นี่คือคำสั่ง compalign ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
compalign - เปรียบเทียบสองการจัดตำแหน่งหลายอัน
เรื่องย่อ
สมยอม [-ตัวเลือก]
DESCRIPTION
สมยอม คำนวณ "เอกลักษณ์" ที่เป็นเศษส่วนระหว่างการจัดตำแหน่งที่เชื่อถือได้และการทดสอบ
การจัดตำแหน่ง ไฟล์ทั้งสองต้องมีลำดับที่เหมือนกันทุกประการ เหมือนกันทุกประการ
สั่ง
เอกลักษณ์ของการจัดตำแหน่งแบบหลายลำดับถูกกำหนดเป็นค่าเอกลักษณ์เฉลี่ยมากกว่า
การจัดตำแหน่งแบบคู่ N(N-1)/2 ทั้งหมด
เอกลักษณ์เศษส่วนของการจัดตำแหน่งคู่สองชุดถูกกำหนดดังนี้
(สำหรับลำดับที่ทราบในแนวเดียวกัน k1 และ k2 และลำดับการทดสอบที่จัดแนว t1 และ t2):
คอลัมน์ที่ตรงกัน / คอลัมน์ทั้งหมด
โดยที่คอลัมน์ทั้งหมด = จำนวนคอลัมน์ทั้งหมดที่มี
สัญลักษณ์ที่ถูกต้อง (nongap) ใน k1 หรือ k2;
คอลัมน์ที่ตรงกัน = จำนวนคอลัมน์ที่หนึ่งใน
ต่อไปนี้เป็นจริง:
k1 และ k2 มีสัญลักษณ์ที่ถูกต้องในคอลัมน์ที่กำหนด t1 และ t2
มีสัญลักษณ์เดียวกันอยู่ในคอลัมน์ของ t1/t2
การจัดตำแหน่ง;
k1 มีสัญลักษณ์ชิดกับช่องว่างใน k2; สัญลักษณ์นั้นใน t1 คือ
ยังชิดกับช่องว่าง;
k2 มีสัญลักษณ์ชิดกับช่องว่างใน k1; สัญลักษณ์นั้นใน t2 คือ
ยังชิดกับช่องว่าง
เนื่องจากคะแนนสำหรับคู่ที่เป็นไปได้ทั้งหมดถูกคำนวณ อัลกอริทึมจึงอยู่ในลำดับ (N^2)L สำหรับ
N ลำดับของความยาว L; ชุดซีเควนซ์ขนาดใหญ่จะใช้เวลาสักครู่
OPTIONS
ตัวเลือกที่มี:
-h พิมพ์วิธีใช้สั้นๆ และข้อมูลการใช้งาน
-c เปรียบเทียบภายใต้โครงสร้างฉันทามติ #=CS ที่ทำเครื่องหมายไว้เท่านั้น
--ข้อมูล
ระบุว่าการจัดตำแหน่งทั้งสองอยู่ในรูปแบบ (เช่น MSF)
--เงียบ
ระงับส่วนหัวแบบละเอียด (ใช้ในการทดสอบการถดถอย)
ใช้ compalign ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
