นี่คือคำสั่ง correct_abundances ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
correct_abundances - เรียกใช้ขั้นตอนการแก้ไขความคล้ายคลึงกันของความอุดมสมบูรณ์ของจีโนม
เรื่องย่อ
Correct_abundances ชื่อ
DESCRIPTION
เรียกใช้ขั้นตอนการแก้ไขความคล้ายคลึงกัน
หมายเหตุ: แม้ว่าจะเป็นไปได้ที่จะเรียกใช้ตัวแมปแบบอ่านด้วยมือหรือเพื่อสร้างความคล้ายคลึงกัน
เมทริกซ์ด้วยตนเอง เราขอแนะนำอย่างยิ่งให้ใช้สคริปต์ Python ที่ให้มา 'run_mappers.py'
และ 'create_similarity_matrix.py'
OPTIONS
ชื่อ: ชื่อไฟล์ของไฟล์ชื่อ; ไฟล์ชื่อข้อความธรรมดาควรมีหนึ่งชื่อต่อ
ไลน์. ชื่อนี้ถูกใช้เป็นตัวระบุในอัลกอริธึมทั้งหมด
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก
-m ฉลาด --ความคล้ายคลึง-เมทริกซ์=สแมท
เส้นทางไปยังไฟล์เมทริกซ์ความคล้ายคลึงกัน ต้องสร้างเมทริกซ์ความคล้ายคลึงกัน
ไฟล์ NAMES [ค่าเริ่มต้น: ./similarity_matrix.npy]
-s แซม --samfiles=SAM
รูปแบบที่ชี้ไปยังไฟล์ SAM ที่สร้างโดยผู้ทำแผนที่ ตัวยึดสำหรับชื่อ
คือ "%s" [ค่าเริ่มต้น: ./SAM/%s.sam]
-b บูต --bootstrap-ตัวอย่าง=BOOT
กำหนดจำนวนตัวอย่างบูตสแตรป ใช้ 1 เพื่อปิดใช้งานการบูตสแตรป [ค่าเริ่มต้น: 100]
-o ออก, --เอาท์พุท=OUT
ไฟล์เอาต์พุตข้อความธรรมดาที่มีผลลัพธ์ [ค่าเริ่มต้น: ./results.txt]
ใช้ correct_abundances ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
