ่จำเป็น
เพื่อจัดการกับคอลัมน์แทรกที่มีช่องว่างในลำดับมากที่สุดเท่านั้น

--ileaved
ส่งออกการจัดตำแหน่งในรูปแบบสตอกโฮล์มอินเตอร์ลีฟของความกว้างคงที่ที่อาจ
สะดวกกว่าในการสอบ นี่คือรูปแบบการจัดตำแหน่งเอาต์พุตเริ่มต้นของ
รุ่นก่อนหน้าของ ซม. โปรดทราบว่า ซม ต้องใช้หน่วยความจำมากขึ้นเมื่อสิ่งนี้
ใช้ตัวเลือก สำหรับเหตุผลนี้, --ileaved จะใช้ได้เฉพาะสำหรับการจัดตำแหน่งไม่เกิน
100,000 ลำดับหรือทั้งหมด 100,000,000 นิวคลีโอไทด์ที่จัดแนว

--ถอยหลัง
บันทึกสำเนาเพิ่มเติมของการจัดตำแหน่งเอาต์พุตโดยไม่มีข้อมูลผู้เขียนในไฟล์
.

--รายละเอียด
ส่งออกข้อมูลเพิ่มเติมในเอาต์พุตคะแนนแบบตาราง (ส่งออกไปยัง stdout if -o
ถูกใช้ หรือ to if --sfile ถูกนำมาใช้). สิ่งเหล่านี้มีประโยชน์หลักสำหรับการทดสอบและ
การแก้จุดบกพร่อง

--ซีพียู
ระบุว่า ใช้คนงาน CPU แบบขนาน ถ้า ถูกกำหนดเป็น "0" จากนั้น
โปรแกรมจะทำงานในโหมดซีเรียลโดยไม่ต้องใช้เธรด คุณยังสามารถควบคุม
ตัวเลขนี้โดยการตั้งค่าตัวแปรสภาพแวดล้อม INFERNAL_NCPU ตัวเลือกนี้จะ
ใช้ได้เฉพาะในกรณีที่เครื่องที่ Infernal สร้างขึ้นนั้นสามารถใช้งานได้
เกลียว POSIX (ดูส่วนการติดตั้งของคู่มือผู้ใช้สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม
ข้อมูล).

--mpi เรียกใช้เป็นโปรแกรม MPI แบบขนาน ตัวเลือกนี้จะใช้ได้ก็ต่อเมื่อ Infernal มี
ได้รับการกำหนดค่าและสร้างด้วยแฟล็ก "--enable-mpi" (ดู Installation
ของคู่มือผู้ใช้สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม)

ใช้ cmalign ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net