นี่คือคำสั่ง cmfetch ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
cmfetch - ดึงโมเดลความแปรปรวนร่วมจากไฟล์
เรื่องย่อ
cmfetch [ตัวเลือก]
(เรียก CM ชื่อ )
cmfetch -f [ตัวเลือก]
(ดึง CM ทั้งหมดที่ระบุไว้ใน )
cmfetch --ดัชนี [ตัวเลือก]
(ดัชนี สำหรับดึง)
DESCRIPTION
ดึง CM หนึ่งรายการขึ้นไปจาก an (เช่นฐานข้อมูล Rfam ขนาดใหญ่)
หากต้องการเปิดใช้งานการดึงข้อมูลที่รวดเร็วมาก ให้จัดทำดัชนี ขั้นแรก ใช้ cmfetch --ดัชนี. ดัชนี
เป็นไฟล์ไบนารีชื่อ .ssi
โหมดเริ่มต้นคือการดึง CM เดียวโดยใช้ชื่อหรือภาคยานุวัติที่เรียกว่า . สำหรับ
ตัวอย่าง:
% cmfetch Rfam.ซม. tRNA
% cmfetch Rfam.ซม. RF00005
กับ -f ตัวเลือกก ที่มีรายการหนึ่งหรือหลายคีย์จะถูกอ่านแทน
ฟิลด์ที่คั่นด้วยช่องว่างแรกในแต่ละบรรทัดที่ไม่ใช่ความคิดเห็นที่ไม่ใช่ช่องว่างของ
ใช้เป็น , และข้อมูลที่เหลืออยู่ในบรรทัดจะถูกละเว้น ทำให้มีความหลากหลาย
ของไฟล์ข้อมูลที่คั่นด้วยช่องว่างที่จะใช้เป็น NS.
เมื่อใช้ -f และ , if ได้รับการจัดทำดัชนีแล้ว กุญแจจะถูกดึงใน
ลำดับที่เกิดขึ้นใน , แต่ถ้า ไม่ได้จัดทำดัชนี คีย์จะถูกดึงมาใน
ลำดับที่เกิดขึ้นใน . นี้เป็นผลข้างเคียงของการดำเนินการที่
อนุญาตให้ดึงคีย์ได้หลายปุ่มแม้ว่า เป็นกระแสที่ไม่สามารถย้อนกลับได้เช่น
ท่ออินพุตมาตรฐาน
ในการใช้งานปกติ (ไม่มี --ดัชนี or -f ตัวเลือก), อาจเป็น '-' (ขีด) ซึ่งหมายถึง
การอ่านข้อมูลจาก สเตดิน แทนที่จะเป็นไฟล์. กับ --ดัชนี ตัวเลือก อาจจะไม่ใช่
'-'; ไม่เหมาะสมที่จะสร้างดัชนีสตรีมอินพุตมาตรฐาน กับ -f ตัวเลือกอย่างใดอย่างหนึ่ง
or (แต่ไม่ใช่ทั้งสองอย่าง) อาจเป็น '-' การอ่านมักจะเป็นประโยชน์อย่างยิ่ง
จากอินพุตมาตรฐานเพราะอนุญาตให้ใช้บรรทัดคำสั่งตามอำเภอใจ
การร้องขอเพื่อสร้างรายชื่อ CM หรือภาคยานุวัติ จากนั้นดึงข้อมูลทั้งหมดไปยังไฟล์ใหม่
ด้วยคำสั่งเดียว
ตามค่าเริ่มต้น CM จะถูกพิมพ์ไปยังเอาต์พุตมาตรฐานในรูปแบบ Infernal-1.1
OPTIONS
-h ช่วย; พิมพ์การแจ้งเตือนสั้นๆ เกี่ยวกับการใช้บรรทัดคำสั่งและตัวเลือกที่มีทั้งหมด
-f อาร์กิวเมนต์ commandline ที่สองคือ a แทนที่จะเป็นคนเดียว . พื้นที่
ช่องแรกในแต่ละบรรทัดของ ถูกใช้เป็นการดึงข้อมูล (ชื่อซม.
หรือภาคผนวก) บรรทัดว่างและบรรทัดแสดงความคิดเห็น (ที่ขึ้นต้นด้วยอักขระ # ตัว) are
ละเว้น
-o CM เอาต์พุตไปยังไฟล์ แทนที่จะเป็นเอาต์พุตมาตรฐาน
-O เอาต์พุต CM ไปยังแต่ละไฟล์ที่ชื่อ แทนเอาต์พุตมาตรฐาน กับ
-f ตัวเลือกนี้อาจส่งผลให้มีการสร้างไฟล์จำนวนมาก
--ดัชนี
แทนที่จะเรียกโปรไฟล์ตั้งแต่หนึ่งรายการขึ้นไปจาก , ดัชนี for
การสืบค้นข้อมูลในอนาคต สิ่งนี้สร้าง .ssi ไฟล์ดัชนีไบนารี
ใช้ cmfetch ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
