นี่คือคำสั่ง epestfinde ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
epestfind - ค้นหาลวดลาย PEST เป็นไซต์ที่มีความแตกแยกโปรตีนที่อาจเกิดขึ้น
เรื่องย่อ
เอเพสต์ค้นหา -ลำดับ ลำดับ [-mwdata แฟ้มข้อมูล] -หน้าต่าง จำนวนเต็ม -คำสั่ง การเลือก
[-เกณฑ์ ลอย] -โมโน บูล -ศักยภาพ บูล - ยากจน บูล
-ไม่ถูกต้อง บูล -แผนที่ บูล -outfile ออกจากไฟล์ -กราฟ ไซกราฟ
เอเพสต์ค้นหา -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
เอเพสต์ค้นหา เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Protein:Motifs"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-ลำดับ ลำดับ
ลำดับโปรตีนของสหรัฐอเมริกาที่จะวิเคราะห์
-mwdata แฟ้มข้อมูล
ค่าเริ่มต้น: Emolwt.dat
ต้อง ส่วน
-หน้าต่าง จำนวนเต็ม
ระยะห่างน้อยที่สุดระหว่างกรดอะมิโนที่มีประจุบวก ค่าเริ่มต้น: 10
-คำสั่ง การเลือก
ชื่อของไฟล์เอาต์พุตที่เก็บผลการวิเคราะห์ ผลลัพธ์อาจถูกจัดเรียง
ตามความยาว ตำแหน่ง และคะแนน ค่าเริ่มต้น: คะแนน
เพิ่มเติม ส่วน
-เกณฑ์ ลอย
ค่าเกณฑ์ในการเลือกปฏิบัติที่อ่อนแอจากลวดลาย PEST ที่อาจเกิดขึ้น ลวดลาย PEST ที่ถูกต้องคือ
แบ่งแยกออกเป็นบรรทัดฐาน 'ยากจน' และ 'ศักยภาพ' ขึ้นอยู่กับคะแนนเกณฑ์นี้ โดย
ค่าเริ่มต้น ค่าเริ่มต้นถูกตั้งค่าเป็น +5.0 ตามข้อมูลทดลอง การเปลี่ยนแปลงคือ
ไม่แนะนำเนื่องจากความสำคัญเป็นเรื่องของชีววิทยา ไม่ใช่คณิตศาสตร์ ค่าเริ่มต้น
ค่า: +5.0
ค้นหาระดับสูง ส่วน
-โมโน บูล
ค่าเริ่มต้น: N
-ศักยภาพ บูล
ตัดสินใจว่าควรพิมพ์ลวดลาย PEST ที่เป็นไปได้หรือไม่ ค่าเริ่มต้น: Y
- ยากจน บูล
ตัดสินใจว่าควรพิมพ์ลวดลาย PEST ที่ไม่ดีหรือไม่ ค่าเริ่มต้น: Y
-ไม่ถูกต้อง บูล
ตัดสินใจว่าควรพิมพ์ลวดลาย PEST ที่ไม่ถูกต้องหรือไม่ ค่าเริ่มต้น: N
-แผนที่ บูล
ตัดสินใจว่าควรจับคู่ลวดลาย PEST ตามลำดับหรือไม่ ค่าเริ่มต้น: Y
เอาท์พุต ส่วน
-outfile ออกจากไฟล์
ชื่อไฟล์ที่จะเขียนผลลัพธ์
-กราฟ ไซกราฟ
ใช้ epestfinde ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
