นี่คือคำสั่ง faidx ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
faidx - ดึงข้อมูลลำดับจาก FASTA
เรื่องย่อ
เฟดซ์ [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {เบด,โครมไซส์,นิวคลีโอไทด์,ทรานสโพส}] [-c] [-r] [-n |
-NS] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -NS] [--รุ่น] fasta
[ภูมิภาค [ภูมิภาค ...]]
DESCRIPTION
ดึงข้อมูลลำดับจาก FASTA หากไม่มีการระบุขอบเขต รายการทั้งหมดในไฟล์อินพุตจะเป็น
กลับมา ไฟล์อินพุต FASTA ต้องมีการต่อบรรทัดอย่างสม่ำเสมอ และการตัดบรรทัดของเอาต์พุต
ขึ้นอยู่กับความยาวของสายอินพุต
OPTIONS
ตำแหน่ง ข้อโต้แย้ง
ไฟล์ fasta FASTA
ภูมิภาค
ช่องว่างคั่นขอบเขตของลำดับที่จะดึงข้อมูลเช่น chr1: 1-1000
สามารถเลือกหรือไม่เลือกก็ได้ ข้อโต้แย้ง
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก
-b เตียง, --เตียง เสริม
แฟ้มเตียงของภูมิภาค
-o ออก, --ออก OUT
ชื่อไฟล์เอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น: stdout)
-i {เตียง, chromsizes, นิวคลีโอไทด์, ทรานสโพส}, --แปลง
{เตียง โครไซส์ นิวคลีโอไทด์ ทรานสโพส}
เปลี่ยนภูมิภาคที่ร้องขอเป็นรูปแบบอื่น ค่าเริ่มต้น: ไม่มี
-c, --เสริม
เสริมลำดับ ค่าเริ่มต้น: เท็จ
-r, --ย้อนกลับ
ย้อนกลับลำดับ ค่าเริ่มต้น: เท็จ
-n, --ไม่มีชื่อ
ละเว้นชื่อลำดับจากเอาต์พุต ค่าเริ่มต้น: เท็จ
-f, --ชื่อเต็ม
เอาต์พุตชื่อเต็มพร้อมคำอธิบาย ค่าเริ่มต้น: เท็จ
-x, --แยกไฟล์
เขียนแต่ละภูมิภาคลงในไฟล์แยกกัน (ชื่อมาจากภูมิภาค)
-l, --ขี้เกียจ
กรอก --ค่าเริ่มต้น-seq สำหรับช่วงที่ขาดหายไป ค่าเริ่มต้น: เท็จ
-s DEFAULT_SEQ, --ค่าเริ่มต้น-seq DEFAULT_SEQ
ฐานเริ่มต้นสำหรับตำแหน่งที่ขาดหายไปและการกำบัง ค่าเริ่มต้น: N
-d ตัวคั่น --ตัวคั่น ตัวคั่น
ตัวคั่นสำหรับแยกชื่อเป็นหลายค่า (ชื่อซ้ำจะเป็น
ทิ้ง) ค่าเริ่มต้น: ไม่มี
-g รีเจ็กซ์ --regex REGEX
นิพจน์ทั่วไปสำหรับการกรองชื่อลำดับที่ไม่ตรงกัน ค่าเริ่มต้น: .*
-m, --mask-กับ-default-seq
ปิดบังไฟล์ FASTA โดยใช้ --ค่าเริ่มต้น-seq ค่าเริ่มต้น: เท็จ
-M, --หน้ากากตามกรณี
ปิดบังไฟล์ FASTA โดยเปลี่ยนเป็นตัวพิมพ์เล็ก ค่าเริ่มต้น: เท็จ
--รุ่น
พิมพ์หมายเลขเวอร์ชัน pyfaidx
ใช้ faidx ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
