นี่คือคำสั่ง cpgplete ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
cpgplot - ระบุและพล็อตเกาะ CpG ในลำดับนิวคลีโอไทด์
เรื่องย่อ
cpgplot -ลำดับ ภาคต่อ -หน้าต่าง จำนวนเต็ม -มินเลน จำนวนเต็ม -มิโน ลอย -มินพีซี ลอย
-outfile ออกจากไฟล์ -พล็อต ข้อศอก -กราฟ ไซกราฟ -obsex บูล -ซีจี บูล
-pc บูล - แพ้ ความสำเร็จ
cpgplot -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
cpgplot เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Nucleic:CpG Islands"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-ลำดับ ภาคต่อ
ต้อง ส่วน
-หน้าต่าง จำนวนเต็ม
เปอร์เซ็นต์เนื้อหา CG และความถี่ที่สังเกตได้ของ CG คำนวณภายใน a
หน้าต่างที่กำหนดขนาดโดยพารามิเตอร์นี้ หน้าต่างถูกย้ายลงมาตามลำดับและ
สถิติเหล่านี้คำนวณในแต่ละตำแหน่งที่หน้าต่างถูกย้ายไป ค่าเริ่มต้น
มูลค่า: 100
-มินเลน จำนวนเต็ม
ซึ่งจะกำหนดความยาวขั้นต่ำที่เกาะ CpG ต้องมีก่อนที่จะมีการรายงาน
ค่าเริ่มต้น: 200
-มิโน ลอย
สิ่งนี้กำหนดค่าเฉลี่ยขั้นต่ำที่สังเกตได้ต่ออัตราส่วนที่คาดหวังของ C บวก G ต่อ CpG ในชุด
ของ 10 หน้าต่างที่จำเป็นก่อนที่จะรายงานเกาะ CpG ค่าเริ่มต้น: 0.6
-มินพีซี ลอย
ซึ่งกำหนดเปอร์เซ็นต์เฉลี่ยขั้นต่ำของ G บวก C เป็นชุด 10 หน้าต่างที่
จำเป็นก่อนที่จะมีการรายงานเกาะ CpG ค่าเริ่มต้น: 50
เอาท์พุต ส่วน
-outfile ออกจากไฟล์
ซึ่งจะตั้งชื่อไฟล์ที่เก็บรายงานของชื่อลำดับอินพุต CpG
พารามิเตอร์ของเกาะและรายละเอียดผลลัพธ์ของเกาะ CpG ที่พบ
-พล็อต ข้อศอก
ค่าเริ่มต้น: Y
-กราฟ ไซกราฟ
-obsex บูล
หากตั้งค่าเป็นจริง กราฟของอัตราส่วนที่สังเกตได้ต่อที่คาดไว้ของ C บวก G ต่อ
CpG ภายในหน้าต่างจะปรากฏขึ้น ค่าเริ่มต้น: Y
-ซีจี บูล
หากตั้งค่านี้เป็นจริง ให้กราฟของพื้นที่ที่กำหนดเป็น
หมู่เกาะ CpG จะปรากฏขึ้น ค่าเริ่มต้น: Y
-pc บูล
หากตั้งค่าเป็นจริง กราฟของเปอร์เซ็นต์ C บวก G ภายในหน้าต่างจะเป็น
แสดง ค่าเริ่มต้น: Y
- แพ้ ความสำเร็จ
ไฟล์สำหรับคุณสมบัติเอาต์พุต
ใช้ cpglote ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
