fastml - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

fastml - การสร้างลำดับกรดอะมิโนของบรรพบุรุษที่เป็นไปได้สูงสุด

เรื่องย่อ

รวดเร็ว [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

FastML เป็นเครื่องมือชีวสารสนเทศสำหรับการสร้างลำดับบรรพบุรุษขึ้นใหม่โดยอิงจาก
ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการระหว่างลำดับที่คล้ายคลึงกัน FastML รันอัลกอริธึมหลายอย่างที่
สร้างลำดับบรรพบุรุษขึ้นใหม่โดยเน้นการสร้างใหม่อย่างแม่นยำของทั้งสอง
อินเดลและตัวอักษร สำหรับการสร้างอักขระขึ้นใหม่ FastML . ที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้
อัลกอริธึมใช้เพื่ออนุมานลำดับบรรพบุรุษที่เป็นไปได้มากที่สุดสำหรับแต่ละคนอย่างมีประสิทธิภาพ
โหนดภายในของต้นไม้ มีการจัดเตรียมทั้งแบบร่วมกันและแบบส่วนเพิ่ม สำหรับ
การสร้าง indels ขึ้นใหม่ ลำดับจะถูกเข้ารหัสก่อนตามเหตุการณ์ indel ที่ตรวจพบ
ภายในการจัดตำแหน่งหลายลำดับ (MSA) และแบบจำลองความน่าจะเป็นที่ล้ำสมัย
ใช้เพื่อสร้างรัฐอินเดลของบรรพบุรุษขึ้นใหม่ ผลลัพธ์น่าจะเป็นไปได้มากที่สุด
ลำดับ ร่วมกับความน่าจะเป็นหลังของอักขระแต่ละตัวและอินเดลที่แต่ละตัว
ตำแหน่งลำดับสำหรับโหนดภายในแต่ละโหนดของแผนผัง FastML เป็นแบบทั่วไปและมีผลบังคับใช้
สำหรับลำดับโมเลกุลประเภทใดๆ (ลำดับนิวคลีโอไทด์ โปรตีน หรือโคดอน)

OPTIONS

-h ช่วย

-s ไฟล์อินพุตลำดับ (เช่น use -s emySequences/eseq.txt)

-t ไฟล์อินพุตทรี (หากไม่ได้ระบุทรี ระบบจะคำนวณทรีที่เข้าร่วมทรีเพื่อนบ้าน)

-g สมมติให้อยู่ในรูปแบบความผันแปรของอัตราไซต์ (แกมมา) [โดยค่าเริ่มต้น โปรแกรม
จะถือว่าแบบจำลองที่เป็นเนื้อเดียวกัน เร็วมาก แต่แม่นยำน้อยกว่า!]

-m ชื่อรุ่น

-มจ [เจที]

-มล LG

-นาย mtREV (สำหรับจีโนมยล)

-MD วัน

-มิลลิวัตต์ WAG

-mc cpREV (สำหรับคลอโรพลาสต์จีโนม)

-แม่ Jukes and Cantor (JC) สำหรับกรดอะมิโน

-ม Jukes and Cantor (JC) สำหรับนิวคลีโอไทด์

-ม แบบจำลอง HKY สำหรับนิวคลีโอไทด์

- มก แบบจำลองนิวคลีโอไทด์สำหรับนิวคลีโอไทด์

-ภูเขา tamura92 แบบจำลองนิวคลีโอไทด์

-ของฉัน หยาง M5 codons รุ่น

-ผม เมทริกซ์โคดอนเชิงประจักษ์

การควบคุมตัวเลือกเอาต์พุต:

-x เอาต์พุตไฟล์ทรีในรูปแบบ Newick [tree.newick.txt]

-y เอาต์พุตไฟล์ทรีในรูปแบบ ANCESTOR [tree.ancestor.txt]

-j ไฟล์เอาต์พุตลำดับร่วม [seq.joint.txt]

-k ไฟล์เอาต์พุตลำดับส่วนเพิ่ม [seq.marginal.txt]

-d ไฟล์เอาต์พุตความน่าจะเป็นร่วม [prob.joint.txt]

-e ไฟล์เอาต์พุตความน่าจะเป็นส่วนเพิ่ม [prob.marginal.txt]

-q รูปแบบเอาต์พุตลำดับบรรพบุรุษ (-qc = [กลุ่ม], -qf = ฟาสต้า
-คิวเอ็ม = มอลฟี่, -qs = มาเซ่ -qp = ฟิลิปป์ -qn = เน็กซัส)

ตัวเลือกขั้นสูง:

-a เกณฑ์สำหรับการคำนวณความน่าจะเป็นส่วนเพิ่มอีกครั้ง [0.9]

-b อย่าปรับความยาวของกิ่งให้เหมาะสมบนต้นไม้เริ่มต้น
[โดยค่าเริ่มต้นสาขาและอัลฟ่าเป็น ML ที่ปรับให้เหมาะสมจากข้อมูล]

-c จำนวนหมวดหมู่แกมมาที่ไม่ต่อเนื่องสำหรับการแจกแจงแกมมา [8]

-f อย่าคำนวณการสร้างใหม่ร่วม (ดีถ้าอัลกอริธึมสาขาและที่ถูกผูกไว้ใช้
เวลามากเกินไปและเป้าหมายคือการคำนวณการสร้างใหม่ส่วนขอบด้วยแกมมา)

-z ขอบเขตที่ใช้ -zs - ผูกพันตามผลรวม -zm ขึ้นอยู่กับสูงสุด -zb [ทั้งสอง]

-p พารามิเตอร์อัลฟาผู้ใช้ของการแจกแจงแกมมา [หากไม่ได้ระบุอัลฟา, อัลฟาและ
สาขาจะถูกประเมินจากข้อมูล (override -b)

ใช้ fastml ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net